Un flux de travail de la gMEP (Genetic magnetic-extraction-proteomics) pour comprendre le lien entre la rupture vacuolaire de Shigella et l'autophagie – PureMagRupture

Les agents pathogènes bactériens intracellulaires pénètrent dans les cellules hôtes pour former une vacuole contenant des bactéries (BCV). Ensuite, la BCV mûrit ou se rompt, ce qui donne lieu à deux niches intracellulaires distinctes dépendant de l'agent pathogène, l'une vacuolaire et l'autre cytosolique. La niche intracellulaire est intimement liée à la capacité de la bactérie à se développer et à échapper à la pression antimicrobienne pour la persistance bactérienne. Shigella est un modèle pour les agents pathogènes qui rompent la BCV et l'agent causal de la dysenterie bactérienne avec un énorme fardeau de santé publique au niveau mondial. Néanmoins, les processus moléculaires régissant la formation de la niche intracellulaire de Shigella par la rupture de la BCV sont restés énigmatiques. Ici, nous développons un flux de travail d'extraction magnétique génétique-protéomique pour obtenir des informations complètes sur les processus moléculaires subvertis pour la rupture de la BCV de Shigella. Pour y parvenir, nous avons déjà généré des Shigella magnétiques qui peuvent maintenant être utilisés pour purifier les compartiments contenant les bactéries aux étapes successives de l'invasion des entérocytes. Les BCVs obtenues par cette méthode seront analysées pour le protéome, les modifications post-traductionnelles et le lipidome. Les principaux régulateurs seront analysés par voie biochimique et biologique cellulaire grâce à des approches développées et régulièrement utilisées par les partenaires de PureMagRupture. En parallèle, nous avons déjà obtenu des données sur les gènes candidats qui déterminent la niche intracellulaire de Shigella, comme la voie de l'autophagie et les régulateurs du trafic membranaire. Ces candidats seront également entièrement caractérisés grâce aux nouveaux flux de travail établis dans le cadre de ce projet. Ensemble, le projet PureMagRupture fournira des informations complètes sur la rupture de la BCV. Nos données et les méthodes nouvellement développées seront également pertinentes pour la compréhension d'autres agents pathogènes qui accèdent au cytosol de l'hôte, et fourniront des informations générales sur l'accessibilité du cytosol des cellules métazoaires.