Cartographie complete des affinités de l’interactome PDZ-PBM humain et relation interactome-phenotype de l’ oncoprotéine E6 du virus HPV – Full-PDZ-PBM-HPVE6

Les interactions protéines-protéines impliquent en large part des interactomes domaines-motifs. Ainsi, chez l'humain, 266 domaines PDZ et 4000 PBM ("PDZ-Binding Motifs") forment un réseau potentiel d'un million d'interactions médiant de nombreuses fonctions cellulaires, souvent ciblé dans les cancers ou les infections virales, en particulier par des oncoprotéines virales munies de PBMs. Dans ce projet, nous mesurerons expérimentalement par notre approche "holdup" les 10^6 constantes d'affinité (KD) individuelles impliquant tous les PDZ et PBM humains et une série de PBMs viraux. Les mesures seront complémentées par des tests de polarisation de fluorescence et des co-purifications à partir d'extraits cellulaires, analysées par spectrométrie de masse. Les données, interprétées et analysées par bioinformatique puis déposées sur un serveur dédié, composeront un "espace interactomique" multidimensionnel dont les coordonnées seront les affinités mesurées. Dans cet espace, tous les PDZ et PBM (humains et viraux) mesurés seront positionnés selon leurs propriétés d'interactions, et séparés par des distances interactomiques déduites des affinités. Enfin, nous (i) mesurerons systématiquement les affinités pour le PDZome d'une série de mutants du PBM de l'oncoprotéine E6 des HPV à haut risque responsables de divers cancers humains, (ii) mesurerons et comparerons les transcriptomes et protéomes complets de cellule exprimant des constructions de E6 portant les mêmes mutations de son PBM, et (iii) chercherons à établir des corrélations entre les variations d'interactome des différents mutants de E6 et les variations de transcriptome et de protéome des cellules exprimant ces mêmes mutants de E6. Ce projet constituera la première mesure à très grande échelle d'affinités de l'interactome humain, et la preuve de concept d'une approche quantitative des relations interactome-phénotype, ouvrant la voie à de nombreuses études suivant les mêmes principes.