Epidémiologie environnementale du COVID-19 en Guyane française: combiner eDNA et biogéographie pour prédire les futurs pics épidémiques – EPI-COV
Epidémiologie environnementale du Covid-19 en Guyane française
La vitesse de propagation de la Covid-19 souligne le besoin d’améliorer notre compréhension de la dynamique épidémiologique du SARS-CoV-2 au sein de la population. L'analyse des eaux usées représente un outil sentinelle permettant d’évaluer l’ampleur et l’évolution de l’épidémie mais aussi d’anticiper un afflux de cas dans les hôpitaux ou les centres de soins. Le projet a également pour objectif d’identifier la diversité de variants circulant sur le territoire Guyanais.
Suivi épidémie et dynamique des variants dans l'espace et dans le temps
Depuis son émergence à Wuhan en Chine en 2019, la vitesse de propagation de la pandémie de Covid-19, associée à un manque de connaissances scientifiques et médicales, souligne le besoin d’améliorer notre compréhension de la dynamique épidémiologique du SARS-CoV-2 au sein de la population. Outre la nécessité d’identifier et d’isoler rapidement les personnes infectées par le virus, l’analyse des eaux usées représente un outil sentinelle permettant d’évaluer l’ampleur et l’évolution de l’épidémie mais aussi d’anticiper un afflux de cas dans les hôpitaux ou les centres de soins. <br /><br />Déjà utilisé à travers le monde pour le suivi d’autres émergences infectieuses (polio, hépatites, gastroentérites, etc.) l’analyse des eaux usées pour le suivi de l’épidémie de Covid-19 a été développé et validé par le réseau national OBEPINE en mars dernier et est à présent largement utilisé sur l’ensemble du territoire. En effet, les études ont montré que le virus SARS-CoV-2 est excrété par les personnes symptomatiques et asymptomatiques et se retrouve donc dans les eaux usées. Le projet EPI-COV va donc utiliser un outil simple et facile à mettre en œuvre (technique d’ADN environnemental) afin de suivre dans l’espace et dans le temps la présence et la concentration du virus dans les eaux usées en zone tropicale en Guyane française. Outre le suivi de la charge virale dans les eaux usées le projet a également pour objectif d’identifier la diversité de variants circulant sur le territoire Guyanais. <br /><br />D’autre part, les virus à ARN tels que le SARS-CoV-2, sont amenés à muter (acquérir des modifications génétiques) fréquemment, leur permettant de lutter et d’échapper au système immunitaire de leur hôte ou encore aux médicaments ou aux vaccins. C’est pourquoi il est essentiel non seulement de suivre l’évolution du nombre de cas mais aussi d’identifier les différents variants génétique qui circulent au sein de la population afin de prévenir le risque d’émergence de nouveaux variants.<br />1) Suivre l'évolution de l'épidémie de la Covid-19 dans les eaux usées en Guyane française; <br />2) Identifier les variants circulant dans les eaux usées ainsi que leur dynamique dans l'espace et dans le temps
Utilisation du protocole de concentration et d'extraction des particules virales mis en place par le réseau OBEPINE; Adaptation du protocole ARTIC pour la détection de variants du SARS-Cov-2 dans les eaux usées
Détection de sites de prélèvement des eaux usées positifs à la Covid-19, suivi de l'épidémie via l'analyse des eaux usées. Détection de variants via l'utilisation du protocole ARTIC par de légères modifications de ce protocole.
Suivi des eaux usées jusqu'en juillet 2021; Séquençage d'échantillons environnementaux et cliniques de février à juillet 2021
Le projet EPI-COV a été présenté et valorisé de la façon suivante :
Le 12/10/2020 : Lancement projet EPI-COV en Guyane. Site WEB Centre IRD de Cayenne :
www.ird.fr/epidemiologie-environnementale-du-covid-19-en-guyane-francaise
Le 15/10/2020 : Journées scientifique du GIS IRISTA « COVID-19 Recherche et Santé en Guyane et ailleurs ». Présentation de Marine COMBE « Anticiper l’émergence des maladies infectieuses grâce à l’ADN environnemental – projet EPI-COV»
Présents : Préfet de la Guyane, CTG, ARS, Président de l’Université de Guyane, Presse (Guyane la 1ère)
Le 15/10/2020 : Interview de Marine COMBE Guyane la 1ère (émission radio)
Le 20/10/2020 : Interview de Marine COMBE et de Jean-Claude DOUDOU Guyane la 1ère (émission télé, reportage de Sébastien Laporte) :
la1ere.francetvinfo.fr/guyane/l-ird-lance-des-analyses-pour-surveiller-la-presence-de-covid-19-dans-les-eaux-usees-884666.html
Le 23/10/2020 : franceinfo, Le 14h :17h (reportage télé par Sophie Le saint)
Le 23/10/2020 : France 3, L’info outre-mer (reportage télé par Kelly Pujar et Marie Radovic)
Le 27/10/2020 : Outremers 360°C : www.outremers360.com/bassin-atlantique-appli/covid-19-lird-a-lance-une-etude-pour-detecter-la-covid-19-dans-les-eaux-usees-de-guyane
La vitesse de propagation de la pandémie de COVID-19 associée au manque de connaissances médicales et scientifiques sur cette épidémie, souligne la nécessité d'améliorer rapidement notre compréhension de la dynamique épidémiologique du virus et la nécessité d'intégrer l'environnement naturel dans l'épidémiologie de la maladie. Le projet EPI-COV vise à 1) effectuer une surveillance environnementale du SARS-CoV-2 dans les eaux usées urbaines et périurbaines en Guyane française, en Amérique du Sud, 2) identifier la présence et la diversité du virus dans l'environnement proche des personnes infectées, sensibles ou ayant guérit de la maladie et 3) identifier les facteurs environnementaux et socio-économiques potentiellement impliqués dans l'émergence et la transmission du COVID-19. EPI-COV est pionnier dans l'utilisation de technologies appartenant à des disciplines telles que l'écologie et la biogéographie et en utilisant une approche OneHealth / EcoHealth pour mieux comprendre l'épidémiologie du COVID-19. Les résultats obtenus dans EPI-COV permettront de mettre au point des indicateurs épidémiologiques simples, rapides et non invasifs de la circulation du virus dans la population humaine, de devancer les études épidémiologiques en cours en identifiant des zones à risque d'émergence du COVID-19 et de proposer des modèles simples pour prévoir les futurs pics épidémiques à une échelle locale (Guyane française) mais aussi globale (mondiale).
Coordination du projet
Marine COMBE (UMR I-SEM 5554, Institut de Recherche pour le Développement)
L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.
Partenaire
CNRS Centre National de la Recherche Scientifique
IRD UMR I-SEM 5554, Institut de Recherche pour le Développement
Aide de l'ANR 149 482 euros
Début et durée du projet scientifique :
septembre 2020
- 12 Mois
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