Facteurs de susceptibilité de l'hôte à l'encéphalite pédiatrique en Asie du Sud Est – SEAe-HostFactors

L'encéphalite infectieuse est un problème de santé publique mondial, compte tenu de ses taux élevés de mortalité et de séquelles neurologiques. Son incidence se situe entre 3 et 7 cas par 100 000 années-patients, est plus élevée chez l’enfant que l’adulte, et en Asie que dans d'autres parties du monde. L'Asie du Sud-Est (ASE) présente un risque élevé d'émergence de nouveaux agents pathogènes et est une zone de choix pour la caractérisation des agents pathogènes endémiques susceptibles de se propager à l'échelle mondiale. Nous avons mené une vaste étude prospective sur l'encéphalite infectieuse (projet SEAe), qui a inclus 695 enfants atteints d'encéphalite provenant de quatre pays d’ASE (Cambodge, Laos, Vietnam et Myanmar). Les résultats préliminaires indiquent que le virus de l'encéphalite japonaise (JEV) et l'entérovirus 71 (EV71) sont parmi les étiologies les plus fréquentes. Ces encéphalites sont graves (létalité > 10%, séquelles neurologiques > 40%), et il est donc essentiel de mieux comprendre la pathogenèse de ces infections. La séroprévalence élevée du JEV en ASE contraste avec la rareté de l'encéphalite associée au JEV, qui survient presque exclusivement chez les enfants. Ceci est en faveur de l'hypothèse que des facteurs de l'hôte contribuent à l'encéphalite japonaise. EV71 est également une étiologie majeure d'encéphalite, souvent fatale, et cette complication affecte généralement les jeunes enfants, mais seule une petite fraction des enfants infectés développe une encéphalite.
Une équipe de notre consortium a découvert que l'encéphalite due au virus herpès simplex 1 peut résulter de pertes de fonctions de gènes impliqués dans l'immunité TLR3. En outre, des facteurs environnementaux et la malnutrition ont été identifiés comme prédisposant aux infections sévères associés à EV71, et la composition du microbiome contribue à la maturation du système immunitaire aux niveaux intestinal et systémique et à l'invasion virale.

Notre premier objectif est d'identifier les facteurs génétiques de l'hôte prédisposant aux encéphalites associées à JEV et EV71, en combinant le séquençage de nouvelle génération et des études fonctionnelles approfondies. Notre deuxième objectif est d'analyser la composition du microbiome des patients atteints d'encéphalite associée à JEV et EV71, et d'identifier des signatures spécifiques qui pourraient corréler avec l'apparition d'une encéphalite. Nous analyserons aussi ces facteurs de façon combinée, afin d'identifier les interactions potentielles entre les facteurs de susceptibilité liés au microbiome et au génome de l’hôte, et déterminer s’ils augmentent de manière synergique la susceptibilité à l’encéphalites associée au JEV et EV71.

Le partenaire 1 est le co-investigateur principal du projet SEAe, expert des interactions hôte-pathogènes, et possède l'expertise nécessaire pour mener les analyses du microbiome. Le partenaire 2 est reconnu pour son travail pionnier dans la dissection de la susceptibilité génétique de l'hôte à l'encéphalite virale. Le partenaire 3, basé au Cambodge, est un contributeur essentiel du projet SEAe, et aidera à sélectionner et traiter les échantillons humains biologiques nécessaires pour compléter le projet.

Ce projet innovant et pluridisciplinaire rassemble des cliniciens et des scientifiques, et aborde des questions médicales et biologiques originales dans les domaines de la biologie des infections, de la virologie, des neurosciences et de l'immunologie. Ces questions sont essentielles à la compréhension de la pathogenèse de l'encéphalite virale, et peuvent être abordées grâce aux progrès du séquençage à haut débit, en génétique humaine et dans l’étude du microbiome, et l’existence d'une cohorte unique d'enfants d’ASE atteints d'encéphalite. Les partenaires sont parfaitement complémentaires, et les résultats scientifiques et médicaux obtenus feront avancer l’état des connaissances, et auront un impact sur la prise en charge des enfants atteints d’encéphalite.