– BotBank

Botrytis cinerea est un champignon phytopathogène nécrotrophe, capable d’infecter plus de 200 espèces végétales à la fois au cours des cultures et du stockage (Elad et al., 2004; Staats et al., 2005). Ce pathogène est l’agent de la pourriture grise qui affecte la vigne et d’autres cultures d’importance économique (légumes, fruits, fleurs, tournesol, pois chiches) (Williamson et al., 2007). L’infection par B. cinerea a pour conséquence de diminuer la valeur ajoutée des fruits, en affectant leurs propriétés organoleptiques ou leur fermentation (Colmenares et al., 2002; Reino et al., 2004; La Guerche et al., 2007; Nisiotou et al., 2007) ou la destruction des récoltes (Williamson et al., 2007). Le contrôle biologique de la pourriture grise a donné en serres des résultats prometteurs, toutefois difficilement reproductibles (Paulitz and Bélanger, 2001; Alizadeh et al., 2007). Par conséquent, la prévention des maladies causées par B. cinerea repose sur l’utilisation de produits antifongiques, dont l’utilisation récurrente a conduit à l’apparition de souches résistantes (Leroux et al., 2002; Fournier et al., 2005) et nécessite l’élaboration de nouvelles stratégies de lutte chimique. B. cinerea utilise un panel d’armes –enzymes lytiques, enzymes de production et de dégradation de molécules d’oxygène réactives (ROS), toxines– pour décomposer les tissus végétaux et induire la mort cellulaire programmée, qui est exploitée en retour par le parasite pour poursuivre la colonisation de l’hôte (Govrin and Levine, 2000; Lyon et al., 2004; van Kan, 2006; Choquer et al., 2007; van Baarlen et al., 2007; Williamson et al., 2007). La contribution des mécanismes de défense des plantes à leur sensibilité à B. cinerea et leur détournement aux bénéfices du parasite a été explorée à l’aide d’analyses de transcriptome (AbuQamar et al., 2006; van Baarlen et al., 2007). Ces études reposent sur l’utilisation d’Arabidopsis thaliana, qui n’est pas un hôte naturel de B. cinerea, et nécessitent d’être étendues à des cultures cibles d’importance économique (Williamson et al., 2007). L’objectif de notre projet est de développer une collection de mutants étiquetés de B. cinerea et de valider la création de cette banque par la caractérisation de souches dont le développement parasite est altéré. La transformation via Agrobacterium tumefaciens sera employée pour enrichir la collection de mutants déjà existante (Tudzynski et al., non publié). La croissance et la capacité de conidiation des transformants seront évaluées à la fois in vitro et in planta. En parallèle, les sites d’intégration de l’ADN-T seront déterminés en utilisant la TAIL-PCR et la séquence du génome (Broad Institute, Genoscope). Ces informations seront répertoriées en une banque de données, sur le modèle des banques de mutants des plantes modèles A. thaliana et Oryza sativa et du pathogène fongique Magnaporthe oryzae (Samson et al., 2002; Droc et al., 2006; Betts et al., 2007). Cette banque de données sera accessible ensuite pour la communauté scientifique et exploitable comme support de recherche fondamentale. De plus, les mutants dont le développement parasite est affecté seront caractérisés au niveau biochimique et moléculaire. Les signatures biochimiques des mutants seront définies sur la base de tests in vitro dont la mesure de la capacité de sécrétion d’enzymes lytiques (polygalacturonases, mannanases), de production de ROS et de tolérance aux ROS. Au niveau moléculaire, l’analyse comparative des souches sauvage virulente vs mutantes non pathogènes sera réalisée à l’aide des approches du transcriptome (microarray) et du protéome (analyses conventionnelles 1-D et 2-D, 2-D et DIGE couplées à des analyses de spectrométrie de masse et Western blots) en utilisant les cultures obtenues invitro et in planta (baies de raisin comme hôte modèle).