Projets financés
Cob4SAM: Décrypter la diversité mécanistique et structurale des enzymes à radical SAM dépendantes de la vitamine B12 – Cob4SAM
Les enzymes à SAM radical forment certainement la plus grande et la plus diverse superfamille d’enzymes avec plus de 500 000 enzymes, impliquées dans plus de 80 transformations biochimiques. Ces métallo-enzymes catalysent des réactions souvent chimiquement difficiles dont certaines n’ont pas d’équiv
Structure et impact des lipides sur l'heteromer 5-HT2A-mGlu2, cible pharmacologique de la schizophrénie – Schizoceptor
La schizophrénie est un trouble sévère dont les traitements actuels visant les récepteurs couplés aux protéines G (GPCR) sont peu efficaces avec de nombreux effets secondaires. Or, il a été montré chez des patients schizophrène que deux GPCRs, les récepteurs métabotropiques du glutamate mGlu2 et de
Décrypter les mécanismes de production de force et de sa modulation en étudiant les moteurs myosines cibles de thérapies innovantes – MYODRUG
Les myosines sont des moteurs moléculaires qui jouent des rôles essentiels dans tous les processus de la vie. Diverses mutations dans les différentes classes de myosines provoquent des maladies. Les petites molécules capables de moduler la production de force par ces moteurs sont actuellement en tes
Etude du rôle de la dynamique adhésive dans le développement synaptique par micropatterning et microscopie mutlimodale – Synaptoligation
L'adhésion est une processus fondamental en biologie cellulaire, qui régule de nombreuses fonctions telles la forme et la différenciation des cellules. Au niveau moléculaire, l'adhésion est médiée par des couples ligand-récepteur membranaires spécifiques. Plusieurs familles de molécules d'adhésion,
Caractérisation des interactions fonctionnelles entre protéines membranaires et lipides natifs grâce à une nouvelle génération de polymères amphiphiles – PROLIFIC
Une des caractéristiques émergentes de l'intéractome protéine-lipide est que certaines molécules lipidiques peuvent se lier sélectivement à des sites spécifiques sur les protéines membranaires (PMs) et jouer un rôle clé sur le repliement et la stabilité des PMs ou agir comme régulateurs allostérique
Reconstitution in vitro du mécanisme de transport de lipides catalysé par les flippases – FLIPPER
La répartition asymétrique des lipides sur les deux feuillets qui composent les membranes cellulaires est une caractéristique fondamentale des cellules eucaryotes. Alors que la phosphatidylcholine et la sphingomyéline sont préférentiellement localisées sur le feuillet exoplasmique des membranes des
Structures et mécanisme de translocation de la toxine CyaA – 3DTransCyaA
Le transport des protéines à travers les membranes implique des mécanismes de translocation complexes. La plupart des protéines et des toxines exploite la machinerie d'endocytose et le tri intracellulaire pour accéder aux compartiments cellulaires cibles, tandis que d'autres, comme la toxine adényla
Caractérisation structurale et fonctionnelle de signalosomes amyloïdes – TransKingAmyloid
Les signalosomes sont des machines moléculaires qui participent à l'activation et à l'exécution de la mort cellulaire programmée durant l'immunité. Appelés apoptosomes/inflammasomes chez les mammifères et résistosomes chez les plantes, leur assemblage peut être contrôlé par l'agrégation d'amyloïdes.
Révéler le mécanisme d'action des protéines d'échafaudage intrinsèquement désordonnées dans la signalisation cellulaire MAPK – ScaffoldDisorder
Les protéines MAPK sont des composantes du réseau de transduction du signal chez les eucaryotes. Les protéines d'échafaudage intrinsèquement désordonnées jouent un rôle clef dans la spécificité de signalisation en assurant l’assemblage des kinases en grands complexes de signalisation. Au sein de ces
Dynamique des lipides et protéines dans l’assemblage des gouttelettes lipidiques – LIPRODYN
Les gouttelettes lipidiques (GLs) sont des organites huile-dans-eau intra-cellulaires, faits de lipides neutres, recouverts de phospholipides et protéines. Les GLs sont responsables de la régulation du métabolisme énergétique et lipidique, et un disfonctionnement de leur assemblage conduit à diverse
Décrypter l'architecture et la fonction des plateformes d'efflux métalliques des membranes bactériennes – BAC-MMEP
Les ions métalliques sont toxiques en grandes quantités et leur concentration intracellulaire doit être finement régulée. Nous avons précédemment découvert que les métaux sont utilisés par les macrophages pour empoisonner le bacille tuberculeux, Mycobacterium tuberculosis (Mtb), et que des pompes d'
La dynamique structurelle ultra-rapide d'Archaerhodopsine-3 dans son état fluorescent – ULTRArchea
La protéine archaerhodopsin-3 (AR-3), une pompe à protons photo-activable issue d'Halorubrum sodomense, est à l’origine de toute une classe d'indicateurs de tension membranaire, génétiquement modifiés pour être fluorescents (GEVI). Comme dans d'autres rhodopsines microbiennes, l'absorption de la lum
Assemblage des histones couplé à la synthèse d'ADN par le chaperon CAF-1 – CAFinDS
Les modifications post-transcriptionnelles, les variants et les protéines de liaison aux histones constituent, en plus de la séquence des gènes, une information qui contribue à la régulation de l'accessibilité de l'ADN, et à la programmation de l’identité cellulaire. Le remodelage de la chromatine a
Les domaines des prions dans la réponse environnementale des plantes – PROSPERO
Les plantes s'adaptent à l'environnement en ajustant leur développement en fonction d'indices tels que la lumière et la température. Cela leur permet d'anticiper les stress, de répondre par des changements dans leur croissance et leur développement et d'optimiser leur survie et leur succès reproduct
Dynamique Structurale de la Régulation Génique Photo-induite – PhotoGene
Les photorécepteurs régulent l'adaptation des organismes à la lumière. Une classe récemment découverte utilise un dérivé de la vitamine B12 pour détecter la lumière et réguler la biosynthèse des caroténoïdes. CarH, un prototype de cette classe, a été proposée comme un outil optogénétique prometteur,
COPLAnAR : cartography corrélative pour élucider les relations structure-propriétés de la cuticule des plantes – COPLAnAR
Les cuticules des plantes sont des édifices hydrophobes complexes de polymères lipidiques (cutine, un polyester d'acides gras hydroxylés) et polysaccharidiques (pectine, cellulose). Elles interviennent dans le développement des plantes et leur résistance aux stress environnementaux, et sont maintena
Dynamique, organisation moléculaire et modélisation des complexes LINC sous contrainte mécanique – DynamoLINC
En réponse à des contraintes mécaniques, le noyau cellulaire régule les processus critiques tels que la migration cellulaire, le destin cellulaire, l'expression génique et la différenciation cellulaire. Au niveau de l'enveloppe nucléaire, les complexes LINC (Linker of Nucleoskeleton and Cytoskeleto
Cerner le rôle des laccases végétales et fongiques avec des enzymes auxiliaires lors de la polymérisation et de la dépolymérisation de la lignine dans un environnement polysaccharidique – DEOX
La lignine est un polymère phénolique complexe intégré dans la matrice polysaccharidique de la paroi cellulaire végétale. Le dépôt de lignine rend la biomasse végétale très récalcitrante à l'utilisation humaine. Étonnamment, la polymérisation de la lignine dans la paroi cellulaire végétale et la dép
L'interaction de la topologie de l'ADN et de la transcription – TOPORNAP
La transcription de l'ADN en ARN, première étape de l'expression de l'information génétique, nécessite une régulation très étroite. Par conséquent, tout défaut dans cette régulation peut entraîner des conséquences physiologiques menant à de graves pathologies. En outre, les enzymes clés impliquées d
Acquisition du fer chez les bactéries à Gram-négatif: comprendre les mécanismes moléculaires par une approche intégrative – Energir
Les bactéries à Gram négatif sont entourées d’une enveloppe composée de deux membranes (les membranes dites externe et interne) séparées par l'espace périplasmique. Cette enveloppe contient des machines macromoléculaires qui assurent et régulent les échanges entre la bactérie et son environnement. C
Assemblages de lipides et peptides mimétiques d'Apolipoprotéine AI (apo-AI) – AAMLA
Contexte de la recherche et cadre théorique : L'inflammation chronique, le cancer et l'athérosclérose sont les principales causes de décès associés au stress oxydatif dans le monde. Les peptides mimétiques de l'apolipoprotéine AI (apo-AI) (AAMs) constituent une nouvelle classe d’agents thérapeutiq
Subversion des microtubules par VgrG2b, un effecteur du système de sécrétion de type 6 de Pseudomonas aeruginosa – Microb6
P. aeruginosa peut envahir les cellules non-phagocytaires. Nous avons montré que l’effecteur VgrG2b est délivré par la machinerie de sécrétion de type VI (T6SS) dans l’hôte où il cible le complexe des gamma-tubulines responsable de la nucléation de microtubules (MT). Cette interaction précède une i
Interactions moléculaires entre les bactéries lactiques du vin, leurs bactériophages, et les polyphénols – WINE
Les bactériophages (phages) qui infectent les bactéries lactiques (BL) utilisent divers mécanismes de reconnaissance de l’hôte. Toutefois, notre connaissance des interactions phage-BL est incomplète. Etudier les mécanismes moléculaires de ces interactions est important pour comprendre la biologie de
Mécanisme de déposition de TBP sur les promoteurs des génes par le co-activateur SAGA – SAGA-TBP
L’initiation de la transcription est une étape essentielle à la régulation de l’expression des gènes. Pour initier la transcription, la protéine TBP doit être déposée de manière contrôlée aux promoteurs des gènes codant pour les protéines. L'interaction de TBP avec le promoteur déclenche l'assemblag
Variation profonde de contraste SAXS : un nouvel outil pour la biologie structurale – DeepSAXS
La diffusion de rayons X aux petits angles (SAXS) est devenu un outil indispensable en biologie structurale. Cette technique apporte de l'information sur la forme, la taille, la flexibilité ainsi que la masse moléculaire des biomacromolécules en solution, ainsi que des contraintes structurales compl
Mécanisme d'invasion des nucléosomes par la famille de facteurs de transcription pionnier Sox – SIMOS
Les facteurs de transcription pionniers Sox sont caractérisés par un domaine HMG de liaison à l'ADN qui reconnaît un motif TTGT. Sox se lie à l'ADN en élargissant le petit sillon et en induisant une forte courbure de l'ADN. Des structures Cryo-EM récentes ont montré que Sox était capable de former u
Structure et fonction de la machinerie ciblant les ARNs pour leur dégradation nucléaire. – MTREC
Pour détecter et éliminer les transcrits spécifiques ou aberrants, les cellules s'appuient sur des mécanismes, hautement régulés, de dégradation de l'ARN. Les transcrits non désirés sont reconnus par des complexes spécialisés de ciblage de l'ARN qui les acheminent vers l'exosome nucléaire d'ARN pour
Mécanismes d'action des insecticides visant les récepteurs-canaux pentamériques d'insectes – Pesti-Penta
Si les insecticides sont des outils essentiels de la production agricole, leurs effets sur les écosystèmes sont délétères. Un tiers des insecticides agissent en ciblant les récepteurs-canaux pentamériques d’insectes. C’est le cas des néonicotinoïdes, du fipronil et du broflanilide. Le projet vise à
Mécanisme et fonction de la glutamylation des protéines pendant l'infection à Legionella – BACTGLU
Legionella pneumophila sécrète ~300 protéines effectrices dans le cytosol de l'hôte pendant l'infection. Elles exercent une multitude d'activités biochimiques et entraînent la maturation de la vacuole contenant Legionella (LCV) en détournant plusieurs voies de défense de l'hôte. La suppression de l'
Séparations et transitions de phase par les protéines V et W des Henipavirus: mécanismes moléculaires et implications pour leurs fonctions et pour la pathogenèse – HENIPHASE
Les virus Nipah et Hendra (NiV & HeV) (genre Henipavirus) sont des virus zoonotiques responsables d'encéphalites sévères chez l'homme, dont le réservoir naturel est la chauve-souris frugivore. La transmission interhumaine du NiV et la présence des Henipavirus chez d'autres espèces de chauves-souris
Signature structurale à l’échelle de la molécule unique de glycosaminoglycanes par détection nanopore: vers un outil de séquençage glycosaminoglycomique – GAGS-NANOSENSOR
Le projet vise à fournir la première méthode analytique de séquençage des polysaccharides bioactifs glycosaminoglycanes à l’échelle de la molécule unique en utilisant la détection par nanopores, avec des applications dans la recherche biologique et physiopathologique, en particulier pour le diagnost
Dynamique et Topologie à l'échelle nanométrique du complexe Rab11-vRNP associé aux membranes dans des cellules infectées par le virus influenza – FluNanoTrack
Les virus influenza (IAV) représentent une menace grave et globale pour la santé publique. L’amélioration des mesures de prévention et de thérapie, qu'il s'agisse d’un vaccin universel ou de nouveaux médicaments antiviraux, reposera largement sur les recherches fondamentales visant à mieux comprendr
Délivrance des vesicules extracellualires grâce à la fusion des membranes – EVfusion
Dans les 10 dernières années, les vésicules extracellulaires (VE), y compris les exosomes, sont apparues comme un vecteur important de communication intercellulaire. Les VE permettent le transport de lipides, d’acides nucléiques et de protéines d’une cellule donneuse vers une cellule acceptrice. Les
Analyse structure/fonction du pilus Com, nanomachine filamenteuse répandue chez les bactéries monodermes, dédiée à la capture d'ADN – ComPil
La transformation – un mode de transfert horizontal de gènes (THG) très répandu chez les bactéries – est définie comme la capacité d’une bactérie de lier de l'ADN libre, de le transférer à travers sa paroi cellulaire et de le recombiner dans son génome. Étant donné que la THG peut avoir des conséque
Analyse structure-fonction d’une cible majeure de la fibrose : le complexe de maturation C-terminale des collagènes fibrillaires – Pcube_complex
Les collagènes fibrillaires sont les protéines les plus abondantes du corps humain et toute dérégulation de leur biosynthèse ou de l’équilibre entre leur synthèse et leur dégradation peut causer de graves pathologies. Parmi celles-ci, les fibroses sont caractérisées par un dépôt excessif ou aberrant
Tropomyosines et différenciation des réseaux de filaments d'actine – TropActin
Au sein de chaque cellule, le cytosquelette d'actine forme différents réseaux de filaments, impliqués dans de nombreuses fonctions fondamentales. Ces réseaux d'actine sont assemblés à partir d'un pool commun d'actine et de protéines régulatrices, mais une question complexe et toujours ouverte est de
Détermination des bases moléculaires de la leucémie promyélocytaire aigüe (APL), une approche novatrice pour améliorer le traitement des pathologies dépendantes des rétinoïdes – RepreX
En l’absence de son ligand (acide rétinoïque, ATRA), le récepteur de l'acide rétinoïque alpha (RARa) agit comme un répresseur transcriptionnel en recrutant des complexes corépresseurs au niveau de ses gènes cibles. Cette répression constitutive est cruciale chez les métazoaires. Cependant, ses déter
Structure et mécanique des réseaux composites de cytosquelette – CoCyNet
Le cytosquelette est principalement responsable des propriétés mécaniques des cellules vivantes. Il est composé de trois types de biopolymères interconnectés : l'actine, les filaments intermédiaires (FIs) et les microtubules. Parmi ceux-ci, les filaments d'actine et les microtubules forment des rése
Caractérisation mécanistique de sous-complexes du divisome bactérien reconstitués in vitro – MecaDiv
Chez les bactéries, la division cellulaire est un processus coordonné par un complexe multi-protéique appelé divisome, qui est assemblé autour d’une protéine bactérienne très conservée, FtsZ, qui polymérise pour former une structure annulaire (le Z-ring) dynamique marquant le futur site de division.
Déterminer le rôle d'AURKA sur la structure des crêtes mitochondriales par microscopie de super-résolution et FRET – MACSUP
Les mitochondries sont des organites à double membrane : la membrane externe englobe l’organite, tandis que la membrane interne est pliée en invaginations dites crêtes. Les crêtes ont longtemps été considérées statiques, mais leur dynamique a récemment été montrée en cellules vivantes. Cependant, le
Protéines de classe II de fusion membranaire chez les archées – ArcFus
Les protéines de fusion de classe II ont été identifiées chez des virus enveloppés (Zika, chikungunya) ainsi que dans des organismes appartenant à quatre des cinq royaumes eucaryotes, où elles catalysent la fusion de gamètes pour la fertilisation. Nos analyses bio-informatiques suggèrent une origine