Identification genetique des espèces animales dans les cuirs, peaux et fourrures. Application au commerce actuel et aux oeuvres d'art anciennes – SPECICUIR

De nombreuses méthodes d'identification des espèces dans les substrats organiques ont été traditionnellement développées mais ces méthodes sont peu efficaces pour l`analyse d'échantillons ayant subi des transformations et aucune des méthodes de traçabilité moléculaire existantes ne permet en routine d'identifier un grand nombre d¿espèces. L¿utilisation des puces à ADN permet d¿analyser un très grand nombre d¿espèces dans une vaste gamme de substrats et se revèle à la fois robuste, sensible et peu onéreuse lorsque des situations complexes sont rencontrées. L¿objectif de ce projet est donc de mettre au point une méthode, basée sur une puce à ADN, permettant l'identification moléculaire des espèces entrant dans la composition des cuirs, fourrures et autres dérivés animaux travaillés tels que les cordes d¿instruments de musique qui restent pour l'instant réfractaires aux approches de traçabilité moléculaire. Afin de développer un système permettant l'identification des espèces entrant dans la composition des cuirs et des fourrures, nous avons mis en place un réseau de 3 laboratoires très différents et complémentaires offrant une palette unique de compétences et de méthodologies. L'identification des espèces présentes dans ces substrats aurait un impact important en permettant des avancées importantes en musicologie mais aussi en ouvrant des débouchés commerciaux interessants.//L'aspect innovant de notre projet repose sur 4 aspects essentiels:
1) L'extraction d'ADN à partir de cuir. Si l'extraction d'ADN à partir de produits transformés n'est plus une nouveauté en soi, certains substrats particuliers, comme les cuirs, peaux et fourrures résistent encore à l'analyse. Les partenaires 1 et 2 domine les nombreuses méthodes d'extraction qui sont utilisés en paléogénétique, notament dans les approches d'archéotraçabilité moléculaire et aura donc les capacités à mettre en place des approches innovantes dans ce domaine.
2) Le développement d'une puce à ADN en traçabilité. Le partenaire 2 est la premiere équipe à avoir mis en place une puce permettant l'identification de plusieurs dizaines d'espèces de vertébrés à partir de substrats transformés.
3) L'identification des espèces à partir de substrats transformés. La mise en place de marqueurs permettant de travailler sur des substrats transformés est un attout particulierement innovant. En effet, l'ADN issus de substrats transformés, comme l'ADN étudié en paléogénétique à un certain nombre de caractéristique qui rendent son étude particulièrement difficile.
4) La complémentarité et l'originalité des équipes de recherche. //Notre projet permet de faire travailler ensemble: (i) Des specialistes de la traçabilité moléculaire et de ses applications commerciales qui dominent parfaitement les méthodes de Q-PCR (Atlangène, partenaire 1), (ii) Des paléogénéticiens ayant développés auparavant de nombreuses approches en traçabilité et même en archéo-traçabilité (identification des espèces dans les restes organiques anciens comme les fonds d'amphores ou les reliefs de repas) (IGFL, partenaire 2). (iii) Des spécialistes de l'histoire des instruments de musique et de leur conservation qui ont accès à de nombreux échantillons anciens de cuirs et d'autres restes organiques et grace a qui une vaste gamme de questions scientifiques importantes pourront être adressées. Il est rare, pour ne pas dire unique, de voir des équipes aussi différentes pouvoir développer ensemble un projet commun.//Notre projet est organisés en 6 grandes étapes, chacune constituant une tâche précise:
TACHE 1) Constitution d'une banque d'échantillons d'espèces bien identifiées entrant dans la fabrication des cuirs, peaux, fourrures et cordes instrumentales.Il est en effet indispensable d'avoir à notre disposition des ADN issus de tissus "frais" de ces espèces comme références. Dans le même temps, échantillonnage de cuirs et de fourrures de nature connue, qui serviront de contrôles pour la mise en place des méthodes les partenaires 1 et 3 prendront en charge cette première étape
Livrable L1: Echantillons de tissus de taxonomie est bien connue pour l'ensemble des espèces qui seront présentes sur la puce (Mois 3)
Livrable L2: Séquence du gène d'interet (cytb) pour l'ensemble de ces espèces (Mois 6)
Livrable L3: Mise en place d¿une palette d¿échantillons de références de cuirs modernes (Mois 6)
TACHE 2) Développement d'un protocole d'extraction et d'amplification d'ADN à partir des cuirs, réalisé par le partenaire 2, grâce à son expertise en paléogénétique et en archéo-traçabilité. Le partenaire 1 utilisera la PCR quantitative pour comparer l¿efficacité des différents protocoles et otenir une idée sur la quantité de molécules présentes
Livrable L4: Méthode d'extraction d'ADN à partir de cuir, fourures et visceres (Mois 18)
Livrable L5: Protocole d'amplification d'ADN à partir des extraits de cuirs (Mois 18)
TACHE 3) Mise en place d'oligonucléotides permettant d'identifier les différentes espèces d'interêt,
Livrable L6: Amorces "transvertébrés" permettant une amplification efficace en PCR classique et un Q-PCR (Mois 12)
Livrable L7: Serie d'oligonucléotides permettant une identification des espèces présentes sur la puce (Mois 18)
TACHE 4) Mise en place de la puce à ADN proprement dite, utilisant les compétences dans le domaine du partenaire 2 qui a déjà démontré la faisabilité de l'identification d'espèces de vertébrés sur puces à ADN à partir de substrats transformés.
Livrable L8: Puce à ADN permettant la reconnaissance effective des espèces d'interet sur échantillons frais (Mois 30)
TACHE 5) Tests de fiabilité et identification en aveugle d¿échantillons de cuirs, fourrures et peau, et notamment d¿échantillons commerciaux d¿une part et de cuirs anciens et cordes provenant d¿instruments du musée de la musique d¿autre part.
Livrable L9: Méthode validée d'identification des espèces présentes dans les cuirs, fourures et visceres par puces à ADN (Mois 36)
//Les partenaires ont convenu de mettre en commun, dans le cadre de SPECICUIR, leurs connaissances antérieures nécessaires à la réalisation du projet, et que ces éléments resteront la propriété de leur détenteur.
Chaque partenaire est propriétaire des résultats brevetables ou non issus de l¿exécution des travaux du projet obtenus par lui seul, et décidera de l¿opportunité et de la nature des mesures de protection à prendre, qu¿il engagera à son nom et à ses frais.
Les résultats obtenus conjointement par les partenaires seront leur propriété commune. Dans le cas de résultats susceptibles d¿être protégés par un brevet, les partenaires se concerteront pour déterminer d¿un commun accord la suite à donner et définir, le cas échéant, les modalités de dépôt de demandes de brevet, tant en France qu¿à l¿étranger.
L¿exploitation des résultats brevetés fera l¿objet d¿un contrat de concession licence adapté signé entre les partenaires.