Les staphylocoques à coagulase négative dans les fromages, les salaisons et les ateliers de fabrication : Evaluation de la biodiversité et des risques sanitaires. – SNC/BEER

Les staphylocoques à coagulase négative (SCN) sont présents dans de nombreux fromages et salaisons où ils sont parfois utilisés comme ferments. Ils interviennent dans le développement des qualités organoleptiques assurant la typicité et la diversité de ces produits. Cependant plusieurs études décrivent des souches de SCN isolées des aliments et exprimant des facteurs de risque (toxines, antibiorésistance, production d'amines biogènes) dont les déterminants génétiques sont souvent portés par des éléments génétiques mobiles. L'innocuité sanitaire des SCN est ainsi remise en cause et, devant le durcissement des réglementations, les filières des produits fermentés laitiers et carnés, associées à des laboratoires de recherche institutionnels, des centres techniques et des professionnels du diagnostic agro-alimentaire, jugent utile d'anticiper le risque potentiel. Ils collaborent dans ce projet pour mener une étude prospective visant à améliorer la connaissance de cette flore SCN au niveau i) de sa biodiversité et ii) des facteurs de risque, de leur probabilité d'apparition et de transfert potentiel à d'autres souches. Ce sont les deux objectifs majeurs de ce projet.
La biodiversité des SCN sera évaluée sur 400 isolats de fromages, de salaison et d'ateliers de fabrication. Chaque souche sera identifiée par l'utilisation d'amorces spécifiques des 36 espèces différentes de staphylocoques. Pour les espèces dominantes, la diversité des souches sera évaluée par l'analyse des profils de macrorestriction par électrophorèse en champs pulsés.
Une puce diagnostic à ADN sera développéepour faciliter la recherche des facteurs de risque. Elle comportera des cibles pour l'ensemble des gènes de toxines, d'antibiorésistances et de synthèse d'amines biogènes déjà décrits chez les SCN ainsi que des gènes cibles d'espèces phylogénétiquement proches. Cette puce servira à inventorier les facteurs de risques présents dans un panel de 400 souches SCN. L'expression des facteurs ainsi identifiés sera déterminée par des antibiogrammes ou par RT-PCR complétée d'analyses biochimiques (amines biogènes) ou de détection immunoenzymatique (toxines) à la fois en condition de laboratoire et en condition de fabrication. Les risques de transferts horizontaux des déterminants génétiques de l'antibiorésistance seront évalués aux niveaux intra- ou inter-spécifiques. Pour cela, des souches donneuses et receveuses seront sélectionnées parmi les souches étudiées et les fréquences de transferts seront évaluées en conditions de laboratoire et en condition de fabrication.
Les résultats attendus de ce projet sont i) une meilleure connaissance de la diversité des SCN isolés des produits fermentés et des ateliers, ii) l'identification des facteurs de risques associés, iii) une évaluation du risque potentiel in vitro et dans des fabrications modèles et iv) une évaluation du risque de transmission intra- ou inter-spécifiques des déterminants de l'antibiorésistance (fréquence et condition de transfert) in vitro et dans des fabrications modèles.