Decrypter les mécanismes d'élimination programmée du génome avec les nématodes Mesorhabditis comme modèles – ELIMINATION

Alors que dans la majorité des espèces des programmes sophistiqués de protection et de maintenance de la chromatine existent, certaines espèces systématiquement excisent et éliminent des portions entières de leur génome dans leurs cellules somatiques. Ce phénomène d’élimination programmée de l'ADN (PDE) a été décrit dans une centaine d’espèces, appartenant à des embranchements très différents. Les mécanismes sous-jacents ont été étudiés en détails dans quelques espèces d’unicellulaires Ciliés et révèlent une régulation via des petits ARNs de type piRNAs, qui entrainent le dépôt de marques d’histones sur l’ADN adjacent, nécessaire à l’excision. En revanche, les mécanismes de PDE restent inconnus chez les Métazoaires, en partie parce que les espèces subissant l’élimination ne permettent pas d’approches fonctionnelles. Ainsi, nous ignorons encore comment des séquences sont reconnues et excisées au cours du développement, et quelle est la fonction d’un tel mécanisme apparu si souvent au cours de l’évolution.
Notre groupe a récemment découvert le phénomène de PDE dans toutes les espèces de nématodes du genre Mesorhabditis (appartement à la même famille que C. elegans). Ces espèces présentent de nombreux avantages expérimentaux permettant d’élucider les mécanismes de PDE. Nous avons déjà identifié les séquences ciblées et nos résultats préliminaires suggèrent un mécanisme impliquant les petits ARNs et l’heterochromatinisation.
Avec le projet ELIMINATION, nous développerons des méthodes, bien maitrisées et à la pointe, en épigénomique pour tester le rôle des petits ARNs et des modifications d’histone dans le PDE. Nous identifierons également de nouveaux acteurs de PDE par des approches de génétique directe. Notre combinaison d’expertise et notre nouveau modèle ad-hoc, permettra d’ouvrir de nouvelles perspectives dans le domaine de la régulation de la chromatine et l’épigénétique.