Sols, pluie et leptospirose – SPIraL

La leptospirose est une maladie bactérienne grave ayant un impact maximal en zone tropicale. Des données récentes montrent une incidence croissante en Europe (France, Belgique, Croatie, Pays-Bas). La leptospirose affecte 1 million d'humains par an, en tuant 58 900, mais reste négligée. Noguchi a défini dès 1918 son épidémiologie et pointé l’importance de la survie environnementale des pathogènes. Les leptospires colonisent chroniquement les reins de mammifères et sont éliminés dans l'environnement, où les humains s’infectent. Les interactions entre animaux, environnement et homme déterminent l’épidémiologie de la maladie. Comprendre l’écologie des leptospires dans l’écosystème est donc essentiel. Pourtant, la leptospirose a surtout été étudiée comme zoonose; les déterminants écologiques de sa transmission n'ont pas été un domaine de recherche actif. Des travaux anciens ont identifié les conditions de survie de Leptospira; toutefois, ces résultats doivent être réexaminés. On suppose que les pathogènes ne font que survivre dans l’environnement; aucune forme de résistance n'a pourtant été mise en évidence. La capacité de l'environnement à assurer la survie des leptospires est une pierre angulaire de l'épidémiologie de la leptospirose.
SpIRAL vise à définir l'habitat de Leptospira hors d'un hôte. Ses objectifs sont (1) identifier les facteurs abiotiques influant sur la survie de Leptospira dans les sols et l’eau douce, (2) caractériser le microbiote qui abrite Leptospira dans l'environnement (3) modéliser la dynamique de la dispersion de Leptospira lors de pluies et (4) générer une carte spatiale du risque intégrant des paramètres environnementaux, écologiques et climatiques. Cette approche holistique de la composante environnementale de la maladie apportera des connaissances et pistes pour sa prévention, et pourra servir de modèle pour d'autres infections transmises par l'environnement.
SpIRAL bénéficiera de l'expertise en Nouvelle-Calédonie dans les domaines de la leptospirose et des sciences du sol. Une connaissance complète des habitats environnementaux de Leptospira sera acquise, nécessitant une quantité importante d'informations sur les écosystèmes permettant leur survie. D’abord, une collection de sols et de sédiments géo-référencés sera prélevée et caractérisée (physico-chimie des sols, présence de leptospires in situ, microbiote procaryote et eucaryote). Leur capacité à soutenir la survie de Leptospira sera évaluée in vitro en microcosmes. L’interaction des leptospires avec les particules du sol, avec des Amibes libres environnementales ou dans les biofilms sera étudiée, permettant de mieux comprendre leur mode de vie. Profitant d'un site équipé pour l'hydrologie, SpIRAL étudiera et modélisera la dispersion de Leptospira pendant les pluies, déclencheurs connus de leptospirose. Le modèle sera établi dans le bassin versant pilote, puis évalué dans d'autres zones de forte incidence. Les informations acquises sur la dynamique de Leptospira dans l’eau lors des pluies révèleront des mesures préventives. Les données de SpIRAL ainsi que les facteurs de risque connus seront analysés pour établir et évaluer une carte spatiale du risque. Ce modèle sera utilisé pour étudier la pondération relative des facteurs de risque et pour traduire les résultats de la recherche en actions pour la santé.
SpIRAL vise à fournir une compréhension complète de l'écosystème dans la persistance et la dynamique de l'exposition à la leptospirose. Il comblera des lacunes de connaissances sur le mode de vie de Leptospira en dehors d'un hôte, déterminants clés de la maladie humaine, et fournira un vision intégrative, complète, riche et généralisable sur l'habitat environnemental de Leptospira. En changeant le paradigme d'une zoonose à une infection transmise par l'environnement, SpIRAL vise à mieux comprendre l'épidémiologie et à déduire des stratégies de gestion du risque pour mieux contrôler la leptospirose.