Etude du rôle de la terminaison de la transcription dans le contrôle de la transcription cachée chez la levure S. cerevisiae. – TermCUT

Nous utilisons une variété de techniques, de la biochimie aux analyses à niveau génomique. Nous étudions des cas modèles, mais analysons aussi la généralité des nos résultats avec des études de bioinformatique.Nous utilisons une variété de techniques, de la biochimie aux analyses à niveau génomique.

Voir partie spécifique en anglais.

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Porrua, O., and Libri, D. (2013) A bacterial-like mechanism for transcription termination by the Sen1p helicase in budding yeast. Nat. Struct. Mol. Biol., 20, 884-891

La terminaison de la transcription est essentielle, aussi bien pour assurer la formation de l’extrémité 3’ de transcrits fonctionnels, que pour éviter les phénomènes d’interférence transcriptionnelle entre des régions transcrites adjacentes ou avec d’autres événements cellulaires tels que la réplication ou la maintenance des télomères. Ceci est d’autant plus critique dans un génome compact comme celui de S. cerevisiae. La terminaison est aussi l’une des stratégies principales que la cellule emploie pour contrôler et limiter la transcription « invasive » ou cachée. Chez la levure, les CUTs (Cryptic Unstable Transcripts), que nous avons contribué à découvrir, répresentent la fraction principale des transcrits cachés . La terminaison de la transcription de ces ARNs est effectuée par le complexe Nrd1. Dans ce projet nous comptons étudier deux aspects de la terminaison de la transcription : i) l’étude du mécanisme de terminaison de la transcription dépendant de du complexe Nrd1 et ii) l’analyse d’une nouvelle voie de terminaison que nous avons découvert récemment. Nous allons d’abord utiliser les outils biochimiques que nous avons mis au point au cours d’un projet précédemment financé par l’ANR. Nous avons en effet réussi à obtenir terminaison de la transcription in vitro avec à partir de des facteurs purifiés (la l’ARN polymerase II et Sen1p, une composant clef du complexe Nrd1). A l’aide de ce système et en utilisant les versions sauvages et mutées des composants du complexe Nrd1, nous étudierons en détail les éléments requis pour cette terminaison. Dans un autre axe, issu également de résultats obtenus dans le cadre d’un précédent projet ANR, nous étudierons le mécanisme et la fonction de la terminaison de la transcription induite par des protéines liant l’ADN, dite « road block ». Nous avons montré dans des expériences préliminaires que la protéine liant l’ADN Reb1p (et possiblement d’autres protéines contenant un domaine similaire liant l’ADN) peuvent induire la terminaison de la transcription in vivo et nous avons décrit les caractéristiques qui distinguent cette voie des voies canoniques de terminaison. Nous allons décortiquer ce mécanisme et nous explorerons la distribution des sites de terminaison road-block au niveau génomique avec une approche visant à identifier les sites de pause de la polymerase qui sont résolus par l’ubiquitination et la dégradation de l’enzyme. Nous étudierons l’implication dans cette voie de terminaison d’autres protéines liant l’ADN. Nous sommes persuadés que ce projet est ambitieux mais réaliste en regard des résultats prometteurs déjà obtenus. Ces études vont élargir nos connaissances sur le contrôle de la transcription invasive chez la levure et vraisemblablement chez d’autres organismes.