Confrontation entre connaissances de l’état de l’art et connaissances extraites de dossiers patients en pharmacogénomique – PractiKPharma

La pharmacogénomique (PGx) étudie comment les variations génétiques influent sur la réponse aux médicaments. Les connaissances disponibles en PGx servent de base à la mise en œuvre d’une médecine personnalisée, c’est à dire une médecine qui considère le contexte génétique du patient afin de proposer le traitement le plus adapté. Cependant, la plupart de l’état de l’art en PGx n’est pas directement transposable à la médecine, car non validé. En effet, beaucoup d’études en PGx ne satisfont pas les standards de validation statistique classique et sont difficilement reproductibles à cause notamment de la rareté des variations génétiques étudiées (qui rend difficile la constitution de cohortes de taille suffisante) et de l’aspect multifactoriel de la réponse aux médicaments. D’un autre côté, la généralisation des Dossiers Patients Electronique (DPE) dans les hôpitaux génère de grandes bases de données qui permettent de constituer des cohortes inédites. Celles-ci permettent, à partir de données observées en pratique clinique, de tester des hypothèses difficiles à étudier expérimentalement jusque là.

Le but du projet PractiKPharma (Practice-based evidences for actioning Knowledge in Pharmacogenomics) est d’extraire des connaissances à partir des données des DPE afin de valider les connaissances de l’état de l’art de PGx qui ne le sont pas. Les unités de connaissances ont ici la forme de relations ternaires variant génétique–médicament–effet indésirable et peuvent être représentées de façon plus ou moins formelle à l’aide d’ontologies. Pour atteindre le but fixé, PractiKPharma vise quatre objectifs : (1) l’extraction de connaissances "de l’état de l’art" à partir de bases de données et de la littérature spécialisées, (2) l’extraction de connaissances "observationnelles" (i.e., à partir de données observées en pratique clinique) des DPE des hôpitaux partenaires du projet, (3) la comparaison des connaissances préalablement extraites en (1) et (2) pour en valider certaines grâce aux observations cliniques et ainsi permettre leur mise en œuvre en médecine personnalisée. (4) Enfin, nous proposons de mettre en valeur les connaissances validées (pendant le projet ou avant) en proposant des éléments d’explication quant à la survenue d’effets indésirables. Nous émettrons des hypothèses sur les mécanismes moléculaires sous-jacents en utilisant (et en complétant) le contenu des bases de données biologiques ouvertes et liées.

Le projet implique un consortium pluridisciplinaire de 4 partenaires académiques : 2 laboratoires d’informatique, le LORIA (coordinateur) et le LIRMM qui ont une expérience significative en ingénierie des connaissances et leurs applications en santé; et 2 établissements de santé, l’Hôpital Européen Georges Pompidou (HEGP) et le laboratoire SSPIM du CHU de Saint-Etienne qui ont des compétences fortes en PGx, gestion de DPE et pharmacovigilance.

Les impacts attendus de PractiKPharma en informatique et en santé sont : de nouvelles méthodes d’extraction de connaissances à partir de texte et de DPE ; l’annotation sémantique et multilingue de DPE ; des méthodes de représentation et de comparaison des connaissances de l’état de l’art et observationnelles ; une base de données qui liste les traits phénotypiques (ou traits quantitatifs, disponibles dans les DPE) qui peuvent servir de marqueurs d’un génotype (rarement disponible dans les DPE) ; la complétion et la connexion des données ouvertes et liées en rapport à la PGx ; des méthodes pour générer des hypothèses quant aux mécanismes moléculaires expliquant la survenue d’effets indésirables ; des unités de connaissances de PGx utilisables pour établir des protocoles de soins qui prennent en considération le contexte génétique des patients et réduire ainsi les effets indésirables. La raison d’être du projet est au final de faire avancer l’état des connaissances en PGx pour qu’elles puissent être mise en œuvre et améliorer la qualité des soins.