– PATHOREGULOM

Le projet a pour objectif de revisiter la cascade de régulation qui contrôle de la pathogénie chez Ralstonia solanacearum, bactérie phytopathogène majeure et internationalement reconnue comme système modèle pour l'étude du déterminisme du pouvoir pathogène vis-à-vis des plantes. Il est fondé sur une approche transcriptomique pour identifier les cibles de gènes régulateurs connus, et sur le développement et l'exploitation d'un nouvel algorithme de prédiction des petits ARN non codants au sein des génomes bactériens à haute teneur en G+C afin de pouvoir évaluer le rôle de ces molécules dans la régulation du pouvoir pathogène. Des études antérieures ont établi le rôle central du gène hrpB dans ce processus. Ce gène code pour l'activateur transcriptionel des gènes hrp qui codent les composants d'un système de sécrétion de type III (TTSS) permettant l'injection de protéines, dites « effecteurs », dans les cellules de la plante. Ces travaux ont également montré que hrpB est également impliqué dans le contrôle de la production des effecteurs et que ce gène intervient au bas d'une cascade de régulation faisant intervenir deux autres activateurs transcriptionels et un facteur sigma extra-cytoplasmique. Par ailleurs l'analyse phénotypique d'un mutant hrpG (le gène activateur intervenant juste en amont de hrpB) suggère que ce gène contrôle également l'expression d'autres gènes de pathogénie indépendants de hrpB. Enfin, l'analyse récente du transcriptome d'un mutant hrpB a montré que la cascade de régulation préalablement proposée devait être complétée en aval de hrpB, certains des gènes cibles de hrpB étant probablement régulés de façon indirecte. Le développement récent d'une puce pangénomique de R. solanacearum ouvre maintenant la possibilité d'entreprendre une étude beaucoup plus complète de ce réseau de régulation fournissant ainsi de nouvelles voies d'approches tant pour l'analyse fonctionnelle du rôle des effecteurs sécrétés par le TTSS que pour l'identification de nouveaux déterminants de pathogénie indépendants du TTSS. Dans ce contexte, le projet proposé inclut : * La recherche des gènes cibles du régulateur HrpG ainsi que la recherche des gènes cibles de 5 régulateurs transcriptionnels identifiés comme faisant partie du régulon hrpB. Le travail reposera sur l'analyse comparative des profils de transcription de la souche sauvage et des mutants dans chacun des gènes régulateurs étudiés. * Une analyse fonctionnelle du rôle des nouveaux gènes ainsi identifiés dans le processus de pathogénie. De plus, il ouvre potentiellement de nouveaux moyens d'analyser la fonction des effecteurs en permettant un éventuel découplage de la production de différents groupes d'effecteurs présentant une régulation différentielle. * La création d'une banque de mutants étiquetés obtenus par insertion aléatoire d'un transposon dérivé de Tn5. Cette banque sera utilisée pour les analyses fonctionnelles précédentes et constituera une ressource générique pour de futurs études fonctionnelles chez cette bactérie, * Le développement et la validation d'un algorithme de prédiction de petits ARNs non codants dans les génomes à haut GC% tels que R. solanacearum (67%). Ceci afin de débuter une analyse du rôle potentiel de ces molécules dans la régulation de la pathogénie de R. solanacearum.