Projets financés
Rôle du complexe co-activateur SAGA dans la transcription au cours de la différenciation cellulaire chez les mammifères – SAGA-Retina
Pour réguler l'expression des gènes, les activateurs se lient à des séquences d'ADN spécifiques où ils recrutent des coactivateurs qui ouvrent la structure de la chromatine aux promoteurs pour faciliter l'assemblage du complexe de pré-initiation. Le complexe SAGA est un paradigme de coactivateur aya
Cohésion des Chromosomes Frères dans la Bactérie – BaCh
À proprement parler, les bactéries n'ont pas d'orthologie de cohésions. Toutefois, par analogie avec les eucaryotes, nous appellerons ce phénomène «cohésion des sœurs chromatides bactériennes« (bSCC). D'autres études ont suggéré que la bSCC résultait de liens de caténation derrière les fourches de r
Caractérisation génétique et fonctionnelle des gènes WDR dans les maladies neuro-développementales et leur comorbidité – WDR
L'objectif général de ce projet est d'élargir nos connaissances dans le domaine des maladies du neurodéveloppement et de leur comorbidité, et plus particulièrement travailler sur une nouvelle classe de maladies que nous avons nommée « WDRopathies ». Contrairement à d'autres manifestations cérébrales
Innovation évolutive par acquisition de nouveaux gènes – GoNG
Objectif 1. Analyse complète des trajectoires évolutives des NAG naturels. Nous analysons les trajectoires évolutives des NAG sur la base d'ensembles de données de génomique des populations de haute qualité et en utilisant des approches informatiques de pointe. Objectif 2. Mesures expérimentales
Facteurs contrôlant l'instabilité génétique associée aux R-loops en cis et en trans – CisTransRloop
Sur la base de résultats préliminaires et d’approches uniques à notre consortium, ce projet explore les conséquences de la formation des R-loops sur la dynamique du génome, en utilisant la levure comme modèle d’étude. 1. Nous déterminons comment les R-loops affectent l’organisation spatiale du géno
Les plateformes de traduction à la surface des organites – POLYGLOT
Notre projet propose de réévaluer la régulation spatiale de la traduction dans les cellules eucaryotes, et de caractériser les mécanismes d'adressage des ARNm et des traductions associées aux organites. Ces questions sont essentielles si on considère l'impact d'un mauvais adressage d'ARN sur la vie
Mécanisme de la recombinaison mitotique et méiotique – CreaDiv
Le génome est normalement répliqué pendant la phase S du cycle cellulaire. Certaines régions du génome sont naturellement répliquées tardivement, et sujettes à une évolution plus rapide. Nous avons découvert que cette situation est amplifiée dans les cellules tumorales et dans des mutants de levure
Maintien de l'intégrité de l'hétérochromatine en réponse aux dommages à l'ADN – HEROD
Ce projet vise à explorer l'existence de mécanismes spécifiques assurant le maintien de la structure et de la fonction de l'hétérochromatine en réponse aux dommages à l'ADN dans les cellules de mammifères. Notre projet s'articule autour de deux principaux objectifs: Objectif 1: Déterminer l'influ
Analyse multi-échelle des mécanismes précoces de remodelage de la chromatine au niveau des dommages dans l'ADN – REPAIRCHROM
La réparation de l'ADN endommagé implique à des stades précoces un remodelage actif de la chromatine dont la fonction exacte reste mal définie mais qui semble essentiel à une restauration efficace des dommages. La voie de signalisation par poly-ADP-ribosylation (PARylation) et notamment, différents
Mise en lumière du dialogue entre bactérie et prophage – BacPhageChat
Les génomes bactériens sont extrêmement divers. Cette diversité est en partie due aux prophages qui sont des génomes viraux intégrés dans le génome bactérien. La plupart des gènes portés par les prophages sont silencieux, mais ceux qui sont exprimés peuvent conférer de nouvelles propriétés à leur hô
Les réponses aux signaux Mécaniques: Modèle de décisions cellulaires et programmes Épigénétiques – MecEpi
Les cellules d'un organisme multicellulaire sont génétiquement homogènes mais leurs fonctions, structures et comportements varient. Beaucoup de ces différences résultent de programmes d'expression génique distincts. Les signaux environnementaux sont intégrés et induisent des changements epigénétique
Contrôle de la réponse au stress par une nouvelle classe de promoteurs à activité enhancer – Epromoters
Un des dogmes de la régulation génique implique que l'expression soit contrôlée par des éléments cis-régulateurs adjacents (promoteurs) et distaux (enhancers) des gènes. Grace à une approche originale de gène-rapporteur à haut débit, nous avons récemment démontré que certains promoteurs, appelés Epr
Décodage de la réponse auxine à l'interface ARFs-chromatine – ChromAuxi
Le projet ChromAuxi vise à comprendre comment l'interaction entre les Facteurs de Réponse à l’Auxine (ARF) et la dynamique chromatinienne orchestre la multiplicité des réponses transcriptionnelles à cette phytohormone chez Arabidopsis. Dans ce but nous déterminerons les règles de liaison des différe
Evolution du patron de recombinaison et de mutations fonctionnelles à travers différentes espèces – RecombFun
Les connaissances biologiques proviennent principalement d'isolats de référence de seulement quelques organismes modèles, ce qui aboutit à des descriptions monomorphes des processus biologiques et tend à négliger les variations intra- et interspécifiques. La biodiversité a donc été sous-explorée alo
Fonctions biologiques de l'histone variant H2A.Z – ZFun
Les variants d'histones sont des acteurs épigénétiques clés, qui confèrent de nouvelles propriétés structurelles et fonctionnelles au nucléosome. Le variant d'histone H2A.Z, un membre de la famille H2A, existe sous deux isoformes majeures (H2A.Z-1 et -2). H2A.Z est impliqué dans plusieurs processus
Le rôle évolutif des capsules dans l’adaptation bactérienne – ENCAPSULATION
La capsule bactérienne est une couche entourant certaines bactéries, c’est un facteur de virulence important présent chez la plupart de pathogènes facultatifs. Elle permet aux bactéries de résister à de nombreux stress, inclus la résistance aux antibiotiques. Nous avons précédemment montré que les e
Analyse fonctionnelle des petits ARN nucléolaires orphelins chez les mammifères – SNORPHAN
Les petits ARN nucléolaires (snoARN) à motifs C/D et H/ACA représentent deux grandes familles d’ARN non-codants (ARNnc) impliquées respectivement dans la synthèse des 2’-O-methylations et des pseudouridines retrouvées dans les ARN ribosomiques (ARNr). Certains d’entre eux nommés scaARN s’accumulent
Etude de la régulation de l’activité diacylglycerol kinase par FMRP et sa dérégulation dans la maladie du syndrome de l’X Fragile – 2CureXfra
Le syndrome de l’X fragile (FXS) est une pathologie monogénique responsable de la première cause héréditaire de déficience intellectuelle et d’autisme. Cette pathologie affecte un homme sur 4000 et une femme sur 8000. Il n’existe pas de traitement validé pour cette maladie. Le FXS est dû à l’absence
Sonder la dynamique et la mécanique du génome à l’échelle d’un chromosome individuel – CHROMAG
Ces dernières années, des méthodes telles que la capture de conformation de la chromatine, des tests génomiques ou la microscopie à super-résolution ont révélé l'architecture multi-échelle du génome et son rôle dans de nombreuses fonctions génomiques. Pourtant, notre compréhension de l'organisation
Dynamique methylation des deoxycytosines et function – 5metdC
La 5-méthyldeoxycytosine (5mdC) est une marque épigénétique ubiquiste qui joue un rôle clé dans la régulation de la chromatine et l’expression des gènes. Elle participe aussi à la plasticité du génome, son élimination entraînant l’accumulation de mutations. Chez les eucaryotes, trois types de méthyl
Contrôle de la transcription non-codante comme moyen de régulation fine de l’expression des gènes chez les bactéries Bacillus subtilis et Staphylococcus aureus. – CoNoCo
La transcription “pervasive” non-codante, issue de promoteurs cryptiques ou de la translecture transcriptionnelle, est un mécanisme conservé dans tous les organismes. Son rôle est établi chez les eucaryotes mais reste mal compris chez les bactéries. La transcription pervasive bactérienne est contrôl
Control à différents niveaux de l’empreinte du domaine DLK1-DIO3 dans le developpement et des maladies. – IMP-REGULOME
Les mécanismes épigénétiques jouent des rôles importants durant le développement et sont impliqués dans de nombreuses pathologies. Des gènes soumis à l’empreinte représentent un paradigme fort, de part leur expression mono-allélique dépendant de l’origine parentale mais aussi de part de leurs rôles
Héritage épigénétique maternel chez les mammifères: redondance et compétition entre méthylation de l’ADN et polycomb – MATIN
La question de la transmission épigénétique intergénérationnelle est l’objet d’intérêts soutenus chez les mammifères. Deux marques chromatiniennes ont des propriétés d’héritabilité maternelle démontrées, la méthylation de l’ADN et la triméthylation de la lysine 27 de l’histone H3 (H3K27me3). Cependa
Rôle de l'épissage mineur dans le développement cérébral – U4ATAC-BRAIN
Dans des articles précurseurs publiés en 2011, notre groupe et d'autres équipes ont identifié des mutations d’un gène non codant, RNU4ATAC, dans une maladie autosomique récessive appelée nanisme primordial ostéodysplasique microcéphalique de type 1 (MOPD1, OMIM 210710) ou syndrome de Taybi-Linder (T
Dynamique de la chromatine des gènes œstrogéno-régulés – SinFONIE
Les réponses cellulaires aux stimuli environnementaux nécessitent souvent une induction transcriptionnelle rapide de gènes spécifiques, qui sont en quelque sorte «ciblés» en quelques minutes, bien qu'ils représentent une infime fraction de la séquence d'ADN entière dans le noyau. Le génome est forte
Transitions évolutives dans la reconnaissance du “soi” génomique: petits ARN, facteurs spécifiques de séquence et méthylation de l'ADN – LaMarque
La répression des éléments transposables (ET) est vitale pour les eucaryotes, mais les mécanismes permettant de distinguer ces parasites moléculaires (le “non-soi” génomique) des gènes cellulaires (le “soi”) restent mal compris. Le cilié Paramecium tetraurelia est un excellent modèle à cet égard: le