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Publication du programme PAUSE – ANR Ukraine pour l’accueil de scientifiques ukrainiens et ukrainiennes dans des laboratoires français
CE45 - Mathématiques et sciences du numérique pour la biologie et la santé

Reseaux Métaboliques Artificiels – AMN

Résumé de soumission

Alors que le rôle premier du métabolisme est la conversion chimique, peut-il aussi servir de dispositif de traitement de l'information ? Pour répondre à cette question, nous proposons d’encoder divers modèles métaboliques microbiens en réseaux métaboliques artificiels (AMNs), qui peuvent être entrainés à partir de données expérimentales ou de simulations de modèles. Contrairement aux réseaux neuronaux artificiels de type "boîte noire", nos AMNs reflèteront la structure et la dynamique des réseaux métaboliques.
Nos AMNs seront testés sur des problèmes classiques d'apprentissage machine pour évaluer le niveau de sophistication que le métabolisme est capable de gérer.
Dans un contexte biotechnologique, nos AMN servirons à la conception d'expériences pour (i) maximiser la productivité d'une souche de Escherichia coli productrice de lycopène en déterminant la composition en nutriments et la liste de gènes endogènes à supprimer (ii) classifier la sévérité d’infections virales par l’ingénierie d’une souche de Escherichia coli capable de détecter des biomarqueurs de la COVID-19 dans des échantillons cliniques.

Coordinateur du projet

Monsieur Jean-Loup Faulon (MICALIS)

L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.

Partenaire

MICALIS MICALIS
MIA Mathématiques et Informatique Appliquées
TIMC-IMAG Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble
MaIAGE Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement

Aide de l'ANR 498 390 euros
Début et durée du projet scientifique : mars 2022 - 42 Mois

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