Déterminants de l'infectiosité du SARS-CoV-2 dans une cohorte d'enfants et leurs parents – PED-COVID_Infect

La COVID-19 représente un défi mondial sans précédent en raison de la transmissibilité du SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2), de son impact sur la morbidité et la mortalité, l'incertitude concernant le développement de l'immunité à long terme et l’insuffisance d'options thérapeutiques efficaces. Comprendre la cinétique de l'excrétion du virus et la durée de l'infectiosité virale est d'une importance cruciale pour contrôler la pandémie, tout particulièrement pour les patients souffrant d'une infection asymptomatique ou pauci-symptomatique car une grande proportion de la transmission semble avoir pour origine ces sujets.
Très peu d'études ont abordé la durée de détection de l'ARN viral chez des sujets asymptomatiques ou pré-symptomatiques, et plus particulièrement chez les enfants. Elles suggèrent que l’infectiosité virale est corrélée à la charge virale et inversement corrélée avec le délai des symptômes et l'apparition des anticorps neutralisants. D'autres facteurs pourraient avoir un impact sur la durée de l'infectiosité, tout particulièrement la réponse immunitaire innée et adaptative ainsi que la présence concomitante d'autres virus. Ainsi, une infection antérieure à SRAS-CoV-2 ou par les coronavirus saisonniers pourraient influer sur la durée de l'infectiosité du SRAS-CoV-2.
L'objectif du projet PED-COVID_Infect est de mesurer l'infectiosité du SRAS-CoV-2 dans une cohorte d'enfants pauci-symptomatiques et leurs parents et d'évaluer comment la durée et l'intensité de l'excrétion virale infectieuse sont modulées par l’interférence liée à des coinfections virales et immunitaires dans la population pédiatrique, en comparaison aux adultes.
Le projet s’appuiera sur la collecte longitudinale en cours d'échantillons de rhinopharynx, de salive et de sang de la cohorte PED-COVID chez les enfants et les adultes souffrant d'une infection asymptomatique ou pauci-symptomatique à SRAS-CoV-2, déjà financée par un PHRC. Nous déterminerons la cinétique de la clairance virale en évaluant la charge virale et la viabilité du virus dans les fosses nasales et la salive, et sa modulation par 4 facteurs principaux: (i) la réponse humorale muqueuse et systémique anti-SRAS-CoV-2 (ii) l’infection préalable à SARS-CoV-2 et aux autres coronavirus (iii) les co-infections avec des virus respiratoires pathogènes (iv) la composition de l'ensemble du virome eucaryote du nasopharynx. La caractérisation virologique sera basée sur la RT-PCR pour la quantification, le séquençage de l'ARN et l'infectiosité virale sur cellules VeroE6. Les anticorps contre SARS-CoV-2 et les coronavirus saisonniers seront évalués dans le sérum par un système d'immunoprécipitation en phase liquide révélé par la luciférase (LIPS) et dans la muqueuse nasopharyngée et la salive par test ELISA. L’approche métagénomique décrira l'ensemble de la population virale de la muqueuse nasopharyngée.

Les résultats de notre projet, qui combine une approche virologique, sérologique et métagénomique, permettront de mieux comprendre la durée de l'infectiosité du SRAS-CoV-2 chez les enfants et les adultes pauci-symptomatiques, ainsi que les facteurs susceptibles de la moduler. Ces connaissances sont essentielles pour éclairer les politiques de santé publique dans le contexte de deuxième vague de circulation du SARS-CoV-2.