Co-évolution et interactions dans et entre les protéines – CoevolInterProt

Comment représenter et comprendre les couplages entre acides aminés dans et entre les protéines? Nous avons précédemment analysé cette question dans le contexte de protéines isolées. Nous avons montré qu’une protéine pouvait comprendre différents groupes d’acides aminés qui co-évoluent de manière relativement indépendante, et sont associés à des propriétés fonctionnelles distinctes. Ces groupes d’acides aminés, que nous appelons « secteurs », sont obtenus en analysant statistiquement des alignements de séquences, et leurs propriétés fonctionnelles ont été confirmées expérimentalement. Nous proposons ici d’étendre ce travail au cas des interactions entre protéines en étudiant deux systèmes: (1) un système de différentes enzymes impliquées dans un même réseau métabolique, et (2) les anticorps, et plus particulièrement leurs propriétés de liaison. Dans le premier cas, nous chercherons à obtenir une description des interactions fonctionnelles entre enzymes fondée sur notre concept de secteur. Dans le second cas, nous analyserons la nature et l’origine des couplages entre les acides aminés qui déterminent la spécificité des anticorps en tirant parti d’une méthode d’évolution dirigée qui permet de simuler expérimentalement un processus évolutif.