Histoire naturelle du SARS-CoV2 : Emergence et Réservoir – DisCoVer

Fin décembre 2019, une nouvelle maladie nommée COVID-19 (COronaVirus Infectious Disease 2019), due à un nouveau Betacoronavirus, le SRAS-CoV-2, a été notifiée à Wuhan, en Chine. L'OMS a déclaré «une urgence de santé publique de portée internationale» le 30 janvier 2020. Quelques semaines plus tard, le virus s'est propagé dans plus de 170 pays et a causé plus de 215 000 cas dont plus de 8 790 décès (avec une grande majorité en Chine - 18 mars 2020, OMS).
Des enquêtes préliminaires sur les échantillons disponibles collectés en 2013 ont donné une identité nucléotidique moyenne de 96% avec le génome d'un Sarbecovirus (genre de Betacoronavirus) d'un spécimen de chauve-souris Rhinolophidae. Malgré ces annonces, l'ancêtre le plus récent et le plus direct de ce virus émergent n'a pas encore été découvert et l'histoire naturelle de son émergence reste à élucider. Cela a conduit à la fois l'OMS et l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) à inscrire la recherche du réservoir et l'histoire naturelle de l'émergence comme une priorité absolue. DisCoVER vise à répondre à la question de l'origine du SARS-CoV en réunissant une équipe interdisciplinaire d'experts dans le domaine : de l'Université de Caen, de l'IRD, du CNRS, des Universités de Kasetsart et Mahidol (Thaïlande) et du Centre d'Infectiologie Lao Christophe Mérieux.
L'objectif principal du projet est de suivre l'origine du SRAS-CoV2 dans des milieux naturels partageant des caractéristiques biogéographiques et socio-écologiques avec le sud-ouest de la Chine (régions du nord de la Thaïlande et RDP lao). L'objectif est de caractériser le cycle naturel du SRAS-CoV2 et les modalités de son émergence chez l'homme. Le risque zoonotique / d'émergence des Sarbecovirus liés au SRAS-CoV2 infectant des animaux sauvages dans le nord de l'Asie du Sud-Est sera estimé à l'aide d'un modèle qui intégrera des données / analyses phylodynamiques avec les facteurs socio-écologiques, pour développer de véritables stratégies d'anticipation et de prévention des émergences futures.