Santé et Bio technologies Infrastructures

Institut français de bioinformatique

IFB (ex Renabi-IFB)

Mots-clés : bioinformatique; workflows; outils logiciels; bases de données; Plan de Gestion de données; cloud computing; HPC; analyse de données; biostatistique; big data

Résumé

L’institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale de support à la recherche, qui déploie des services en bioinformatique (calcul et stockage, développement et déploiement de logiciel et de bases de données spécialisés, gestion de données, accompagnement de projets) organise des formations, et participe à l’innovation méthodologique. L’IFB fédère 21 plateformes membres, 8 plateformes contributrices et 7 équipes associées, qui couvrent tous les domaines de la bioinformatique (analyse des séquences, des structures macromoléculaires, des réseaux, algorithmique, statistique, représentation des connaissance,  …)  ainsi que les applications thématiques des tutelles de l’institut (CNRS, Inserm, INRAE et CEA): santé, environnement et agronomie. L’IFB est le noeud français du réseau européen ELIXIR. Les activités nationales et internationales de l’IFB sont coordonnées par l’UMS IFB-core. 

 

L’IFB déploie une infrastructure physique décentralisée (National Network of Computational Resources) qui regroupe 7 clusters et 6 clouds totalisant 23,188 coeurs, 13.5 Po de stockage et 121.8 TB de RAM, et inclut plus de 500 outils logiciels (packages, appliances, containers) accessibles via différentes interfaces utilisateurs (SSH, Galaxy, Jupyter, RStudio). Plusieurs nouvelles formations se sont récemment ajoutées à celles déjà en place : Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative (DUBii), FAIR data et FAIR bioinformatique, Plan de Gestion de Données. 

 

L’année 2020 a été marquée par la création d’une task force COVID-19, et par la conception du projet Mutualised Digital Spaces for FAIR Life Sciences (MuDiS4LS), qui contribue à l’équipement numérique des 21 plateformes de l’IFB et structure sa feuille de route 2021-2025 autour de plusieurs thématiques-clés : gestion des données de la production à la publication, bioinformatique intégrative, intelligence artificielle, bioinformatique pour la santé, pour l’agriculture et pour l’environnement. 

 

 

 

L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.

Informations générales

Acronyme projet : IFB (ex Renabi-IFB)
Référence projet : 11-INBS-0013
Région du projet : Île-de-France
Discipline : 5 - Bio Med
Aide PIA : 22 800 000 €
Début projet : décembre 2012
Fin projet : décembre 2024

Coordinateur du projet : Claudine MEDIGUE
Email : cmedigue@genoscope.cns.fr

Consortium du projet

Etablissement coordinateur : CNRS IDF Sud (Gif)
Partenaire(s) : INRA Versailles-Grignon, INRIA Nancy Grand Est, CEA Fontenay-aux-Roses, INSERM Délégation Paris 7

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