Maladie coeliaque : mécanismes de résistance au régime sans gluten – COELAR

Contexte : Ce projet prolonge nos travaux visant à élucider comment l’inflammation intestinale chronique induite par le gluten dans la maladie cœliaque (MC) peut favoriser l’émergence de lymphomes invasifs ou “enteropathy-associated T lymphoma” (EATL). Nous avons montré que les EATL se développent à partir des lymphocytes présents dans l’épithélium intestinal et que 70% d’entre eux sont précédés par une lymphoprolifération intraepithéliale de bas grade, ou MC réfractaire de type II (MCRII). Nous avons aussi montré que : 1- les cellules de MCRII sont issues de cellules NKp46+ apparentées aux lymphocytes innés et présentes dans l’épithélium normal ; 2- chez les 12 premiers patients testés, les cellules de MCRII portent des mutations JAK1(1097) and STAT3(661), qui leur confèrent un avantage sélectif dans l’intestin cœliaque riche en interleukine 15 (IL-15). Celui-ci pourrait favoriser leur croissance aux dépens des lymphocytes normaux et l’acquisition de nouvelles mutations promouvant la progression en EATL.

Projet : Les trois partenaires du projet souhaitent compléter ces résultats en s’appuyant sur une cohorte unique (CELAC) établie grâce à leur collaboration dans le cadre d’un réseau national labellisé par l’INCa.

Le premier objectif est de compléter la caractérisation génomique des MCRII et EATL :
a) Le séquençage ciblé à haut débit (TNGS) de JAK1 et STAT3 et de 103 autres gènes dont les mutations favorisent les lymphoproliférations T or NK, permettra de cribler les biopsies intestinales et d’étendre les données déjà obtenues à l’ensemble de la cohorte CELAC. MCRII, EATL précédés ou non par une MCRII et d’autres lymphomes T intestinaux non associés à la MC seront comparés pour : 1- définir si les mutations JAK1/STAT3 mutations sont une signature de transformation maligne dans la MCRII. 2- identifier d’autres mutations capables de favoriser la transformation en MCRII et/ou la progression en EATL.
b) Deux approches non biaisées, le séquençage d’exome et l’hybridation génomique comparative, permettront d’identifier des anomalies génétiques somatiques non détectables par TNGS dans les lignées de MCRII et dans le tissu tumoral très infiltré. Le séquençage ciblé d’amplicons des régions d’intérêt permettra d’évaluer la récurrence des anomalies dans l’ensemble des biopsies de la cohorte.
c) Un modèle murin combinant surexpression intestinale d’IL-15 et transfert de cellules lymphoïdes innées transduites avec les allèles mutés JAK1(1097) et STAT3(661) sera mis en place pour évaluer le rôle de la voie JAK1/STAT3 dans la lymphomagénèse associée à la MC.
d) L’effet des inhibiteurs de JAK1 sera comparé sur la croissance et survie in vitro des cellules de MCRII et de lymphocytes T (LT) normaux pour évaluer leur efficacité mais aussi le risque d’éliminer des LT cytotoxiques et potentiellement anti-tumoraux.

L’objectif 2 vise à rechercher une réponse T anti-tumorale. L’expression des molécules contrôlant cette réponse sera testée dans MCRII et EATL. L’induction possible de LT cytotoxiques dirigés contre les cellules de MCRII sera recherchée en combinant prédiction in silico de néoantigènes et essais fonctionnels. Cet objectif est risqué mais important pour préciser le risque des inhibiteurs de la voie JAK/STAT ou au contraire l’intérêt thérapeutique des « check-point inhibiteurs ».

L’objectif 3 vise à définir l’intérêt diagnostique et thérapeutique d’un nouvel anticorps ciblant NKp46. Spécificité et sensibilité du marquage immunohistochimique seront évaluées sur les biopsies de la cohorte. L’efficacité de l’anticorps couplé à un agent alkylant pour éliminer les cellules de MCRII sera testée in vitro sur les cellules isolées de biopsies.

Les résultats obtenus permettront de mieux cerner la physiopathogénie de la lymphomagénèse compliquant la maladie cœliaque et de préciser l’intérêt de nouveaux outils pour le diagnostic et le traitement de cette complication rare mais très sévère de la MC.