Projets financés
élucider les mécanismes de régulation de la traduction qui déclenchent la division cellulaire – OffOnCYTE
La division de la cellule est un processus central de la physiologie cellulaire, qui joue un rôle essentiel dans nombre de processus biologiques, comme la reproduction, le développement, la croissance et la maintenance des tissus. Le choix de la cellule de s’engager dans une division est une décisio
Interactions fonctionnelles entre les recombinases durant la méiose – FIReMe
Les cassures double-brin (CDBs) de l’ADN sont une menace pour l’intégrité du génome, et peuvent donner lieu à des mutations ou des réarrangements chromosomiques. Toutefois, pendant la méiose, les cellules forment délibérément des centaines de cassures dans leur génome, qui doivent être réparées de m
Comprendre l'impact de la réactivation du chromosome X dans la lignée germinale – X-REACT
Chez les mammifères, le changement de destin cellulaire le plus radical apparait lors de l’émergence de la lignée germinale dans l’embryon et implique un profond remodelage épigénétique. Cette reprogrammation est essentielle à l’obtention de cellules reproductives in vivo et est accompagnée par la r
Lumière sur les réseaux régulateurs de l'épissage d’ARN par les facteurs de transcription dans le développement tissulaire – TRren-D
Les facteurs de transcription (FT) sont des acteurs clés du destin cellulaire régulant l'expression des gènes dans des contextes cellulaires et développementaux précis. S’ils agissent à partir d'éléments ADN régulateurs, un concept émergent propose que les FTs se lient à l'ARN et modulent le devenir
Une étude intégrée des ARN régulateurs et des protéines les reconnaissant dans diverses bactéries – IntRNAReg
La révolution technologique a conduit à la caractérisation de nombreux ARN non codant et de leurs co-facteurs. Certains de ces gènes contiennent l’information pour des petits cadres de lecture ouverte (sORF). Des travaux pionniers, menés sur des bactéries modèles à Gram négatif, ont caractérisé un g
Voies de Couplage des Contrôles de Qualité associés au Ribosome – RiboCoP
Les ARNm aberrants ou endommagés peuvent avoir un impact néfaste sur le fonctionnement cellulaire, et contribuent de manière significative au développement de situations pathologiques. Sur ces ARNm défectueux, les collisions entre ribosomes favorisent la dégradation des peptides naissants (PN), ains
Sondage optogénétique du génome 4D – Opto4D
L’organisation tridimensionnelle et la dynamique des chromosomes dans le noyau cellulaire sont très contrôlés. Par exemple, lorsque survient une cassure double brin d’ADN, les cellules modifient les propriétés mécaniques de la fibre de chromatine, qui devient plus mobile dans l’espace nucléaire et p
Régulations post-traductionnelles de la machinerie de l’interférence par ARN sous stress – RISCOPHAGY
L’interférence par ARN est devenue un axe majeur de la recherche moléculaire avec des implications importantes en médecine, en biotechnologie et en agriculture. Chez les eucaryotes, ce mécanisme est crucial pour le développement et joue un rôle majeur dans la réponse à l'environnement, notamment aux
Reprogrammation de l'expression génique dans la nouvelle cellule hôte lors de la conjugaison bactérienne par la protéine plasmidique YfjB – GRAB
La conjugaison bactérienne est un mécanisme de transfert horizontal de gène responsable de la dissémination intra- et inter-espèces de propriétés métaboliques diverses et de 80% des résistances acquises chez les bactéries. En raison de son importance fondamentale et clinique, la conjugaison a été la
Caractérisation physique et fonctionnelle d'une nouvelle classe de particules subnucléosomales spécifiques des éléments cis-régulateurs des mammifères – CRE-subnucleosome2
La liaison des facteurs de transcription (TFs) sur les éléments cis-régulateurs (CREs) est une étape majeure de la régulation de l’expression des gènes. Le génome des mammifères est empaqueté en nucléosomes, qui inhibent la liaison des TFs sur l’ADN. Les remodeleurs sont recrutés au niveau des CREs
Elucider la fonction biologique de Uhrf2 chez les mammifères – METHU2
La méthylation de l'ADN sur les CpG est catalysée par des enzymes de la famille des ADN méthyltransférases (DNMT) et joue un rôle majeur dans la régulation des gènes et l'intégrité du génome chez les mammifères. DNMT1 assure le maintien des profils de méthylation de l'ADN après la réplication à trav
Rôle des modifications des ARNt dans le syndrome de Galloway-Mowat – tRNAmodGAMOS
Les ARN de transfert (ARNt) sont les ARN les plus abondants et les plus conservés, jouant un rôle crucial dans la traduction des protéines. Leur biogenèse implique plusieurs étapes de maturation et de modification, y compris l'épissage des introns pour certains d’entre eux. De plus, les ARNt hypomod
Signification biologique de la machinerie de transcription spécifique pendant la croissance de l'ovocyte chez la souris – PICoo
Dans un organisme multicellulaire, toutes les cellules partagent la même information génétique mais l'expriment différemment en fonction de leur type cellulaire. La régulation de l'expression des gènes dans les différentes cellules est une question fondamentale qui a des implications importantes dan
Etude des mécanismes de réparation des cassures double brin d’ADN en mitose – MitoticRepair
Les cassures double brin de l'ADN (CDB) représentent une menace pour l’intégrité du génome. Les mécanismes de réparation des CDB sont étroitement régulés au cours du cycle cellulaire. En interphase, les CDB sont réparées par jonction d'extrémités non homologues et recombinaison homologue (RH). Cepen
Etude de l'organisation 3D des cellules uniques dans les tissues pendant la progression d'une maladie – 3D_spatial_genomics
De nombreuses maladies sont générées par des changements progressifs dans les programmes transcriptionnels d’un type cellulaire particulier. Ces programmes transcriptionnels sont en partie régulés par des interactions cis-régulatrices impliquant des enhancers et des promoteurs. L’étude de la façon d
Assemblage de complexes macromoléculaires par le système HSP90/R2TP – YMCR
L'assemblage de complexes macromoléculaires nécessite des protéines chaperons pour faciliter les repliements tertiaires et quaternaires. Le chaperon HSP90/R2TP joue un rôle unique dans la cellule en tant que plateforme d'assemblage généraliste pour former les complexes multi-protéines et ARN-protéin
Facteurs cellulaires modulant la recombinaison – PolARe
La recombinaison homologue (RH) est un mécanisme ubiquitaire de réparation de l'ADN, essentiel au maintien de l'intégrité du génome, et clé dans la dynamique du génome en générant des conversions géniques associées ou non à des crossovers. La plupart des études mécanistiques sur la recombinaison hom
Dégradation de l'ARNm dépendant de la traduciton chez Bacillus, Arabidopsis et les Staphylocoques – BAS-Rae1
Le projet BASRae1 se focalise sur la RNase Rae1 (Ribosome associated endoribonuclease 1), dont nous avons récemment montré qu'elle coupe l'ARNm en fonction de la traduction et du cadre de lecture chez Bacillus subtilis. Rae1 est bien conservée chez les Firmicutes, les Cyanobactéries et les plantes,
Initiative pour la résilience du cerveau : les gènes qui protègent le cerveau des agressions cérébrovasculaires – BRICS
Une meilleure compréhension des mécanismes de résilience naturelle des cellules cérébrales face à diverses influences nocives, comme les agressions vasculaires, peut permettre de faire un bond en avant dans le développement de thérapies contre la démence. Cependant, notre compréhension de ces voies
Bases moléculaires de la programmation du génome mâle – EpiSperm5
La différenciation des cellules germinales mâles haploïdes constitue une étape essentielle dans la préparation d'un génome résistant et transportable. Malgré son importance vitale dans le cycle de vie de nombreuses espèces, ce processus est resté l'un des phénomènes biologiques essentiels les plus o
Dégradation selective de petits ARN pendant l'élimination programmée du génome chez Paramecium – SELECTION
En raison de leur capacité à se déplacer dans le génome, les éléments transposables (ET) constituent une menace importante pour l'intégrité du génome. Pour limiter leur mobilisation, les eucaryotes utilisent des petits ARN (sARN) pour réduire au silence l'activité des ET via des mécanismes dépendant
Régulation dépendante du microbiote de la modification des ARNt et de l'homéostasie tissulaire de l'intestin – QtRNA
Parmi les nombreuses modifications de l’ARN chez les mammifères, la queuosine (Q) représente une exception compte tenu de son origine bactérienne. La modification Q de l'ARNt consiste en une structure centrale de 7-déazaguanine liée de manière covalente à une chaîne latérale amino-méthyle et une fra
Les dommages oxydatifs de l’ADN et OGG1 à l’interface entre réparation de l’ADN et régulation de la transcription – OxiREPTRA
Les systèmes de réparation de l’ADN jouent un rôle critique pour la survie cellulaire et pour éviter les mutations pouvant être à l’origine de pathologies telles que les maladies neurodégénératives, le cancer ou le vieillissement précoce. Nos résultats montrent qu’en réponse à un stress oxydant, le
Mécanismes de la recombinaison homologue spécifiques de la méiose – MEIOSPEHR
La recombinaison homologue (RH) est un mécanisme largement conservé qui joue un rôle central dans la stabilité du génome, la fertilité et la diversité génétique. Dans les cellules à cycle mitotique, la RH répare fidèlement l’ADN endommagé en utilisant la séquence d’ADN de la chromatide sœur. Une RH
Analyse en molécule unique de la réplication du génome humain – SMAHGR
La réplication de l'ADN est le processus biologique le plus vital. La duplication fidèle du génome est critique pour la préservation de l'identité cellulaire, de l'intégrité génomique et du cycle cellulaire. Des défauts de réplication sont associés à des maladies du développement, au vieillissement
Stress réplicatif induit par les hybrides ARN:ADN postréplicatifs – ReSPoND
Les R-loops sont des structures à trois brins composées d'un hybride ARN/ADN et d'un brin d'ADN non apparié. Elles jouent un rôle clé dans de nombreux processus physiologiques essentiels, tels que la réplication mitochondriale, le recombinaison isotypique des gènes d'immunoglobuline ou la régulation
Sélectivité et d'erreurs dans l’encapsidation du génome phagique – SelectVir
L'objectif du projet SelectVir est de caractériser les mécanismes utilisés par les virus bactériens (phages) pour encapsider sélectivement leur ADN dans des procapsides virales préformées. Nous étudierons aussi les mécanismes par lesquels des erreurs dans ce processus conduisent à l'encapsidation de
Contrôle de la période de persistance des précaténanes : rôle dans la protection des fourches de réplication et la recombinaison homologue – C3Poho
Dans la bactérie, ségrégation et réplication sont concomitantes. Cependant, les séquences nouvellement répliquées interagissent physiquement pendant une courte période avant leur ségrégation. C’est probablement est dû à la formation de précaténanes, qui sont résolus par une topoisomérase de type II,
Role de la Transcription Convergente dans la Régulation des Gènes Soumis à Empreinte Génomique Parentale – CORGI
Au cours du développement, le transcriptome est remodelé en profondeur par des séquences d'ADN régulatrices, des facteurs de transcription, des modifications épigénétiques et la réorganisation spatiale du génome. Dans les systèmes non-mammifères, la transcription antisens est un mécanisme important
Étude des mécanismes et de l'impact de la traduction associée aux pores nucléaires – TRANSLAPORES
Dans les cellules eucaryotes, la distribution asymétrique des ARNm et leur traduction localisée permettent de réguler l'expression des gènes et de spécifier le contenu protéique des compartiments intracellulaires. Alors qu’il était admis que les protéines entrent dans le noyau de manière post-traduc
Cibles, régulations, et effets, de la méthylation de l'ADN chez les mammifères – 5m-Three
La méthylation de l'ADN est une marque épigénétique clé qui participe au contrôle de la transcription et à la stabilité du génome chez de nombreuses espèces. Cette marque est essentielle pour le développement des mammifères, et elle est altérée dans diverses maladies humaines et au cours du vieillis
Role de la structure et de la dynamique du filament de Rad51 lors de la recherche d'homologie – RaFiStHol
La recombinaison homologue (RH) est une voie universelle de réparation des cassures de l’ADN impliquée dans la survie cellulaire, la suppression du cancer, et la reproduction sexuée. La RH utilise un ADN duplex homologue comme matrice pour la réparation, qui implique une recherche d’homologie au sei
Regulation de la transcription par la RNP 7SK au cours de la différenciation neuronale – SEVEN-UP
La pause transcriptionnelle est une étape de régulation majeure de la transcription des gènes par l'ARN polymérase II (ARNPII). La transition vers une élongation productive repose sur le facteur positif d'élongation de la transcription (P-TEFb), une kinase qui permet à l’ARNPII de reprendre la trans
DciA induit l'initiation bidirectionelle de la replication – 4Ds
La réplication est initiée de manière bidirectionnelle dans tous les organismes vivants, bien que certaines réplications se poursuivent de manière unidirectionnelle. Cela soulève implicitement la question de savoir pourquoi la réplication doit être initiée de manière bidirectionnelle. L'initiation b
Etude du Ro60 régule la réponse transcriptionnelle anti-inflammatoire des monocytes/macrophages – RoIn
La protéine Ro60 est impliquée dans la pathogenèse du lupus érythémateux systémique (SLE) et du syndrome de Sjögren (SS), deux maladies auto-immunes associées à des risques cardiovasculaires précoces. Ces maladies sont caractérisées par la présence d’auto-anticorps anti-Ro60 mais les mécanismes molé
Dévoiler les causes génétiques et les mécanismes pathogéniques des malformations épileptogènes pédiatriques rares du développement cérébral (MOGHE) – EPIGAL
Le mosaïcisme génétique est désormais reconnu comme une cause importante des maladies du développement cérébral. Récemment, des mutations somatiques du gène SLC35A2 ont été identifiées dans le tissu cérébral de patients atteints de MOGHE (malformation du développement cortical avec hyperplasie des c
La recombinaison méiotique chez les escargots d'eau douce – MeioSnail
Lors de la méiose, la recombinaison est initiée par la formation de cassures double-brin d’ADN à des loci particuliers (hotspots). Chez les mammifères, ces hotspots correspondent à des séquences d’ADN spécifiques liées par le domaine à doigts de zinc (ZnF) de PRDM9. Une propriété remarquable de PRDM
Comment des variants dans les gènes AGO conduisent à un trouble du neurodéveloppement? – PAgoDe
Des variants faux-sens de novo dans les gènes AGO1 et AGO2 (et plus récemment AGO3) ont été récemment identifiés comme responsables de troubles neurodéveloppementaux (TND) caractérisés par une déficience intellectuelle, de l'autisme, des anomalies IRM et de l'épilepsie. Ces gènes codent pour les pro
Bases moléculaires de la double fonction des Epromoteurs – ENHPROM
Une question majeure en biologie moléculaire est de comprendre comment la combinaison d’éléments cis-régulateurs proximaux (promoteurs) et distaux (enhancers) régulent finement l’expression des gènes au cours du développement et la différenciation cellulaire. Notre équipe a récemment découvert que c
Spécification spatiale des voies d'intégrité de la fourche de réplication – Space-ForkIn
L’organisation 3D des génomes eucaryotes au sein d’un noyau compartimenté est un déterminant majeur du métabolisme de l’ADN et de la stabilité génétique. Pourtant, bien que ce soit au cours de la réplication de l'ADN que l'intégrité du génome est la plus vulnérable, nos connaissances actuelles sur l
Logique chromatinienne ambivalente des répétitions d'ADN dans les cellules germinales mâles et la fertilité – biCHLORE
Les génomes des mammifères abritent des séquences répétées abondantes et hétérogènes. Certaines de ces répétitions sont codantes, comme les clusters de gènes en multi-copies et les éléments transposables (ETs) dispersés dans le génome. Bien que très différents, ces deux types de répétitions sont con
Intégration des variants structuraux dans les études d'association pangénomiques – PanSV
Les variants structuraux (VS) sont définis comme les variants génomiques affectant 50 nucléotides ou plus. Ils peuvent prendre plusieurs formes allant de simples délétions ou insertions à des réarrangements plus complexes composés de plusieurs types de variants tels qu'inversions, translocations et
Origines de la réplication : Structure et interactions avec la transcription – ROSIT
Le but de ce projet est de comprendre comment les cellules des vertébrés gèrent le fait que réplication et transcription partagent le même substrat, notamment en déterminant comment la transcription interfère avec le programme d’initiation de la réplication et vice versa. En cas de stress réplicatif
Répertoire des ARNm à coiffe hypermodifiée et étude de leur mécanisme de traduction – ReCAPtrans
Les modifications épigénétiques d’ARN sont un moyen de réguler l'expression des gènes. La traduction canonique coiffe-dépendante repose sur la reconnaissance d'une coiffe 7-méthylguanosine (m7G) en 5' des ARNm par le facteur d'initiation eIF4E. La stricte dépendance à l'interaction eIF4E/m7G a été r
La double vie des domaines KKE/D désordonnés de l'ARN polymérase I et des snoRNPs : de la modification de l'ARNr à la compaction nucléolaire – DUKKED
Les étapes précoces de la synthèse des ribosomes nécessitent le recrutement de nombreux facteurs d'assemblage et de maturation (AMF), qui interagissent avec les transcrits naissants de l'ARN polymérase I (ARN PI). Parmi eux, des petites particules ribonucléoprotéiques nucléolaires (snoRNP) sont recr