Projet meegBIDS.fr - Standardisation, partage et analyse facilitée des données de magneto et électrophysiologie en format BIDS
3 questions sur ce projet lauréat de l’appel Flash science ouverte
En quoi l’application des principes de la science ouverte, à propos des données de la recherche, constitue un enjeu dans votre domaine, discipline ou spécialité ?
Toutes les disciplines scientifiques expérimentales, et en particulier celles de la neuroimagerie et des neurosciences font face à des défis de gestion de données, de réplication de résultats scientifiques, ou aux difficultés de réutilisation et de partage de données et d’outils logiciels. Afin d’adresser ces défis, la communauté de neuroimagerie s’engage dans un effort international pour la standardization des données d’imagerie par résonance magnétique (IRM), et plus récemment des données de magnétoencéphalographie (MEG) en 2018 et électroencéphalographie (EEG) en 2019. Ce format appelé BIDS (Brain Imaging Data Structure) a désormais besoin d’augmenter son adoption dans la communauté notamment Française, et cela nécessite le développement d’outils logiciels qui fonctionnent de façon transparente avec des données au format BIDS.
Quels sont les objectifs du projet et les approches envisagées pour y répondre ?
Le projet meegBIDS.fr s’intéresse en particulier à l’écosystème BIDS MEG et EEG, moins mature, avec trois objectifs: 1) accélérer les cycles de recherche en permettant aux outils logiciels d’exploiter les données au format BIDS, 2) simplifier le partage de données de qualité à l’aide d’outils automatiques de validation, 3) former les neuroscientifiques Français afin qu’ils exploitent au mieux les données existantes EEG/MEG au format BIDS et publient leurs données sans gros efforts.
Afin de répondre à ces trois objectifs, le consortium propose:
- de consolider le validateur javascript qui permet de garantir que des données EEG/MEG sont conformes au standard avec un navigateur web.
- de rendre le logiciel MNE-Python (https://mne.tools) utilisé par des dizaines de labos dans le monde plus compatible avec le format BIDS.
- de développer les premières applications autonomes (les BIDS Apps) qui permettront l’analyse de données MEG/EEG dans un cloud sécurisé.
Quelles sont les perspectives en termes d’applications potentielles pour la communauté scientifique du domaine, des autres champs disciplinaires, ou encore pour la société ?
Les outils développés dans le projet seront utilisés par le communauté internationale de neuroscience et serviront à la valorisation des efforts de recherche. L’outil mne-bids (https://github.com/mne-tools/mne-bids) sera un vecteur de diffusion important.
Le projet meegBIDS.fr est coordonné par Alexandre GRAMFORT (Inria Saclay Ile-de-France). Il regroupe 4 partenaires : l’Inria, le CEA Neurospin, le CNRS et l’Institut du cerveau et le moëlle épinière (ICM), et est financé pour une durée de 24 mois.
