Analyses de séquences d'extrémités de clones BAC comme étape préliminaire au séquençage du génome des caféiers – GénomeCafé

L'utilisation effective des ressources génétiques caféières est considérée comme essentielle pour les programmes d'amélioration génétique dans une perspective de développement durable. Toutefois, malgré son importance économique et sociale dans de nombreux pays de part le monde, le caféier a fait l’objet de relativement peu étude concernant la description de son génome. Alors que le coût des techniques de séquençage était jusqu’à présent une limite importante, la récente émergence de technologies plus performantes offre de nouvelles perspectives. Un réseau international visant au séquençage du génome du caféier a ainsi pu être établi. Le présent projet vise d’une part à soutenir la participation de partenaires français à cette initiative internationale et d’autre part à générer des connaissances de base sur le génome des caféiers. Les séquences d’extrémités de 73728 clones BACs (i.e. bacterial artificial chromosome) représentant environ 0.1X du génome de Coffea canephora seront déterminées et analysées. Les séquences obtenues seront extrêmement utiles (i.e. pair-end tags) lors des étapes d’assemblage des contigs de séquences. De plus, les séquences seront analysées afin de développer de nouveaux marqueurs moléculaires (i.e. SSR) qui seront utilisés afin de compléter les cartes génétiques de C. canephora et C. arabica. Enfin, les séquences d’extrémités de clones BACs seront utilisées afin d’évaluer des caractéristiques du génome des caféiers. Les éléments transposables et les séquences correspondantes à des gènes putatifs seront recherchés et annotés. Les séquences identifiées d’éléments transposables (ET) seront ordonnées par classe de ET, et la fréquence des différentes familles de TE au sein du génome de C. canephora sera estimée. Les gènes putatifs serviront à estimer la proportion de gènes transcrits chez le caféier et seront utilisés dans des études sur l’évolution des gènes et sur la synténie.