Endémisation du SRAS-CoV-2 dans la faune sauvage des forêts tropicales africaines suite à la propagation du COVID-19 en République du Congo – SPILLBACK

Depuis les premiers cas survenus en décembre 2019, à Wuhan, en Chine, l’épidémie COVID-19 s'est propagée dans le monde entier causant près de 4 millions de cas confirmés et 250 000 décès au 5 mai 2020. Depuis plusieurs semaines, l'épidémie se répand sur le continent africain, faisant craindre une dissémination massive du virus dans une région du monde dépourvue en structures de santé et laboratoires performants. Par ailleurs, alors que l’épidémie progresse à grande vitesse, la question cruciale de la colonisation de la faune animale des forêts tropicales humides d’Afrique par le SRAS-CoV-2, peuplée de réservoirs zoonotiques semblables à ceux d’Asie du sud-est, doit être traitée de manière urgente et prioritaire. En effet, les similitudes socio-écologiques entre les régions tropicales forestières d’Afrique et celles d'Asie du Sud-Est, combinées à la propension extraordinaire du SARS-CoV-2 à franchir la barrière d’espèce et à infecter une grande variété d’animaux, laissent présager l’introduction du SARS-CoV-2 dans la faune sauvage autochtone et son adaptation à de nouveaux réservoirs zoonotiques.
Le projet SPILLBACK a pour objectif principal d’enquêter sur le risque d’introduction et d’endémisation du SARS-CoV-2, directement ou par le biais des animaux domestiques, dans la faune animale des forêts tropicales humides de République du Congo (RoC). Le projet s’appuiera sur un consortium interdisciplinaire réunissant des experts de l'IRD, de l'Université de Caen, du Laboratoire National de Santé Publique (LNSP) et du service Epidémiologie du Département de l’élevage au Ministère de l’Agriculture, de l’Elevage et de la Pêche de la RoC. Nous nous intéresserons à tous les acteurs susceptibles d’intervenir dans la chaine des événements pouvant conduire à l’introduction du SARS-CoV-2 dans la faune animale de RoC depuis les personnes malades. Au cours d’un suivi de 10 mois, nous collecterons et analyserons des échantillons biologiques d’animaux sauvages (chauves-souris, rongeurs, carnivores, mustélidés, pangolins ...) et des animaux domestiques vivant dans l’entourage de propriétaires et d’éleveurs malades de COVID-19.
Le projet SPILLBACK apportera sans aucun doute des informations précieuses sur la possibilité d’endémisation du SARS-CoV-2 dans les forêts tropicales humides d’Afrique, au sein de nouveaux réservoirs zoonotiques. Ce projet pourra également permettre de déterminer le niveau d’infection des animaux domestiques à partir de leurs propriétaires et fera un état des lieux de la diversité des coronavirus circulant en RoC. Enfin, une attention particulière sera accordée à l’émergence de variants viraux issus de transmissions interspécifiques multiples du SARS-CoV-2 ou de recombinaison génétique avec les coronavirus circulants. L'objectif ultime du projet est de mettre en place un réseau pérenne de surveillance de futures émergences de SARS-CoV-2 chez l’Homme à partir de nouveaux réservoirs zoonotiques au sein d’un environnement dépourvu en systèmes opérationnels d’alerte, de détection et de prise en charge.