CE46 - Modèles numériques, simulation, applications

Processing-in-Memory pour la génomique – GenoPIM

Résumé de soumission

Le séquençage haut débit représente aujourd'hui une technologie indispensable pour la plupart des applications génomiques. Celles-ci ont d’ores et déjà un fort impact sur la recherche et l'utilisation clinique. Le séquençage massif de génomes, par exemple, fait désormais partie de la médecine préventive et personnalisée. Actuellement, les données génomiques sont traitées dans des centres de calcul coûteux, gourmands en énergie et nécessitant d’importants transferts de données par Internet. Il est donc souhaitable de migrer vers des technologies plus rapides, plus efficaces et plus rentables. L’objectif du projet est d’exploiter le concept de « Processing-in-Memory » (PIM) pour optimiser les traitements en génomique. Le projet se concentre sur la co-conception d'algorithmes et de structures de données revisitées pour s’adapter aux architectures PIM, afin de réduire les coûts, l'énergie et les temps de calcul.

Coordination du projet

Dominique LAVENIER (Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires)

L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.

Partenaire

UPMEM UPMEM
IP - Algorithmes pour les séquences biologiques IP - Algorithmes pour les séquences biologiques
IRISA Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires
Université de Bilkent / Computer Science

Aide de l'ANR 503 676 euros
Début et durée du projet scientifique : décembre 2021 - 36 Mois

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