Diversité, évolution et mode de vie du phylum Dependentiae au sein de leurs hôtes protistes – DEPEND

La majorité des taxons bactériens ne sont pas actuellement cultivables, formant ainsi la ‘matière noire microbienne’ (MDM), consortium dont l’écologie et la biologie restent méconnues. Les Dependentiae sont un phylum majeur de la MDM, distribués mondialement et détectés dans divers environnements. Des preuves génomiques suggèrent une adaptation ancestrale et inhabituelle de toutes les Dependentiae à un mode de vie dépendant d’hôtes protistes. Cependant, très peu de données sont disponibles à ce jour au sujet de ce phylum. Les Dependentiae représentent un modèle de la MDM, que ce projet propose d’étudier pour améliorer les connaissances de ces bactéries énigmatiques. Pour ce faire, 3 axes de travail seront développés sur les Dependentiae, afin de caractériser : 1) Leurs niches environnementales et spectre d’hôte 2) Leur cycle de vie (à partir d’isolats choisis) par des approches systémiques 3) Leur histoire et processus évolutifs génomiques mis en place en adaptation à leur hôte