Les bactéries pathogènes des microbiomes de surfaces urbaines : biais de répartition, fonction et dangerosité – CityBioHazards

Plus de la moitié de la population mondiale vit en ville, et ceci engendre des modifications majeures de nos milieux. Peu d’études ont exploré les dangers microbiologiques associés à ces modifications dont le rôle des surfaces urbaines, sollicitées par ces populations, dans la circulation d’agents pathogènes. Nous proposons un projet PRME explorant le fonctionnement des microbiomes des surfaces urbaines et visant à préciser les forces sélectives pouvant favoriser des enrichissements en bactéries pathogènes dans les sédiments (accumulation de poussières, matières organiques, polluants, organismes photosynthétiques) s’accumulant sur les surfaces urbaines et pouvant impacter leur virulence. Ce projet impliquera l’analyse de sites urbains ayant précédemment montré des occurrences significatives en bactéries pathogènes. Les relations entre paramètres socio-urbanistiques de la ville, les occurrences de polluants et ces taxons microbiens seront étudiées. Des approches globales de type « -omique » basées sur l'ADN et l'ARN seront mises en œuvre pour préciser les contours du microbiome des surfaces urbaines et identifier les forçages les plus structurants. Les tâches définies impliqueront d’étudier : (i) les interactions entre la triade (nommée BFP) bactéries, champignons et organismes photosynthètiques comme les microalgues et bryophytes, et certains polluants chimiques observables dans les sédiments de surfaces afin d'identifier les paramètres clés (e. g. barrières protectrices conférées par les microalgues, synergies fonctionnelles) expliquant le succès de certaines bactéries pathogènes dans ces milieux ; (ii) les charges en gènes de virulence bactériens dans les sédiments évaluées par tests qPCR, et analyses méta-génomiques et méta-transcriptomiques, pour ainsi préciser les dangers pour la santé humaine; (iii) les innovations pathogénomiques observées chez les bactéries pathogènes synurbiques, et l'évaluation des risques engendrés pour la santé humaine via des analyses de virulence sur cellules humaines (épithélia pulmonaires et intestinaux). Ces données apporteront un nouvel éclairage sur les risques pour la santé associés aux microbiomes urbains.