Caractérisation de l'interaction ayant lieu entre le pathogène Campylobacter et le microbiote de la viande de volaille en vue d'améliorer la sécurité sanitaire du produit – ESCAPE

Depuis plusieurs années, Campylobacter demeure la première cause de zoonose transmise par voie alimentaire en Europe. L’ingestion de viande de volaille contaminée constitue la voie principale de transmission de Campylobacter à l’Homme. La maîtrise de la contamination des viandes de volailles par Campylobacter représente un enjeu de santé publique majeur mais également un enjeu économique du fait de l’instauration d’un nouveau critère d’hygiène des procédés appliqué sur carcasses de poulet de chair. A ce jour, les évaluations du risque relatif à Campylobacter, se sont basées sur l’étude du comportement du pathogène sans tenir compte du microbiote également présent sur la viande. Pourtant, il est connu que les interactions bactériennes qui ont lieu au sein du microbiote, influencent le comportement des pathogènes jusqu'à l'assiette du consommateur et que la composition du microbiote dépend des conditions rencontrées le long de la chaîne alimentaire. Dans des études récentes, les analyses de réseaux microbiens, qui combinent des techniques statistiques multivariées et des technologies de séquençage d'ADN à haut débit, ont été utilisées pour étudier les interactions potentielles entre les taxons microbiens. Cette méthode peut aider à déchiffrer la structure de communautés microbiennes complexes à travers des gradients spatiaux ou temporels et offre des informations précieuses pour étudier les interactions taxonomiques et les associations de niches écologiques dans un microbiote complexe dans lequel les agents pathogènes évoluent.
C’est dans ce contexte que le projet ESCAPE s’inscrit. Il a pour objectifs :
(i) d’évaluer quantitativement l’effet du mode d’élevage, du ressuage et du conditionnement des carcasses de poulet de chair sur la composition du microbiote et du niveau de contamination en Campylobacter de la carcasse de volaille,
(ii) de déterminer si certaines espèces bactériennes au sein du microbiote de la carcasse favorisent ou défavorisent la persistance de Campylobacter en utilisant les analyses de réseau et la modélisation pratiqués dans d’autre domaines de l’écologie microbienne, et ainsi d’identifier de potentiels indicateurs bactériens prédisant la présence de Campylobacter sur carcasse,
(iii) et de comprendre comment et pourquoi Campylobacter survit sur la viande, en étudiant les mécanismes relatifs à la réponse du pathogène en interaction avec ces indicateurs bactériens.
ESCAPE s’inscrit dans une démarche d’amélioration de la sécurité sanitaire de la viande en envisageant de nouvelles stratégies d'atténuation du risque et en évaluant l’exposition au risque en tenant compte du microbiote de la denrée alimentaire concernée.
Les résultats du projet permettront d’obtenir une meilleure connaissance du comportement de Campylobacter en particulier en considérant l’influence des facteurs biotiques (microbiote) sur la présence et la survie de Campylobacter sur la viande, pour une éventuelle intégration de ces facteurs dans des modèles d’évaluation quantitative du risque. La mise en évidence d’indicateurs microbiens facilita le suivi de la présence de Campylobacter dans le cadre des monitoring qualité. A plus long terme, l’investigation d’autres stratégies de lutte avec l’utilisation de bactéries inhibitrices permettra une meilleure maîtrise des risques et ainsi diminuer l’impact des campylobactérioses.