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Ecologie fonctionnelle des protistes parasites dans le compartiment benthique – PARASED

Résumé de soumission

Bien que la plupart des micro-parasites eucaryotes marins soient encore mal connus, ils jouent pourtant un rôle fondamental dans l’équilibre des écosystèmes marins car ils infectent tous ses compartiments. Toutefois, cet équilibre fragile est aujourd’hui menacé, notamment par les changements globaux : i.e. intensification des activités humaines, réchauffement climatique, introduction d’espèces exotiques pouvant conduire à l’émergence et l’augmentation de nouvelles pathologies.
Les Perkinsea forment un groupe de protiste parasites très mal décrit, mais dont l’importance semble fortement sous-estimée. Le clade le plus connu, Perkinsus spp, est responsable de la « Dermo », maladie liée à des mortalités massives de bivalves conduisant notamment à l’effondrement de l’industrie ostréicole en Virginie, USA. Paradoxalement, ces organismes sont facilement détectables (au niveau de la séquence) en milieu lacustre mais très peu en milieu marin. Grâce au programme européen BioMarKs, j’ai pu mettre en évidence que la diversité de ce groupe de parasites en milieu marin était largement plus importante que décrite précédemment. L’analyse phylogénétique des séquences environnementales a révélé au moins 30 clades marins dans ce groupe, dont seuls trois (dont Perkinsus spp) étaient décrits jusqu’ici. Ils sont simplement longtemps passés inaperçus pendant les séquençages environnementaux, car ces organismes semblent être localisés principalement dans le sédiment. Ce phylum apparaît aujourd’hui comme plus complexe et composé de nombreuses espèces de parasites.
Dans le cadre du projet PARASED, l’objectif principal est maintenant d’élucider le rôle écologique de ce groupe de parasites, les Perkinsea, révélés par leurs signatures génétiques.
Dans ce contexte, ce projet s’articule donc autour de 3 objectifs : 1) évaluer la phylogeographie des Perkinsea à travers une échelle globale et locale, 2) décrire leur cycle de vie et leur spectres d’hôtes et finalement 3) décrire les processus fondamentaux biologiques intervenant dans l’interaction entre les Perkinsea et leurs hôtes.
La stratégie que je propose ici est premièrement de mener une étude phylogéographique globale puis de cibler deux écosystèmes français (la rade de Brest et la baie d’Arcachon) pour évaluer le rôle écologique des Perkinsea.
Je ciblerai ainsi en priorité le modèle commercialement important P. olseni (parasite de palourdes, i.e. R. philippinarum ) puis les résultats et les méthodologies développés pourront être transférés aux clades de Perkinsea seulement décrits jusqu’ici par leurs signatures génétiques. Ce projet se base sur une approche pluridisciplinaire rassemblant des domaines scientifiques variés tels que la biologie, la physiologie, l’écologie et la bio-informatique ; et s’appuiera sur l’expertise scientifique des partenaires. Par ailleurs la problématique développée dans ce projet est innovante et d’actualité. D’une part, le groupe ciblé, les Perkinsea, est très peu décrit, mais dont ses représentants connus sont responsables de mortalités massives. D’autre part, le compartiment benthique (dans lequel sont présents ces parasites) est fortement affecté par les perturbations anthropiques, mais la diversité et le rôle fonctionnel des protistes qu’il comprend sont encore largement ignorés.
Les données et résultats générés par ce projet permettront l’acquisition d’un ensemble de connaissances importantes, qu’il s’agisse de P. olseni ou des Perkinsea en général. J’identifierai ainsi i) leur cycle de vie, ii) leur impacts écologiques sur les populations hôtes dont des espèces d’intérêt économique/écologique et iii) les mécanismes cellulaires et les voies de signalisation mise en œuvre durant l’infection. Finalement, compte-tenu de l’urgence de cette problématique environnementale, les données issues de ce projet auront des conséquences écologiques importantes et permettront l’adaptation des politiques de conservation dans le cadre de la gestion de la biodiversité.

Coordination du projet

Aurelie Chambouvet (Laboratoire des sciences de l'environnement marin (LEMAR))

L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.

Partenaire

CNRS-LEMAR Laboratoire des sciences de l'environnement marin (LEMAR)

Aide de l'ANR 335 000 euros
Début et durée du projet scientifique : mai 2016 - 48 Mois

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