Projets financés
Analyse fonctionnelle de la voie d'entrée de l'ADN dans la membrane pour la transformation naturelle des bactéries enrichie par les technologies d’apprentissage profond.
Le transfert horizontal de gènes par transformation naturelle (TN) est une voie majeure pour l’évolution des bactéries. Chez beaucoup d’espèces pathogènes, la TN constitue le mécanisme principal pour la propagation des résistances aux antibiotiques et des facteurs de virulence. Malgré ça, plusieurs
Modulation allostérique de la dynamique conformationelle et de le sélectivité fonctionnelle des RCPG par l'environnement cellulaire
Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) forment la plus grande famille de récepteurs membranaires capables de lier de multiples ligands. Ils sont impliqués dans de nombreux processus biologiques et constituent, de ce fait, des cibles pharmacologiques majeures avec des applications potentielles
A la recherche des systèmes de biogénèse des centres Fe-S ancestraux – First-FeS
Les clusters fer-soufre (Fe-S) sont des cofacteurs protéiques anciens et ubiquitaires essentiels à la vie. Il est admis-que les Fe-S se sont spontanément assemblés dans l'environnement anaérobie primitif de la Terre, riche en fer et en soufre et que l'augmentation ultérieure des niveaux d'oxygène da
Cibler les Aminoacyl-ARNt Synthétases des Bactéries Pathogènes à Gram Positif pour Vaincre la Résistance Antibactérien aux Antibiotiques
Les bactéries pathogènes représentent un problème de santé mondial, en raison de la fréquence des infections et des phénomènes de résistance aux médicaments. Plus de 50 % des infections dans les unités de soins intensifs sont dues à des pathogènes bactériens. Nous étudierons ici Enterococcus faecium
Des outils moléculaires pour l'étude des jonctions d'ADN
Les structures alternatives d’acides nucléiques recouvrent l’ensemble des structures de l’ADN qui diffèrent de la double hélice dite de Watson & Crick (ou duplexe). Ces structures sont actuellement au cœur d’un intense effort de recherche qui vise à comprendre où, quand et comment elles se forment a
Exploration fonctionnelle et structurale de la diversité des carbohydrate-sulfatases
Les polysaccharides sulfatés présents dans les micro- et macro-algues (i.e. agars, carraghénanes etc.) ou sécrétés par les bactéries marines représentent la biomasse marine la plus abondante. Même s'ils sont moins abondants dans les organismes terrestres, les polysaccharides sulfatés sont impliqués
Dégradation des glycanes de l'hôte par les CAZymes fongiques du MYCobiote intestinal humain
Le microbiote intestinal humain (MIH) est une communauté complexe de micro-organismes, qui joue un rôle majeur dans de nombreux aspects de la santé humaine. Il est notamment établi que le MIH est impliqué dans la formation de l'épithélium intestinal et le maintien de son intégrité, la récupération d
Compartimentalisation artificielles de gouttelettes lipidiques au sein de cellules pour contrôler leur dynamique et révéler leur composition biochimique
Les gouttelettes lipidiques (LDs) sont des organites cellulaires inhabituels qui se trouvent au carrefour du métabolisme lipidique cellulaire. Outre le stockage du carbone et de l'énergie, elles jouent un rôle majeur dans divers processus tels que le métabolisme des lipides, le stockage et la dégrad
Les Molybdoenzymes ForCE: Nouvelles opportunités pour la réduction du CO2
Les Formiate déshydrogénases (FDH) catalysent l'oxydation réversible du formiate en CO2 et peuvent être utilisées comme biocatalyseurs dans la capture du carbone et la conversion du CO2. Les FDHs contiennent du molybdène ou du tungstène dans le site actif ainsi que des centres [Fe-S]. Il est importa
Agents de contraste IRM bioinspirés pour la détection du zinc
Des dérégulations de l’homéostasie du zinc sont associées à de nombreuses maladies et les mettre en évidence par une méthode d’imagerie non-invasive permettrait le diagnostic précoce de certaines d’entre elles. Le projet ZINC-ESPIONAGE vise à développer de nouveaux agents de contrastes bioinspirés p
Chimie biologique pour l'exploration fonctionnelle des cibles des antibiotiques
La médecine moderne repose sur l'efficacité de l'antibiothérapie, qui est compromise par l'émergence de résistances bactériennes souvent due à des modifications des cibles, telles que les protéines de liaison à la pénicilline (PLP) et les L,D-transpeptidases (Ldt). Ces enzymes essentielles catalysen
Cycle biochimique de l'Uranium dans l'os et le rein
L'uranium (U) est un métal lourd non-essentiel largement répandu dans l'environnement en raison de sa présence naturelle et de son utilisation dans diverses activités humaines, notamment dans les centrales nucléaires. L'U naturel exerce une toxicité chimique sur ses organes cibles, les deux principa
Une vision intégrée de la terminaison de la transcription Rho-dépendante (TTRD) chez Mycobacterium tuberculosis pour le développement de thérapies spécifiques
La terminaison de la transcription gouvernée par la protéine moteur ATP/ARN-dépendante Rho (TTRD) est un mécanisme de régulation génique essentiel chez de nombreuses bactéries. La TTRD est une cible thérapeutique/prophylactique attractive car elle n’existe que chez les bactéries. Toutefois, notre co
Hypothèse membranaire de la schizophrénie et théorie de l'oligomérisation des récepteurs : recherche au niveau membranaire
La schizophrénie est une maladie psychiatrique sévère qui touche près de 23 millions de personnes dans le monde, et près de 600 000 en France. Cela représente environ 1% de la population, les hommes étant plus touchés que les femmes. La schizophrénie est caractérisée par des anomalies psychopatholog
Bioconjugués fluorescents turn-on pour la détection ultra-rapide des bactéries
Les maladies infectieuses sont la troisième cause de décès et la première cause de morbidité dans le monde. Il s’avère urgent de développer des méthodes innovantes pour la détection rapide de bactéries pathogènes dans les échantillons des patients afin de mettre en place des approches de médecine de
Régulation redox de la photosynthèse dans une cellule de microalgue révélée par la Résonance Magnétique Nucléaire en temps réel
L’assimilation du CO2 par le cycle de Calvin Benson Basham (CBB) est dépendante de la lumière et de la disponibilité d’ATP et NADPH produits lors les phases photochimiques de la photosynthèse. Elle est inhibée à l’obscurité par l’oxydation des groupement thiols de certaines enzymes, un changement du
Approches rationnelles pour cibler le fonctionnement de la machinerie de réplication du virus respiratoire syncytial
Le Virus Respiratoire Syncytial (VRS) est le principal agent responsable de bronchiolites chez les très jeunes enfants. Ce virus est également reconnu comme pathogène majeur des personnes âgées et immunodéprimées, responsable d’infections respiratoires aigües (pneumonies). Malgré l’impact de ces inf
Rôle de l'interaction Synaptotagmine-Gangliosides dans le cycle exo-endocytotic des vésicules synaptiques
La synaptotagmine est une protéine neuronale des vésicules synaptiques qui régule la libération des neurotransmetteurs par son domaine intracellulaire. Après exocytose, elle expose dans le milieu extracellulaire un domaine dont la fonction est inconnue à ce jour. Nous avons récemment mis en évidenc
Sondes fluorescentes sensibles à l'environnement pour l'étude des condensats biomoléculaires
Les condensats biomoléculaires (BC) sont des objets microscopiques intracellulaires formés par un mélange de protéines et d’ARN appelé séparation de phase liquide-liquide (SPLL). Ils jouent de nombreux rôles dans la physiologie cellulaire et interviennent dans le cas de mauvaise régulation de la SPL
Vers des composés plus sélectifs ciblant un récepteur couplé aux protéine G prototypique, le récepteur V2 de la vasopressine
Les récepteurs couplés à la protéine G (RCPG) sont des acteurs clés de la communication intercellulaire. La liaison des agonistes cause le recrutement de deux protéines intracellulaires, protéines G et Arrestines, qui activent des voies de signalisation distinctes. Les agonistes «biaisés» peuvent ac
Développement de nouvelles stratégies d'étude des phosphoinositides pour décoder les fonctions biologiques des PI3K de classe II.
Les phosphoinositides (PIs) sont des phospholipides quantitativement mineurs des membranes cellulaires, mais sont pourtant impliqués dans de nombreuses fonctions cellulaires. Ils ont un métabolisme intense, strictement contrôlé par un ensemble de phospholipases, kinases et phosphatases. Ils exercent
Analyse de la relation entre le nouveau snoRNA-jouvence dans l’intestin, le métabolisme, les lésions neurodégénératives et la longévité
Le vieillissement, la longévité, et les maladies métaboliques sont des questions majeures de santé publique. Ils résultent de processus biologiques complexes survenant au niveau moléculaire, cellulaire, tissulaire et des organes. Ils engendrent ainsi un dérèglement de certaines fonctions physiologiq
Omiques du grain unique pour la biochimie synthétique de l'amidon
L'amidon est une forme de stockage du carbone chez les plantes. Il est composé de polymères de glucose formant des grains insolubles dans l'eau qui présentent une large gamme de tailles et de morphologies en fonction de leur origine (espèces végétales, organes, tissus, type cellulaire). De plus, les
Acquisition du fer chez Pseudomonas aeruginosa: adaptation phénotypique et mécanisme de régulation
Un des freins dans le développement de nouveaux antibiotiques est la capacité des molécules actives à pénétrer dans les cellules bactériennes. Les voies d’import du fer sont souvent proposées pour importer les antibiotiques dans les bactéries et contourner ainsi la faible perméabilité de la membrane
Les réseaux d'énergie photosynthétique pour le fonctionnement et la régulation du CCM
Les microalgues sont responsables de près de la moitié du CO2 fixé annuellement par les écosystèmes terrestres. Du fait de la lente diffusion du CO2 dans l'eau et de la faible affinité pour le CO2 de l'enzyme de la photosynthèse qui fixe le CO2 (Rubisco), l'efficacité photosynthétique des microalgue
Sulfuration des ARNt dépendante d'un centre [Fe-S] et stress cellulaire
Les modifications post-transcriptionnelles des ARN de transfert (ARNt) sont essentielles pour la fidélité de la traduction génétique et leur régulation est critique pour l’adaptation et la survie cellulaire, notamment en condition de stress. Nous nous focaliserons sur la sulfuration de l?uridine en
Etude du rôle du récepteur nucléaire NHR-8 chez les nématodes parasites, pour vaincre la résistance aux anti infectieux
La résistance à l'ivermectine (IVM), l’antiparasitaire à large spectre le plus utilisé aujourd'hui, est répandue chez les parasites au point de compromettre le succès de la lutte contre les parasites humains et animaux. Nous avons identifié le récepteur nucléaire orphelin NHR-8, connu comme acteur c
Régulation de la dynamique de la sphingomyéline au sein des membranes cellulaires
Notre corps contient des milliers d'espèces lipidiques différentes. Ces lipides ne sont pas distribués au hasard dans une cellule. Même dans une membrane, la composition lipidique des feuillets externe et interne de la bicouche lipidique est différente. Cependant, la façon dont cette asymétrie est c
Cartographie complete des affinités de l’interactome PDZ-PBM humain et relation interactome-phenotype de l’ oncoprotéine E6 du virus HPV
Les interactions protéines-protéines impliquent en large part des interactomes domaines-motifs. Ainsi, chez l'humain, 266 domaines PDZ et 4000 PBM ("PDZ-Binding Motifs") forment un réseau potentiel d'un million d'interactions médiant de nombreuses fonctions cellulaires, souvent ciblé dans les cancer
Étude structurale et fonctionnelle intégrative des deux principales histidine kinases contrôlant les modes d'infection de PA
Pseudomonas aeruginosa (PA) est un des principaux pathogènes opportunistes humains. Il infecte les patients immunodéprimés, les malades atteints de mucoviscidose et est à l’origine de nombreuses infections nosocomiales dans le monde entier. PA provoque des infections aiguës et chroniques. Le choix e
Transition Sphère-Hélice de la forme de cellules minimales sans paroi
La compréhension des mécanismes fondamentaux du maintien de la forme cellulaire pourrait fournir de nouvelles informations sur les processus cellulaires tels que la division ou la résistance au stress. Dans la plupart des bactéries, la paroi cellulaire joue un rôle prépondérant dans la détermination
Foldamères fluorés: synthèse, structuration et capacité à interagir avec les protéines amyloïdes et les biomembranes
FluFOLD vise à concevoir et synthétiser des foldamères peptidomimétiques fluorés qui sont sous-explorés en chimie organique et inexploités en chimie médicinale. Les effets de l'incorporation rationnelle d'acides aminés fluorés spécifiques et originaux dans des foldamères seront évalués pour leur cap
Analyse sélective en cellule unique des transcriptomes de celleules cibles
L'étude des populations cellulaires à l’échelle de la cellule unique est essentielle pour mieux comprendre les fonctionnements sains ou pathologiques chez l'homme, ou tout autre organisme multicellulaire. La possibilité d'analyser les transcriptomes par séquençage de l'ARN en cellule unique (scRNA-s
Oligosaccharides de sulfate de chondroitine multivalents ciblant les exosites de la cathepsine K
L’ostéoporose est une maladie métabolique qui touche environ 200 million de personnes dans le monde et qui correspondant à une diminution de la densité osseuse et à une altération de l’architecture de l’os. La cathéspine K humaine (Cat K), protéase multifonctionnelle, est la principale protéase dégr
Accéder aux substances naturelles microbiennes actives grâce à la biologie de synthèse
Les métabolites secondaires microbiens (MSM) ont été une source clé de molécules actives, avec de nombreuses applications dans diverses aires thérapeutiques. Malgré une énorme diversité encore inexplorée, découvrir de nouveaux MSM est devenu de plus en plus difficile. Les technologies issues de la g
Décrypter le Métalloprotéome Essentiel à la Survie des Mycoplasmes
Les métaux de transition sont nécessaires à toute forme de vie pour assurer des fonctions indispensables. De plus, ils sont au cœur du combat entre hôte et agent pathogène car le système immunitaire séquestre ces métaux essentiels. Afin d'acquérir des métaux et d’en maintenir l’homéostasie, les bact
Influence du dialogue métabolique au sein du microbiote intestinal sur le métabolisme intestinal de l'hote l'auters des premieres étapes du développement
Le microbiote intestinal détermine la trajectoire de croissance des animaux. Toutefois, les mécanismes à la base de ce mutualisme restent mal compris. Ceci est dû au fait que le microbiote est un écosystème complexe, principalement composé de bactéries, qui construisent des réseaux métaboliques entr
Un éclairage sur la migration cellulaire par le développement et les applications de molécules photosensibles pour remodeler les réseaux d'actine
Le cytosquelette d’actine contrôle la forme et la motilité cellulaires. Une myriade de protéines interagissant avec l’actine régissent la polymérisation de l’actine globulaire en filaments. Des petites molécules naturelles et synthétiques sont utilisées par les biologistes pour étudier le rôle du cy
Construction de cellules primitives sensibles aux stimuli
Bien qu'elles soient des unités de vie autonomes, les cellules ne vivent pas en vase clos. La perméabilité sélective de leur membrane assure leur survie à travers des mécanismes biologiques permettant la régulation du transport actif des solutés, le traitement des informations reçues par l’environne
Complexes métalliques pour imager sélectivement les différents peptides amyloides
Les agrégats amyloïdes sont associés à de nombreuses pathologies, comme la maladie d’Alzheimer (AD ; Abeta) ou le diabète de type 2 (T2DM ; amyline). Récemment, un lien entre ces deux maladies a été démontré, probablement via des processus « cross-seeding » où l’agrégation d’un peptide provoque cell
Criblage fonctionnel à ultra-haut débit de peptides antimicrobiens contre des bactéries planctoniques et productrices de biofilms
Les bactéries pathogènes résistantes aux antibiotiques sont devenues un problème majeur de santé publique, et il est urgent de trouver de nouvelles molécules thérapeutiques pour lutter contre ces infections. Les peptides anti-microbiens (PAMs) font partie de la première ligne de défense contre les i
Mycoloylation des protéines
Les modifications post-traductionnelles (PTM) sont répandues dans toutes les formes de vie, où elles sont essentielles à divers aspects de la physiologie cellulaire. Notre projet se concentre sur une PTM nouvellement caractérisée et spécifique aux Corynebacteriales, un ordre bactérien qui inclut de
Impact de l’acétylation des protéines dans la régulation des biocondensats et la protéostase nucléaire
Le mépliement des protéines est une menace constante pour la santé cellulaire et est lié à des pathologies. Il a été récemment démontré que les protéines nucléaires mépliées s’accumulent réversiblement dans le nucléole lors de stress. Cette voie protective impliquant le nucléole maintient l'homéosta
Caractérisation d'une nouvelle classe de peptides de synthèse ribosomique modifiés de façon post-traductionnelle (RiPPs) impliqués dans la résistance au cuivre
Les peptides de synthèse ribosomique modifiés de façon post-traductionnelle, ou RiPPs, montrent une énorme diversité de structures et de fonctions. La plupart sont produits par des bactéries et impliqués dans des interactions coopératives ou antagonistes entre elles, ou des interactions avec leur en