Plate forme Lilloise de séquençage du génome humain pour une médecine personnalisée

Installée dans les locaux d'EGID sur le site du CHU de Lille, la plateforme LIGAN-Médecine Personnalisée est dédiée au séquençage de nouvelle génération et à la génomique de pointe. L’utilisation de nos séquenceurs à haut débit et de notre plateforme de génotypage est dédiée à la médecine de précision. Elle est par ailleurs ouverte à toutes les applications de génétique et génomique quel que soit l’organisme. Elle inclut plusieurs séquenceurs Illumina (MiSeq, NextSeq, NovaSeq), divers robots pour la préparation de librairies, un plateau dédié au génotypage et d’autres appareils de pointe de génomique (NanoString). La plateforme comprend plusieurs groupes : un groupe dédié à la biobanque, un groupe dédié au séquençage de nouvelle génération (NGS), un groupe dédié au génotypage par puce à ADN, un groupe dédié à la bioinformatique, un groupe dédié à la biostatistique, un groupe dédié au management des ressources informatiques et un groupe dédié à la cellule qualité (ISO15189).

LIGAN-PM est le fruit d'un partenariat unique entre une UMR et une société de biotechnologie GenoScreen. Chaque partenaire a développé ses expertises : l’UMR8199 a développé ses expertises autour de l’analyse d’exome ou du génome, les analyses d’expression (lncRNA, miRNA, mRNA), la PCR digitale, les analyses de cellules uniques (single-cell). GenoScreen a privilégié les analyses autour des populations microbiennes.

Les crédits ANR de la tranche 1 (entièrement consommés en équipements et salaires) ont permis d’acquérir les équipements de dernière technologie. LIGAN-PM est équipée de toute la gamme de séquenceurs Illumina (MiSeq, NextSeq, et NovaSeq). Nous sommes capables de répondre à l’ensemble des demandes dans le domaine de la génomique.

Les crédits ANR de la tranche 2 (fonctionnement) ont permis de financer les développements technologiques ; le solde actuel sera consacré à la poursuite des développements de nos pipelines d’analyses.