Projets financés

L'imagerie médicale fournit un large spectre de modalités donnant accès à des données de nature physique et de dimensions variées. Chaque modalité d'imagerie fournit des informations précieuses pour le diagnostic et le suivi de patients. Néanmoins, la mise en relation de ces informations est rendue

Le trouble du spectre autistique (TSA) est une pathologie neurodéveloppementale fréquente, dont le diagnostic repose uniquement sur des critères comportementaux : déficits des interactions sociales et stéréotypies L’étiologie des TSA est multifactorielle avec une contribution de la génétique et de l

Le séquençage à haut débit des génomes d'une ou de plusieurs espèces vivant dans des habitats distincts a ouvert des perspectives extraordinaires pour prédire les réponses des espèces au changement climatique. L'objectif de ce projet de recherche est de développer des méthodes statistiques pour la g

Les molécules d'ARN non codantes représentent plus de 90 % du génome des organismes supérieurs et sont connues pour être des éléments clés de la régulation de l'expression génique chez les virus. Cibler l'ARN avec des médicaments ouvrirait une toute nouvelle classe de thérapies possibles, actuelleme

Trouver comment les séquences d'ADN régulatrices agissent pour contrôler l'expression du génome (c'est-à-dire caractériser un code cis-régulateur de l'ADN) est un domaine de recherche intense, car ces informations sont essentielles pour interpréter cliniquement les variations génétiques et favoriser

Les cancers sont des maladies hétérogènes. Les variations dans la composition tumorale, l'expression des gènes, et la réponse aux changements environnementaux sont des facteurs clés de la progression du cancer. Les connaissances actuelles sur la biologie du cancer et les stratégies thérapeutiques co

L'objectif de ce projet est de développer des modèles d'intelligence artificielle (IA) rigoureux et explicables pour la prédiction du diagnostic étiologique des maladies cardiaques à partir de données hétérogènes. Dans ce but, nous allons créer une cohorte composée de 1000 patients présentant 4 path

Les épithélia ont un comportement viscoélastique : ils réagissent comme des solides en temps court et comme des fluides sur en temps long. Cette fluidité joue un rôle essentiel dans la morphogenèse et la déformation des tissus. A l'échelle cellulaire, la fluidité est obtenue par le remodelage des jo

Les neurophysiologistes peuvent, en combinant enregistrements extracellulaires multiples et méthodes de traitement des données appropriées, observer les séquences de potentiels d'action d'un grand nombre de neurones. Mais ce « grand nombre » ne représente toujours qu'une toute petite fraction des n

L'annotation fonctionnelle des protéines est souvent réalisée par des approches phylogénomiques ou d'apprentissage statistique. Les approches phylogénomiques reposent sur l’utilisation de la similarité des séquences et du contexte génomique des protéines impliquées dans la fonction d’intérêt. Partic

ANDES vise à développer et valider des méthodes de design computationnel de nano-anticorps, avec un large spectre d’applications (thérapies, diagnostics…) afin de disposer de solutions technologiques efficaces, permettant de réagir très rapidement et de faire face à l’émergence de nouveaux virus. No

De par l'augmentation de l'espérance de vie dans la plupart des pays, comprendre les mécanismes du déclin tissulaire, corrélé à une perte de son architecture, est devenu une priorité de santé publique pour notre société. L'émergence et l’évolution de cette architecture impliquent des échanges énergé

Les maladies cardiovasculaires sont une des causes majeures de mortalité prématurée dans les pays occidentaux. Parmi celles-ci, l’anévrisme de l’aorte abdominale (AAA) est devenu est problème majeur de santé publique à l’échelle mondiale et est associé à des taux très élevés de mortalité, en particu

Les méthodes de criblage virtuel sont essentielles pour présélectionner des molécules pour des cibles pharmacologiques parmi des millions de composés. Les méthodes de docking/scoring basées sur la structure visent à sélectionner les meilleurs ligands potentiels pour les essais in vitro. Prédire les

Le cœur est une pompe mécanique activée électriquement. Son bon fonctionnement est facilité par l'interaction entre les systèmes électriques et mécaniques à différentes échelles spatiales. Les cicatrices secondaires à un infarctus du myocarde sont associées à une propension accrue d'arythmies ven

L'un des défis majeurs de la biologie est de comprendre comment le comportement à l'échelle des populations et des écosystèmes émerge des processus biochimiques se déroulant au sein de chaque cellule individuelle. Les processus intracellulaires sont intrinsèquement stochastiques et induisent une var

L'embolie pulmonaire (obstruction d'une artère pulmonaire par un caillot sanguin) est la 3? cause de mortalité en Europe. Après diagnostic, les cliniciens évaluent le pronostic du patient par stratification du risque, sur lequel est basé le protocole de gestion du patient, et donc son évolution. Des

La fonction reproductive chez la femelle est dépendante d’une production massive de cellules germinales spécialisées, les “ovocytes”. Chez la femme, comme chez la plupart des espèces de mammifères, le stock d'ovocytes s'établit en période périnatale et ne cesse de diminuer tout au long de la vie, e

I-VESSEG vise à résoudre l’impasse qui entrave l'utilisation d'outils de segmentation 3D des vaisseaux pour l’analyse efficace des examens angiographiques. Le projet s'appuiera sur des techniques d'apprentissage automatique et répondra à leurs limites concernant le besoin de grands ensembles de donn

Les problèmes de prédiction structurale et de design de protéines ont jusqu’alors été principalement formulés en supposant que les protéines se replient sous une forme tridimensionnelle bien définie. Pourtant, de plus en plus de travaux montrent que les protéines/régions intrinsèquement désordonnées

Les impulsions radiofréquences (RF) sont à la base de la génération du signal en résonance magnétique nucléaire. L'énergie déposée par ces impulsions doit être située sous un certain seuil défini par les contraintes matérielles de la chaîne de transmission (amplificateur, antenne), et les réglementa

InSync est un projet de recherche à l'interface des mathématiques et de la biologie expérimentale et computationnelle, dont l'objectif principal est de déchiffrer les mécanismes intercellulaires responsables de la synchronisation des horloges circadiennes cellulaires, contribuant ainsi à la robustes

La migration guidée permet aux cellules d'atteindre leur cible et leur localisation définitive, comme durant l'embryogenèse. Nous avons montré in vitro que les surfaces courbes guident la migration cellulaire vers les zones concaves et ce, indépendamment de la gravité. In vivo, la courbure de l’e

Les implants sont utilisés de façon routinière en chirurgie orale. Cependant, des risques d'échecs restent difficilement prévisibles. Le facteur déterminant du succès chirurgical de l’implant est la stabilité de l’implant juste après l’insertion et durant la période d’ostéointégraion. Les raisons de

Nous avons récemment étudié plusieurs méthodes d'imagerie par interférométrie optique et en particulier les méthodes provenant de l'interaction entre les ondes lumineuses et les structures de l’œil. Ces modèles d'interférence sont intrinsèquement complexes, contenant des informations sur l'organisat

Dans le domaine innovant de la connectomique, seule la tractographie issue de l'imagerie par résonance magnétique de diffusion (IRMd) permet de construire un connectome structurel complet de manière non invasive. Mais les algorithmes de tractographie actuels déduisent la direction des fibres de la s

L’imagerie par résonance magnétique fonctionnelle (IRMf) est la modalité privilégiée pour l’étude de la connectivité fonctionnelle cérébrale (CF). L’analyse des données IRMf (3D + temps) permet d’identifier des régions cérébrales dont l’activité temporelle, appelée aussi décours temporel, est fortem

Le séquençage d'ARN à haut débit (RNA-seq) est un outil unique pour la découverte de biomarqueurs médicaux et de cibles pharmaceutiques. Cependant, alors que près d'un million de banques RNA-seq humaines sont publiquement disponibles, ce trésor d'information médicale ne peut réaliser son plein poten

Les microtubules (MT) sont des filaments semi-flexibles et dynamiques, apparaissant fortement courbés in vivo par rapport à in vitro. Cela suggère un rôle pour leur rigidité de courbure et l’existence de mécanismes la régulant. La dynamique des MTs contribue à la robustesse de la division cellulaire

Pour les personnes souffrant de tachycardie ventriculaire, l'onde électrique se propageant dans le cœur est chaotique ce qui affecte la capacité de pompage du cœur. L'un des principaux traitements de cette arythmie est l'ablation par cathéter qui consiste à détruire les petites zones de tissu cardia

Les maladies neurodégénératives comme la maladie d’Alzheimer (MA) et la maladie de Parkinson (MP) sont les conséquences de processus pathologiques qui commencent des décennies avant l’apparition de symptômes cliniques. Actuellement, les patients sont souvent diagnostiqués tardivement, malgré le béné

L'absorption de l'eau par les racines des plantes terrestres est un processus crucial pour la survie des plantes (et, indirectement, pour notre survie également). Dans le contexte actuel du changement climatique, la pénurie d'eau et ses conflits d'usage exercent une pression sur l’agronomie. Une mei

Les protocoles actuels pour résoudre des problèmes à base d'ADN sont limités par un fort taux d'erreur (~1/10.000) et une difficulté à produire un grand nombre de brins d'ADN suffisamment différents pour que la réaction soit sélective. De ce fait, les tailles d'instances résolvables par ces méthodes

Les décès par cancer surviennent dans la grande majorité des cas chez les patients atteints de maladie métastatique. Actuellement, bien que le pronostic dépende du nombre et du type d'organes touchés, du degré d'invasion et que la survie puisse varier de quelques semaines à plusieurs années, les pat