Identification des protéines interagissant avec l'ARN du SARS-CoV-2 durant la réplication virale – CoV-2RBP

Ce début d’année 2020 a été témoin de l’émergence de la pandémie de COVID-19, une maladie respiratoire causée par un nouveau coronavirus (CoV), le Syndrome Respiratoire Aigu Sévère Coronavirus-2 (SRAS-CoV-2). En l’absence de traitement ou de vaccin efficace disponible à l’heure actuelle, il est urgent de mieux comprendre les mécanismes moléculaires qui régissent la réplication de ce nouveau virus et d’identifier des nouvelles cibles permettant de contrôler sa dissémination.
Les CoV sont des virus à ARN et les interactions qui ont lieux entre les protéines et les ARNs viraux sont essentiels à la détermination des mécanismes moléculaires permettant la progression de l’infection. Cependant, notre compréhension de ces réseaux d’interactions proteines-ARNs viraux est limitée. Le projet proposé vise à identifier les facteurs viraux et cellulaires qui interagissent avec les ARN du SARS-CoV2 et qui impactent la réplication virale dans des modèles cellulaires d’infection. Pour cela, nous utiliserons des approches cellulaires et moléculaires afin de marquer spécifiquement l’ARN du SARS-CoV-2 lors (i) des étapes précoces d’infection (de l’entrée du virus à la transcription-réplication), (ii) de la transcription-réplication à la formation de particules virales, et enfin (iii) dans les particules virales. Les complexes ARN viraux-protéines seront ensuite pontés de façon covalente, isolés et les facteurs d’interaction seront identifiés par spectrométrie de masse. Les protéines d’intérêt seront ensuite validées pour leur interaction avec l’ARN du SARS-CoV-2 et leur rôle dans la réplication virale sera étudié.
Ce projet réunira le laboratoire « Génomes, biologie cellulaire et thérapeutique» à l’hôpital Saint Louis, Paris et le laboratoire Interactions hôte-virus à l’institut Cochin, Paris et bénéficiera de leurs expertises complémentaires dans les approches cellulaires et moléculaires permettant de caractériser les interactions entre l’hôte et les virus. En l’espace d’un an, cette étude devrait non seulement permettre d’apporter de nouveaux éléments pour comprendre la pathogénèse de la maladie COVID-19, mais permettra également de guider les efforts futurs pour exploiter les facteurs cellulaires et/ou viraux identifiés en tant que cibles thérapeutiques dans le traitement et/ou la prévention de l’infection par le SARS-CoV-2.