Variation populationnelle des profils d'accessibilité de la chromatine à l'échelle unicellulaire – popCell-REG

La structure tridimensionnelle de la chromatine joue un rôle essentiel dans le contrôle de l’expression génique. On sait désormais que cette structure diffère largement entre lignées cellulaires et se trouve modifiée lors de l’activation cellulaire. Cependant, on ignore encore la façon dont la différentiation génétique, les adaptations locales, et l’exposition à des environnements distincts façonnent les profils d’accessibilité de la chromatine des cellules immunitaires aux sein des différentes populations humaines. Le projet popCell-REG vise à mesurer l’accessibilité de la chromatine à l’échelle unicellulaire dans les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMCs) chez 240 individus sains issus de 3 populations d’origines différentes (Africains, Européens et Asiatiques de l’Est, 80 individus de chaque origine). Ce projet, qui se base sur la cohorte EvoImmunoPop+, va ainsi intégrer des profils d’accessibilité de la chromatine avec des données déjà disponibles (génotypage en génome entier par la puce Omni5, et transcriptomes de plus d’1 million de PBMCs au repos et après 6 heures de stimulation par la grippe et le SARS-CoV-2), ainsi qu’avec des profils antigéniques qui seront obtenus par la méthode VIRscan pet permettront de détecter les diverses infections virales auxquelles les individus ont été confrontés. Ce faisant, il permettra de (i) caractériser à haute résolution les profils d’accessibilité de la chromatine, et ses interactions 3D, dans des cellules immunitaires dans 3 populations aux histoires évolutives distinctes; (ii) révéler la façon dont la génétique et les expositions virales altèrent l’accessibilité de la chromatine et sa conformation 3D; (iii) définir comment les régions régulatrices agissent de façon additive, ou en interaction, sur l’expression génique et la réponse aux stimuli environnementaux; et (iv) établir le rôle des adaptations génétiques locales et de l'introgression Néanderthalienne dans la différentiation des profils d’accessibilité de la chromatine entre différentes populations humaines. Le projet popCell-REG va ainsi renforcer notre compréhension des interactions gène x environnement qui façonnent la structure 3D de la chromatine, et nous permettra de mieux comprendre la façon dont des modifications de cette structure altèrent la transcription et participent à l’adaptation des populations humaines à leur environnement local.