Programme Prioritaire de Recherche Cultiver et Protéger Autrement

Deciphering plant-microbiome interactions to enhance crop defense to bioagressors

DEEP IMPACT

Keywords: Microbiotes associés aux plantes, diversité, fonctions microbiennes, interactions Microbe-Microbe, défense des plantes, Métabolites, GWAs, T. aestivum, B. napus

Summary

Des résultats prometteurs montrent que la diversité inexploitée du microbiote du sol peut influencer la tolérance/résistance des plantes à des ravageurs. L’agriculture moderne doit donc relever le défi de concevoir une nouvelle génération de solutions agroécologiques permettant d’accroître la résistance des plantes aux stress biotiques pour une production végétale et une protection des plantes plus saines et durables. Cependant, la conception de microbiote synthétique spécifique de plante nécessite une meilleure compréhension des mécanismes sous-jacents aux interactions du microbiote de plante dans un contexte écologique réaliste. Dans ce cadre, sur la base d'un consortium multidisciplinaire et d'approches novatrices, DEEP IMPACT vise à combiner l'écologie, la biologie, la génétique des plantes et les mathématiques pour identifier, caractériser et valider les communautés microbiennes, les communautés végétales et les facteurs abiotiques (pratiques agricoles) modulant la résistance de Brassica napus et Triticum aestivumà plusieurs parasites. 

 

Pour cela, une approche in situ a permis d’identifier 100 champs (50 pour chaque espèce cultivée). Sur l’année 2021, les 50 parcelles de colza ont été mieux caractérisées sur l’environnement (variables climatiques et édaphiques) et les facteurs biotiques (microbiote, virome, communautés de mauvaises herbes, attaques de ravageurs et prévalence du pathobiote). Les informations tirées de cette caractérisation générale seront intégrées dans des modèles statistiques corrélatifs afin de décrire la part relative de la variance expliquée par les caractéristiques de l’habitat et des facteurs biotiques, et corrélée à une réduction des attaques de ravageurs. En parallèle une collection de bactéries et champignons a été initiée sur les mêmes échantillons qui permettra de reconstruire des microbiotes synthétiques pour valider les observations au champs.

 

The author of this summary is the project coordinator, who is responsible for the content of this summary. The ANR declines any responsibility as for its contents.

General informations

Acronym: DEEP IMPACT
Reference Number: 20-PCPA-0004
Project Region: Bretagne
Discipline: 4 - Agro Eco
PIA investment: 2,997,333 €
Start date: March 2021
End date: March 2027

Project coordination : Christophe MOUGEL
Email: christophe.mougel@inrae.fr

Consortium du projet

Etablissement coordinateur : INRAE Centre Bretagne-Normandie
Partenaire(s) : INRAE Centre Bourgogne-Franche-Comté, INRAE Nouvelle-Aquitaine-Bordeaux, INRAE Centre Ile-de-France - Versailles-Saclay, Université de Rennes, INRAE Centre Clermont-Auvergne-Rhone-Alpes, CNRS Bretagne Pays de Loire (Rennes), CNRS Rhône Auvergne (Villeurbanne), INRAE Centre Occitanie - Toulouse, INRAE Centre Ile-de-France - Jouy-en-Josas - Antony

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