Démêler la base génomique de l'adaptation biotique et abiotique des pathogènes fongiques – FunAdapt

Les champignons constituent un royaume très diversifié qui compte environ 1,5 million d'espèces. Ils forment des interactions intimes avec un large éventail d'organismes, y compris des mutualismes, des symbioses et en tant que décomposeurs. Pourtant, leur rôle essentiel a souvent été assorti de leur capacité à provoquer des maladies dévastatrices chez les humains, les animaux et les plantes. Au vu des maladies infectieuses fongiques émergentes qui constituent de graves menaces pour la santé publique et la faune, la sécurité alimentaire et la stabilité des écosystèmes, il n'a jamais été aussi urgent de comprendre l'évolution des champignons et leurs adaptations aux facteurs biotiques et abiotiques. Nous soutenons qu'une étude approfondie, combinant la génomique des populations et la génomique comparative, d'un clade fongique contenant des espèces pathogènes et non pathogènes sera essentielle pour mieux comprendre les déterminants génomiques de l'adaptation fongique. En effet, ces deux approches complémentaires permettent d'extraire des informations sur des périodes différentes et, par conséquent, de dresser un tableau plus complet et plus précis des événements et processus agissant sur les génomes. Nous proposons d'étudier le genre fongique Pseudogymnoascus, qui comprend une espèce pathogène infectant les chauves-souris (Pd) et plus de 45 espèces non pathogènes. Nous allons (1) caractériser l'architecture, le contenu et la variabilité du pangénome de Pd, et tester si l'espèce suit le modèle du génome à deux vitesses, (2) identifier les régions génomiques de Pd qui sont impliquées dans l'adaptation locale et celles qui sont en particulier associées aux adaptations biotiques et abiotiques clés, (3) identifier les caractéristiques génomiques qui différencient les espèces pathogènes et non pathogènes, et (4) étendre notre travail pour caractériser la relation entre les traits d'histoire de vie, les propriétés du génome et les processus évolutifs à travers les Ascomycètes