CE12 - Génétique, génomique et ARN

Etude de l'organisation 3D des cellules uniques dans les tissues pendant la progression d'une maladie – 3D_spatial_genomics

Résumé de soumission

De nombreuses maladies sont générées par des changements progressifs dans les programmes transcriptionnels d’un type cellulaire particulier. Ces programmes transcriptionnels sont en partie régulés par des interactions cis-régulatrices impliquant des enhancers et des promoteurs. L’étude de la façon dont ces interactions changent dans l'espace au sein de différents types cellulaires est essentielle pour comprendre la fonction normale des tissus et des mécanismes à l’origine des maladies. Dans ce projet, nous proposons d'utiliser Hi-M, un nouvel outil d’imagerie qui suit l'état transcriptionnel et l'organisation 3D de la chromatine dans des cellules individuelles et qui maintient l’organisation spatiale des cellules dans les tissus. Tout d'abord, nous identifierons et étudierons les changements d’organisation 3D dans les différents types cellulaires des îlots pancréatiques afin d'étudier le rôle de l'extrusion de boucle et des configurations enhancer-promoteur dans la régulation des gènes. Deuxièmement, nous appliquerons de nouvelles méthodes d’analyse spatiale pour tester les mécanismes d’action des enhancers, et le rôle de l’organisation spatiale des cellules dans le tissu. Enfin, nous appliquerons Hi-M pour étudier comment la progression du diabète de type 2 impacte l'organisation 3D de la chromatine et l‘activité transcriptionnelle des différents types cellulaires du pancréas. Nous allons aussi réaliser des expériences dans des îlots humains pour tester et caractériser les changements dans la structure 3D de la chromatine induits par la maladie. Ce projet nous permettra de mieux comprendre comment la structure 3D du génome participe de la régulation transcriptionnelle dans les tissus sains, de mieux comprendre les mécanismes de développement de la maladie à partir d'états cellulaires uniques, et d'identifier les états cellulaires qui peuvent entraîner un risque de maladie.

Coordination du projet

Marcelo Nollmann (Centre de Biologie Structurale)

L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.

Partenaire

Oxford University
CRCT Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse
CBS Centre de Biologie Structurale

Aide de l'ANR 456 928 euros
Début et durée du projet scientifique : December 2023 - 36 Mois

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