Contrôle de la période de persistance des précaténanes : rôle dans la protection des fourches de réplication et la recombinaison homologue – C3Poho

Dans la bactérie, ségrégation et réplication sont concomitantes. Cependant, les séquences nouvellement répliquées interagissent physiquement pendant une courte période avant leur ségrégation. C’est probablement est dû à la formation de précaténanes, qui sont résolus par une topoisomérase de type II, TopoIV. La période de persistance des précaténanes (3P) n'est pas constante le long des chromosomes. Des travaux antérieurs ont suggéré que la réduction de la 3P près de l'origine de réplication du chromosome d'E. coli entraînait une ségrégation inefficace. Par analogie avec les cohésines eucaryotes, nous proposons que la 3P est impliquée dans la ségrégation tout au long des chromosomes, dans leur repliement spatial et dans la réparation par recombinaison. Nous soupçonnons que la 3P sert aussi à protéger les fourches de réplication contre les stress générés par les machines de ségrégation de l'ADN. Les équipes de C3Poho utiliseront une méthode NGS qui permet de mesurer la fréquence relative de contacts entre les chromatides sœurs, Hi-SC2, pour étudier l’impact de mutations dans de facteurs soupçonnés de modifier la 3P et une approche TnSeq pour trouver de nouveaux candidats. Cela permettra entre autres de sélectionner des mutations et des combinaisons de mutations conduisant à des modifications intéressantes de la 3P pour étudier ses rôles dans la ségrégation des chromosomes, la protection des fourches de réplication, le repliement spatial des chromosomes et la réparation par recombinaison par microscopie à fluorescence dans des chambres de microfluidiques, cytométrie en flux, les approches d’analyse NGS de la fréquence de marqueurs et de HiC, et le développement d’une nouvelle méthode NGS pour mesurer la fréquence de recombinaison induite par un dommage à l'ADN au niveau d'une fourche de réplication à chaque position du génome. Les études seront réalisées dans 3 modèles bactériens avec différents arrangements génomiques, E. coli, V. cholerae et P. aeruginosa.