Ecoepidémiologie des coronavirus, de la faune sauvage à l'homme, et risque d'émergence. – EPICOREM

Plus de 60% des maladies infectieuses chez l’homme sont dues à des agents pathogènes circulant également chez les animaux domestiques et dans la faune sauvage. La plupart de ces agents pathogènes sont des virus dont le génome est une molécule ARN. Les virus à ARN sont caractérisés par une grande diversité, une structure de population en quasispecies, un haut niveau de recombinaison, la possibilité d’établir des infections persistantes, la capacité à franchir les barrières d’espèces, et à rapidement s’adapter aux changements environnementaux. Parmi les virus à ARN, les coronavirus (CoV) sont particuliers dans la mesure où, d’une part, ils semblent posséder une résistance importante en dépit de leur nature de virus enveloppés, et d’autre part ils possèdent le plus grand génome ARN viral connu. Les CoV infectent de très nombreuses espèces mammifères et aviaires, et il existe en médecine vétérinaire, plusieurs histoires d’émergences réussies secondaires à des franchissements de barrière d’espèce. En médecine humaine, un intérêt particulier a été porté aux CoV depuis la survenue de la pandémie de SARS en 2002-2003, secondaire à un franchissement de barrière d’espèce à partir du réservoir sauvage des chiroptères. Quatre CoV humains circulent actuellement chez l’homme et sont responsables d’infections respiratoires de gravité variable. Les études actuelles montrent que les HCoV sont, avec les Rhinovirus, les deux virus respiratoires les plus prévalents dans la population générale, et parmi les plus prévalents dans la population des patients hospitalisés pour une infection respiratoire. L’identification très récente, en septembre 2012, de HCoV-EMC, un CoV très pathogène, avec une mortalité supérieure à 50% parmi les 9 cas actuellement décrits, montre que les CoV font partie des virus sous étroite surveillance. Une alerte sanitaire HCoV-EMC est en cours, tout particulièrement dans les pays de la Péninsule Arabique. La cible de ce projet est donc un sujet d’actualité.
EPICOREM est un projet qui s’inscrit dans le concept nouveau « One Health », offrant une vision élargie, holistique, de l’écologie des virus au sein des différents écosystèmes. EPICOREM propose ainsi une étude horizontale des infections à CoV, depuis la faune sauvage jusqu’à l’Homme. Ce projet aborde également de nombreux aspects de l’écologie coronavirale : l’évaluation de la circulation dans les différentes populations animales et humaine, l’étude de la diversité des souches CoV circulant dans les populations où il existe un dépistage des infections à CoV, la recherche de CoV dans les populations animales où aucune donnée n’est disponible, l’étude des facteurs clefs de la transmission inter hôtes, les conditions d’adaptation du virus aux différentes contraintes (goulot d’étranglement, immunité pré-existante, anti-viraux). La meilleure connaissance de l’écologie de ces virus devrait permettre de mieux appréhender la dynamique des infections à CoV dans les différentes populations animales et humaine, et ainsi la détection rapide et précoce de l’émergence de variants particulièrement pathogènes.
Ce projet est multidisciplinaire et réunit des chercheurs impliqués dans différents domaines (virologie humaine et animale, biologie évolutive, phylogénie, zoologie, écologie, épidémiologie, immunologie). Ceci représente un gage de faisabilité de ce projet, depuis l’acquisition des prélèvements jusqu’à l’interprétation pertinente des résultats épidémiologiques et phylogénétiques qui seront obtenus. Ce projet a également la force de réunir d’une part un très grand d’experts français sur les coronavirus, et d’autre part des experts de la faune sauvage, et de permettre ainsi leur interaction au sein du consortium mis en place.