Rôle du microbiote dans l’évolution de l’infection à SARS-CoV-2 – MICROBIOCOVID

Les patients hospitalisés en raison d'une infection à SARS-CoV2 (COVID-19) peuvent nécessiter des soins intensifs en réanimation (ex. ventilation mécanique) durant leur séjour. Certains facteurs de risque d'une aggravation clinique sont connus (sexe, comorbidités, gravité de la présentation clinique à l'admission, cytokines pro-inflammatoires), mais un meilleur ciblage des patients qui sont à risque de nécessiter des soins de réanimation reste nécessaire car ces facteurs ne présentent pas des performances prédictives satisfaisante pour une valeur ajoutée dans l'organisation des soins (ex. planification des besoins).
Le microbiote de l'oropharynx et du tube digestif pourrait représenter un grand apport dans ce domaine. C'est pourquoi nous proposons, à partir des patients de la cohorte French-COVID, d'inclure 200 patients admins dans le service de maladies infectieuse de l'hôpital Bichat et à haut risque de dégradation clinique. Nous proposons de réaliser des prélèvements oropharyngés et rectaux à l'inclusion, avec séquençage des métagénomes bactériens et analyses bioinformatique pour en caractériser la diversité et identifier de nouveaux facteurs associés au recours aux soins intensifs.
Nous réaliserons également des cultures semi-quantitatives des échantillons recueillis (oropharynx et tube digestif) pour identifier et quantifier des bactéries pathogènes dans le but de prédire une infection bactérienne additionnelle chez ces patients atteints de COVID-19.
Pour les patient transférés en réanimation durant leur suivi, nous ferons de nouveaux prélèvements pour mieux décrire l'évolution du microbiote oropharyngé et digestif et les relations entre son évolution et le risque de survenue d'une pneumopathie acquise sous ventilation mécanique.