Microbio-géographie à l'échelle de la France par application d'outils moléculaires au réseau français de mesures de la qualité des sols – ECOMIC-RMQS

Le projet ECOMIC-RMQS a pour objectif de mieux définir et comprendre les processus qui génèrent et maintiennent la biodiversité microbienne des sols, notamment par une meilleure estimation et caractérisation de la diversité « beta » de ces communautés (changement de composition de la communauté à l’échelle du paysage). Pour cela, il s’appuiera sur le RMQS (Réseau de Mesure de la Qualité des Sols) pour caractériser les communautés bactériennes indigènes de sols échantillonnés à une grande échelle spatiale. La densité et la diversité/structure génétique des communautés bactériennes seront caractérisées grâce à l’utilisation d’outils moléculaires (PCR Quantitative, empreintes moléculaires, puces à ADN) directement sur l’ADN extrait des sols du RMQS. Ce réseau comprend 2200 sols échantillonnés et couvre tout le territoire Français. Pour chacun des sols, les caractéristiques physico-chimiques, le spectre proche infra-rouge de la matière organique, les paramètres climatiques environnants, les compositions floristiques, l’utilisation des terres, les pratiques agricoles et évènements antérieurs seront répertoriés. Des outils statistiques seront développés pour confronter les données microbiologiques, pédo-climatiques et les distances géographiques afin i) de caractériser les profils bio-géographiques de la diversité bactérienne des sols de France, ii) d’évaluer la contribution relative des paramètres pédo-climatiques et d’utilisation des terres sur la diversité des communautés bactériennes indigènes, iii) de calibrer l’information spectrale avec les paramètres chimiques et bactériens et iv) d’identifier des bio-indicateurs bactériens d’environnements et d’activités anthropiques spécifiques. En second lieu des expériences seront menées en conditions contrôlées sur les sols du RMQS afin de vérifier le concept de Beïjerinck « everything is everywhere and the environment selects ». Ces travaux consisteront à extraire les communautés bactériennes de différents sols et à les réinoculer et suivre leur évolution (en termes de densité, de diversité et de composition) dans des sols du RMQS préalablement stérilisés et choisis pour leur paramètres physico-chimiques structurants pour la diversité bactérienne (démontré dans l’étape précédente). Cette approche plus fondamentale nous permettra de vérifier/confirmer l’importance relative des paramètres pédo-climatiques et de la composition initiale des communautés bactériennes sur l’évolution de la diversité microbienne dans un sol.