Origines de la réplication : Structure et interactions avec la transcription – ROSIT

Le but de ce projet est de comprendre comment les cellules des vertébrés gèrent le fait que réplication et transcription partagent le même substrat, notamment en déterminant comment la transcription interfère avec le programme d’initiation de la réplication et vice versa. En cas de stress réplicatif, les interférences transcription-réplication (TRI) sont exacerbées et perturbent l'achèvement de la réplication de deux types majeurs de sites fragiles ; (i) les sites localisés dans des domaines de réplication précoce (ERFS), présentant des origines fortes de réplication et une densité élevée de petits gènes très transcrits. Ces caractéristiques favorisent la formation de boucles R, susceptibles d'entraver la progression du réplisome, (ii) les sites situés dans des régions de réplication très tardive (CFS), nichés dans de très longs gènes modestement exprimés et pauvres en origines. Une explication consensuelle est que le passage de la transcription chasse le complexe de pré-réplication, un intermédiaire nécessaire à la construction des origines. Le cœur de notre projet consiste à identifier les déterminants cis et trans qui spécifient les origines et leurs relations avec les promoteurs des gènes fragiles. En étudiant une origine modèle, nous avons montré que les séquences susceptibles de former des G-quadruplex (PQS) contribuent à la spécification en cis des origines et, plus récemment, qu'un dimère de PQS (deux PQS sur le même brin) constitue une origine minimale efficace. De tels dimères sont associées à un tiers des sites fort d'initiation dans le génome des vertébrés, montrant leur importance dans le programme de réplication. Le but de notre projet est (i) d’utiliser des lignées modifiées pour analyser comment l’origine minimale et la transcription interfèrent, globalement et dans les ERFS et les CFS, (ii) d'explorer le protéome autour de cette origine, traversées ou non par la transcription, en contexte neutre et dans les ERFS et les CFS.