Etude Génétique de la Population Française – FROGH

Ces dix dernières années, de nombreux variants génétiques fréquents impliqués dans les maladies complexes ont été mis en évidence. Ceux-ci n’expliquent qu’une fraction réduite de la composante génétique de ces maladies et il est probable que des variants plus rares, apparus récemment et donc circonscrits à des populations locales puissent jouer un rôle important. Du fait de leur origine récente, ces variants génétiques peuvent présenter des différences de fréquences entre populations plus importantes que les variants génétiques fréquents. La recherche de leur implication dans les pathologies humaines passe donc par une caractérisation de leur distribution et de leurs fréquences dans les populations mêmes d’où sont recrutés les patients atteints de ces pathologies. Plus généralement, il est important d’étudier l’histoire démographique de ces populations afin d’en mieux appréhender la structure génétique.
Le projet FROGH se propose en premier lieu de fournir de nouveaux outils pour étudier ces variants génétiques dans la population Française.
Par ailleurs, nous avons démontré récemment qu’il existait une stratification génétique non négligeable à l’intérieur même de la France et posé la question de sa conséquence dans la recherche de variants rares pathogènes. Le projet FROGH se propose ainsi d’explorer cette structure génétique et de contribuer aux connaissances dans le domaine de la démographie du territoire contemporain de la France à travers l’analyse du génome.
Pour réaliser cet objectif, nous allons analyser un total de 1264 individus dont le séquençage (600 exomes et 664 génomes) est déjà financé et en partie disponible. Ces individus ont été recrutés dans 4 régions Françaises. Le séquençage effectué sur tout le génome, à une échelle de 30X permettra d’identifier les variants génétiques rares ayant une fréquence d’au moins X%. Les individus sélectionnés ont, en grande majorité, leurs grands-parents nés dans un rayon de 30 kilomètres, ce qui est un mode de sélection classique en génétique des populations humaines.
De façon importante, dans notre projet, nous voulons également évaluer l’apport du séquençage de l’ADN ancien afin d’améliorer notre connaissance des processus démographique ayant donné naissance à la structure génétique actuelle.
Pour réaliser notre objectif, nous avons réuni un consortium multidisciplinaire comprenant des généticiens des pathologies, des généticiens des populations, des spécialistes de l’étude de l’ADN ancien et des sociologues travaillant dans le domaine de la génétique humaine et le Centre National de Génotypage.
Notre projet, dans cette première étape, se concentre plus particulièrement sur les Régions Nord, Ouest et Centre de la France en raison des populations disponibles. Il ambitionne de participer à une dynamique et mettre en place des structures qui pourront rapidement s’adapter rapidement à une extension sur l’ensemble du territoire.
Nous nous appuyons sur un ensemble considérable, à l’échelle de la France, de donnés de séquençage en population humaine générées ou en cours de l’être et proposons de donner les moyens d’analyser ces données afin d’accélérer la recherche biomédicale en France.
Le projet FROGH participera à la construction d’un panel de génomes français de référence et permettra à notre pays de prendre une place importante dans des projets internationaux visant à comprendre les liens entre diversité génétique des populations et maladies humaines.