Recherche translationnelle sur Staphylococcus capitis en réanimation néonatale : de la caractérisation moléculaire des souches aux impacts en pratique clinique – NeoSCap

La prématurité est la première cause de décès des enfants de moins de 5 ans dans le monde et est responsable de nombreuses complications. Parmi ces complications, les infections néonatales tardives (INT, survenant après 3 jours de vie) nosocomiales sont fréquentes dans les services de réanimation néonatale. Récemment, le clone multirésistant NRCS-A appartenant à l’espèce Staphylococcus capitis a été décrit comme un pathogène majeur impliqué dans ces INT. Des études antérieures ont montré la spécificité de ce clone pour les services de réanimation néonatale ainsi que sa dissémination à l’échelle de la planète. De plus il a été démontré que son implication dans les INT exposait les nouveau-nés à un risque accru de morbidité, en comparaison avec d’autres bactéries. Enfin, des données scientifiques soutiennent l’hypothèse d’un portage digestif de NRCS-A et suggèrent que la translocation du tube digestif vers le sang serait impliquée dans la pathogénie de cette bactérie. Le projet NeoSCap présenté ici a pour objectifs d’explorer sous différents aspects le clone NRCS-A, notamment les mécanismes de diffusion et de persistance de ce clone en réanimation néonatale, les mécanismes à l’origine des INT dont il est responsable chez les grands prématurés et son impact clinique à l’échelle individuelle.

Tout d’abord, les déterminants génétiques de l’affinité particulière de NRCS-A pour les services de réanimation néonatale et les prématurés seront explorés par une approche originale de transcriptomique, testée dans les conditions réelles environnementales de réanimation néonatale. Le rôle des gènes mis en évidence sera ensuite confirmé par invalidation dirigée par la technique CRISPR-cas9 puis le phénotype des souches délétées sera comparé à celui des souches sauvages.
Par ailleurs, sur la base de données scientifiques suggérant que le réservoir des souches NRCS-A pourrait être le tube digestif, les mécanismes permettant la colonisation, la translocation puis l’INT seront explorés. Pour cela, une approche originale combinera des modèles in vitro, ex vivo et in vivo. Ces modèles prendront en compte les facteurs possiblement impliqués dans la colonisation et la translocation que sont l’immaturité du tube digestif du nouveau-né, la composition du microbiote digestif, la possible inflammation locale, l’effet d’une exposition à la vancomycine, l’influence de l’imprégnation par hormones stéroïdes chez les nouveau-nés.
De plus, le projet NeoSCap s’intéressera à l’éradication du clone NRCS-A des services de réanimation néonatale, question qui constitue un problème clinique majeur. Les différentes étapes de la diffusion et de la persistance de NRCS-A dans l’environnement seront explorées (biofilm, résistance aux antiseptiques) afin d’identifier des pistes et stratégies pour les prévenir. Différentes méthodes (notamment basées sur les combinaisons d’antiseptiques et la désinfection par vapeur) seront testées sur des incubateurs en fonctionnement. Nos résultats pourraient modifier directement les pratiques en réanimation néonatale, en proposant de nouveaux protocoles ou approches de désinfection.
Enfin, nous étudierons les facteurs de risque et le pronostic des enfants colonisés par S. capitis. La collaboration avec l’équipe d’Epipage 2 et l’accès à la base de données de cette cohorte prospective seront une opportunité pour répondre à ces questions cliniques.

En conclusion, notre projet est original par son approche translationnelle puisqu’il s’efforcera de répondre à la fois à des questions scientifiques (transcriptomique, pathogénie) et cliniques (pratiques de décontamination, devenir du patient). Le projet NeoSCap évaluera dans sa globalité la problématique de la diffusion mondiale et de l’impact chez les grands prématurés du clone multi-résistant NRCS-A. Cette thématique est en adéquation avec une des priorités de l’ANR 2019 concernant les résistances antibiotiques, qui constitue également un enjeu de santé publique mondial.