Bacillus subtilis: modèle d'étude alternatif de la maturation et la dégradation de l'ARN – subtilRNA2

Les techinques employés vont de la bioinformatique à de la cristallographie, en passant par la génétique, la biochimie et la biologie moléculaire. Le projet exploite également des analyses transcriptomique à haute résolution afin d'identifier les transcrits affectés dans différents mutants des gènes codant pour les RNases les plus importantes.

Les résultats majeurs obtenus jusqu'ici sont (1) l'identification de la pyrophosphohydroalse RppH qui déprotège les ARNm en convertissant l'extrémité 5' triphosphate des transcrits primaires en 5' monophosphate (2) la résolution des structures cristallogaphiques de la RNase J, la RNase Z et RppH en complexe avec de l'ARN (3) l'identification des substrats des RNases J1, Y et III, à l'échelle globale, par des analyses de tiling array et (4) l'étude de la régulation RNase III-dépendant de l'ARNm codant la toxine txpA par l'ARN antisense ratA chez B. subtilis.

Nous travaillons actuellement sur trois questions majeures restantes (1) les rôles des deux RNases orphelines KapD et YacP (2) l'identification de l'enzyme responsable de la maturation de l'extrémité 3' de l'ARN ribosomique 16S et (3) le rôle de ARN regulateurs dans la dégradation de l'ARNm chez B. subtilis.

Sept papiers originaux dans Molecular Cell, J Bacteriol., PNAS et deux chacun dans PLoS Genetics et Structure temoignent de l'état d'avancé du projet. Nous avons également publié trois revues, un dans RNA Biol., un dans Curr. Opin. Microbiol et le dernier sous forme de chapitre dans un numéro de Nucleic Acids and Molecular Biology dédié au ribonucléases

Notre vision sur le métabolisme de l’ARN a été forgée par des études effectuées principalement chez Escherichia coli, en ce qui concerne le monde bacérien, et Saccharomyces cerevisiae, pour ce qui est des eucaryotes. Ces deux organismes restent aujourd’hui les modèles de référence dans ce domaine, mais il est clair depuis un bon moment que S. cerevisiae n’est pas représentatif de tous les eucaryotes. En revanche, c’est seulement depuis peu, et grâce notamment à des études réalisées sur l’organisme à Gram-positif Bacillus subtilis, que l’on s’est rendu compte qu’E. coli ne peut pas réprésenter toutes les bactéries.
E. coli et B. subtilis possèdent des voies très différentes pour réaliser certains processus cellulaires fondamentaux, résultant d’une évolution séparée vieille de plus d’un milliard d'années. Les voies de maturation et la dégradation de l’ARN sont d’excellents exemples de cette différentiation. Ainsi, plus d’une trentaine de ribonucléases (RNases) identifiées chez ces deux organismes, huit seulement leur sont communes. Il est aussi remarquable de noter que même les RNases essentielles à la viabilité cellulaire pour chacun de ces deux organismes ne sont pas pareilles. Le mécanisme de la dégradation, tant au niveau de la chimie qu’à celui de son déclenchement, diffère également. Lors d’un précédent projet ANR, nous avons découvert que B. subtilis possède une activité 5’-3’ exoribonucléase (fournie par la RNase J1), activité que l’on pensait jusqu’alors être caractéristique des voies de dégradation eucaryote uniquement. Nous savons également par nos précendentes études que certaines enzymes importantes restent à identifier chez B. subtilis et que, pour d’autres RNases suspectées, il nous reste à trouver leurs fonctions. La plupart de ces enzymes sont propres à B. subtilis. Malgré les quelques enzymes manquantes, nous pensons avoir maintenant à notre disposition la plupart des outils pour caractériser en détail les voies de maturation et de dégradation de l'ARN chez B.subtilis. En répondant à de nouvelles questions soulevées lors de la réalisation du précédent projet ANR, nous comptons rapprocher notre compréhension du métabolisme de l’ARN chez B. subtilis de celle atteinte chez E. coli et la levure.