Epidémiologie environnementale du COVID-19 en Guyane française: combiner eDNA et biogéographie pour prédire les futurs pics épidémiques – EPI-COV

Epidémiologie environnementale du Covid-19 en Guyane française

La vitesse de propagation de la Covid-19 souligne le besoin d’améliorer notre compréhension de la dynamique épidémiologique du SARS-CoV-2 au sein de la population. L'analyse des eaux usées représente un outil sentinelle permettant d’évaluer l’ampleur et l’évolution de l’épidémie mais aussi d’anticiper un afflux de cas dans les hôpitaux ou les centres de soins. Le projet a également pour objectif d’identifier la diversité de variants circulant sur le territoire Guyanais.

Suivi épidémie et dynamique des variants dans l'espace et dans le temps

Depuis son émergence à Wuhan en Chine en 2019, la vitesse de propagation de la pandémie de Covid-19, associée à un manque de connaissances scientifiques et médicales, souligne le besoin d’améliorer notre compréhension de la dynamique épidémiologique du SARS-CoV-2 au sein de la population. Outre la nécessité d’identifier et d’isoler rapidement les personnes infectées par le virus, l’analyse des eaux usées représente un outil sentinelle permettant d’évaluer l’ampleur et l’évolution de l’épidémie mais aussi d’anticiper un afflux de cas dans les hôpitaux ou les centres de soins. <br /><br />Déjà utilisé à travers le monde pour le suivi d’autres émergences infectieuses (polio, hépatites, gastroentérites, etc.) l’analyse des eaux usées pour le suivi de l’épidémie de Covid-19 a été développé et validé par le réseau national OBEPINE en mars dernier et est à présent largement utilisé sur l’ensemble du territoire. En effet, les études ont montré que le virus SARS-CoV-2 est excrété par les personnes symptomatiques et asymptomatiques et se retrouve donc dans les eaux usées. Le projet EPI-COV va donc utiliser un outil simple et facile à mettre en œuvre (technique d’ADN environnemental) afin de suivre dans l’espace et dans le temps la présence et la concentration du virus dans les eaux usées en zone tropicale en Guyane française. Outre le suivi de la charge virale dans les eaux usées le projet a également pour objectif d’identifier la diversité de variants circulant sur le territoire Guyanais. <br /><br />D’autre part, les virus à ARN tels que le SARS-CoV-2, sont amenés à muter (acquérir des modifications génétiques) fréquemment, leur permettant de lutter et d’échapper au système immunitaire de leur hôte ou encore aux médicaments ou aux vaccins. C’est pourquoi il est essentiel non seulement de suivre l’évolution du nombre de cas mais aussi d’identifier les différents variants génétique qui circulent au sein de la population afin de prévenir le risque d’émergence de nouveaux variants.<br />1) Suivre l'évolution de l'épidémie de la Covid-19 dans les eaux usées en Guyane française; <br />2) Identifier les variants circulant dans les eaux usées ainsi que leur dynamique dans l'espace et dans le temps