CE02 - Terre vivante 2021

Etudier l'évolution du cycle de vie des vers de farine pour optimiser sa production industrielle – OPTIM-INSECT

OPTIM-INSECT : accélérer l’élevage durable d’insectes grâce à la biologie évolutive et à la génomique

Pour répondre à la demande croissante en protéines durables, OPTIM-INSECT explore comment optimiser la croissance et la reproduction du ver de farine Tenebrio molitor. En combinant expérimentation, génétique et analyses moléculaires, le projet identifie les trajectoires de croissance les plus efficaces et les marqueurs génétiques utiles à la sélection de lignées performantes.

Comprendre et améliorer la croissance du ver de farine pour une production durable

La transition alimentaire mondiale impose de trouver des sources de protéines à la fois durables, efficaces et peu consommatrices en ressources. Dans ce contexte, l’élevage d’insectes — et en particulier du ver de farine Tenebrio molitor — représente une alternative crédible pour l’alimentation animale et, de plus en plus, pour l’alimentation humaine. Sa production industrielle reste cependant limitée par une connaissance encore imparfaite des mécanismes biologiques qui gouvernent la croissance, la reproduction, l’immunité et la longévité des individus. Le projet OPTIM-INSECT répond à cet enjeu en étudiant les compromis évolutifs qui lient ces différents traits d’histoire de vie. Une croissance rapide, par exemple, permet une production plus courte mais peut réduire la longévité ou modifier l’allocation énergétique à l’immunité. À l’inverse, une croissance plus lente peut améliorer certaines performances à l’âge adulte, mais augmente les risques durant la phase larvaire. Comprendre ces arbitrages est essentiel pour concevoir des stratégies d’élevage réellement efficaces. L’objectif du projet est double. Sur le plan fondamental, il s’agit de mieux comprendre comment la croissance influence la sénescence, l’immunité et la reproduction chez les insectes, à la lumière des théories évolutives. Sur le plan appliqué, OPTIM-INSECT vise à identifier les trajectoires de croissance optimales et les marqueurs génétiques qui permettront d’améliorer durablement les souches élevées industriellement, notamment pour des acteurs comme la société française Ÿnsect. Le projet combine approches expérimentales sur l’environnement larvaire, étude de lignées consanguines pour évaluer la variation génétique, et analyses génomiques de pointe pour repérer les régions du génome responsables de la croissance, de la fertilité ou du développement. Les résultats attendus doivent contribuer à la construction de programmes de sélection génomique efficaces pour l’élevage de masse. À terme, OPTIM-INSECT pourrait contribuer à réduire le coût environnemental de la production de protéines en améliorant les performances des élevages d’insectes. Le projet ouvre également des perspectives en biologie du vieillissement, en soulignant le rôle central de l’immunité dans les compromis entre reproduction et longévité.

OPTIM-INSECT s’appuie sur trois approches complémentaires pour comprendre les mécanismes qui relient croissance, reproduction, immunité et sénescence chez Tenebrio molitor.

 

1. Manipulations environnementales

Des expériences contrôlées ont modifié la température et l’humidité durant le développement larvaire pour accélérer ou ralentir la croissance. Seuls les stades larvaires ont été ciblés, car chez les insectes holométaboles, toute la croissance intervient à cette phase. Les performances adultes (longévité, reproduction, immunité) ont ensuite été mesurées afin d’identifier les coûts physiologiques associés à chaque rythme de croissance.

 

2. Étude de lignées consanguines

Pour isoler la composante génétique des variations observées, 17 lignées consanguines issues d’une même population ont été étudiées. Leur vitesse de croissance, leur survie, leur reproduction et leur immunité ont été comparées. Cela permet de détecter les corrélations génétiques entre traits — par exemple, entre croissance rapide et sénescence accélérée — et d'évaluer le potentiel de sélection de ces caractères.

 

3. Analyses génétiques et génomiques

Une carte génétique haute densité a été établie à partir d’une population F₁ issue du croisement de lignées à croissance rapide et lente. Un séquençage haut débit a permis de génotyper 98 individus, d’ancrer les séquences génomiques existantes et de reconstituer les pseudomolécules correspondant aux chromosomes de l’espèce.

Des analyses de QTL ont ensuite identifié les régions du génome associées à la croissance, la fertilité ou le développement. Ces résultats constituent une base solide pour la sélection génomique et la prédiction des performances grâce aux valeurs génétiques génomiques (GEBV).

L’ensemble de ces approches fait d’OPTIM-INSECT un projet intégratif, reliant biologie évolutive, physiologie, immunologie et génétique quantitative pour améliorer l’élevage d’insectes.

 

OPTIM-INSECT a mis en évidence plusieurs résultats majeurs, accessibles au grand public.

 

Les expériences de manipulation de la vitesse de croissance montrent qu’un développement rapide permet d’obtenir des femelles plus fécondes au début de leur vie adulte, tout en allongeant leur longévité. Cependant, cette stratégie se traduit par un investissement moindre dans la reproduction en fin de vie. À l’inverse, une croissance plus lente favorise un système immunitaire plus actif, en particulier les défenses cellulaires et antibactériennes, mais s’accompagne d’une activité réduite d’un système immunitaire générateur de radicaux libres. Ces résultats montrent que l’immunité joue un rôle central dans la façon dont les insectes vieillissent.

 

Les études sur les lignées consanguines confirment ces tendances en révélant des corrélations génétiques entre croissance et longévité : sélectionner des individus à croissance rapide augmentera la production rapide de biomasse, mais au détriment de la durée de vie adulte. Ces observations confortent la théorie du « soma jetable », selon laquelle les organismes doivent arbitrer entre investissement dans la reproduction et maintien du corps.

Côté génétique, la création d’une carte de liaison haute densité a permis de reconstituer la structure chromosomique de l’espèce et de localiser précisément de nombreuses régions du génome impliquées dans les performances d’intérêt. Les analyses ont identifié 3 QTL de fertilité, 4 QTL du développement et 32 QTL influençant la croissance.

 

Ces résultats constituent une avancée majeure pour l’élevage d’insectes, car ils permettront bientôt de sélectionner des lignées sur la base de leur profil génomique, et non plus uniquement sur leurs performances observées.

 

Les résultats d’OPTIM-INSECT ouvrent la voie à de nombreuses applications concrètes pour l’élevage durable d’insectes.

 

Une première perspective concerne la sélection génomique, désormais rendue possible grâce à l’identification de QTL robustes et à la reconstitution du génome de référence. Les industriels pourront à terme sélectionner plus rapidement des souches à croissance optimisée, plus fertiles ou adaptées à des conditions environnementales spécifiques.

 

Un développement intéressant serait également la mise au point d’une puce de génotypage à bas coût, destinée à analyser non pas des individus isolés mais des groupes d’insectes. Cette approche collective, mieux adaptée à la reproduction de masse, permettrait de suivre l’évolution des fréquences d’allèles favorables dans les élevages, tout en réduisant les coûts.

 

Un autre enjeu important consiste à développer des méthodes de génotypage non destructif, car les techniques actuelles nécessitent souvent de sacrifier l’individu. Des pistes prometteuses portent sur l’utilisation d’exuvies (mues), de fragments de cuticule ou d’œufs non viables.

 

Sur le plan fondamental, OPTIM-INSECT apporte des éléments nouveaux sur le rôle de l’immunité dans la sénescence, ouvrant des perspectives pour la recherche en biologie du vieillissement. Les compromis identifiés entre croissance, reproduction, et défense pourraient servir de modèle pour d’autres espèces et d’autres systèmes de production.

 

Enfin, l’ensemble des avancées du projet contribue à rendre la production d’insectes plus durable, plus efficace et mieux comprise, répondant ainsi à un enjeu sociétal majeur : produire des protéines de manière respectueuse de l’environnement et accessible à grande échelle.

 

Le ver de farine Tenebrio molitor est une source alternative de protéines prometteuse pour l’alimentation. L'optimisation de sa production à l'échelle industrielle nécessite une meilleure connaissance de l'évolution de ses principaux traits du cycle biologique et de leurs compromis. Le taux de croissance est essentiel car sa variation affecte la maintenance individuelle à long terme (ex: l'immunité), la survie et la reproduction. Ce projet vise à analyser les conséquences de la variation du taux de croissance ces traits majeurs du cycle biologique de T. molitor, avec l'objectif ultime de concevoir des stratégies de gestion pour optimiser sa production. Nous étudierons les coûts de croissance sur les traits de sénescence (en manipulant l'environnement de croissance et en caractérisant les traits de 17 lignées consanguines). Nous testerons également l'impact de la variation du taux de croissance sur l'immunité. Nous étudierons enfin les bases moléculaires des traits d'histoire de vie.

Coordination du projet

Yannick Moret (BIOGEOSCIENCES - UMR 6282)

L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.

Partenariat

BGS BIOGEOSCIENCES - UMR 6282
GM UMR 8030/Genoscope Genomique métabolique/Institut de biologie François Jacob / CEA/ Paris-Saclay
YNSECT

Aide de l'ANR 449 440 euros
Début et durée du projet scientifique : septembre 2021 - 48 Mois

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