Analyse paléogénomique des populations humaines du Bassin parisien entre le Néolithique et le 17e siècle – ParisAncientDNA

Le développement récent de la paléogénétique a significativement contribué à une meilleure compréhension des origines et de l’histoire évolutive des populations humaines modernes, en particulier en Eurasie. De ce point de vue, le territoire actuel de la France, notamment le Bassin parisien, présente un intérêt spécifique en tant que carrefour entre l’Europe Centrale et les régions atlantique et méditerranéenne. De plus, le Bassin parisien constitue une entité géographique cohérente, densément peuplée depuis des millénaires, qui a été l’objet de recherches intensives et qui est devenue un centre politique important depuis deux mille ans. Mettant à profit le caractère interdisciplinaire de notre unité Éco-anthropologie (Musée de l’Homme, Paris), qui rassemble des archéologues, des paléogénéticiens et des généticiens des populations, le projet ParisAncientDNA a pour objectif de caractériser en détails l’histoire démographique humaine de ce territoire-clé sur une période de sept millénaires, du Néolithique ancien à l’époque moderne. Trois dimensions seront étudiées à travers l’analyse de données génomiques d’ADN ancien : (i) l’histoire évolutive des populations qui s’y sont succédé, (ii) les traits sociaux qui peuvent être mis en évidence en intégrant les données génétiques et archéologiques des sites, et (iii) la détection de processus de sélection naturelle.

Notre objectif principal sera d’évaluer les relations génétiques entre les populations humaines établies dans le Bassin parisien depuis le Néolithique ancien jusqu’à nos jours, notamment d’estimer les proximités ou divergences génétiques entre les périodes successives. Pour ce faire, nous obtiendrons des données génomiques pour 15 à 20 individus pour huit périodes archéologiques : le Néolithique ancien (5200-4700 AEC), le Néolithique moyen (4700-4300 AEC), le Néolithique récent et tardif (3600-2300 AEC), l’Âge du Bronze (2300-800 AEC), l’Âge du Fer (800 AEC jusqu’au 1er siècle AEC), la période Gallo-Romaine (1er siècle AEC-5e siècle EC), la période Carolingienne (8e-11e siècles EC) et le 17e siècle EC.

Notre deuxième objectif sera de caractériser minutieusement chaque site archéologique, et en particulier de décrire précisément les origines génétiques et les relations familiales de tous les individus, de façon à mieux appréhender les pratiques socio-culturelles, les structures sociales et les modes de recrutement pour ces lieux de sépulture. En effet, il a été démontré que de nombreux traits culturels (tels que la patrilinéarité, le choix des conjoints, etc.) laissent des marques dans les génomes, ce qui permet d’inférer des pratiques sociales passées à partir de données de diversité génétique.

Finalement, parce que la révolution néolithique a induit des modifications profondes dans les modes de vie (changement d’alimentation, sédentarisation, augmentation de taille des populations, proximité avec des animaux domestiques), elle correspond à une période durant laquelle les populations humaines ont été soumises à de multiples et nouvelles pressions de sélection liées à des paramètres métaboliques et immunitaires. Le génome humain montre notamment des marques d’adaptation à de nouvelles contraintes alimentaires. Par ailleurs, les maladies infectieuses ont eu une influence considérable sur les histoires démographiques des populations passées. L’impact de la Peste Noire en Europe occidentale sur la démographie, les migrations et les cultures du Moyen-Âge est bien connu, et il a été suggéré que les épidémies infectieuses ont joué un rôle important dans l’évolution des sociétés préhistoriques. Notre troisième objectif sera donc de détecter des signatures de sélection naturelle au cours de ces périodes dans le Bassin parisien.

À travers cette approche multidisciplinaire combinant des aspects génétiques et sociaux, notre ambition est de donner une image détaillée des populations qui ont habité cette extrémité occidentale de l’Europe au cours des sept derniers millénaires.