Suscept-Ext : COMPRENDRE LA SUSCEPTIBILITE A L'EXTINCTION GRACE AU SEQUENCAGE DE GENOMES DE SPECIMENS HISTORIQUES DE MUSEE – Suscept-Ext

Bien que l’histoire évolutive de chaque espèce soit un facteur majeur de leur risque d’extinction face aux changements environnementaux, les processus évolutifs réellement impliqués restent encore mal compris. En particulier, bien que de nombreuses études aient identifié des corrélations entre certains traits biologiques et le risque d’extinction à une large échelle taxonomique (macro-écologique et macro-évolutive), les processus populationnels à l’origine de ces corrélations restent d’être déterminés. La génétique des populations caractérise pourtant les processus sous-jacents à ces schémas macro-évolutifs d'extinctions, mais les inférences sont jusqu'ici limitées par l’incertitude sur les échelles de temps et par la nature de ces études, souvent focalisées sur une unique espèce. De plus, la comparaison entre ces études est souvent difficile car les espèces étudiées sont exposées à des changements environnementaux spécifiques, différents pour chaque cas. Nous dépasserons ici ces trois problèmes, en analysant conjointement pour huit espèces d’oiseaux, le génome de spécimens actuels et de spécimens historiques (muséologiques, et des subfossiles) formant ainsi huit séries temporelles aux îles Mascareignes d’espèces proches qui présentent des abondances et caractéristiques biologiques différentes et bien documentées. La particularité des îles de cet archipel, situé dans l'Océan Indien, est qu’elles n’avaient pas de population humaine établie avant l'arrivée des Européens, il y a 400 ans. A cette échelle de temps, il existe des spécimens conservés dans les musées et des subfossiles couvrant toute la durée du changement environnemental provoqué par l’arrivée de l’homme. Ainsi, ce projet constituera la première évaluation en temps réel des différentes réponses génétiques de quatre paires d'espèces apparentées au même changement environnemental anthropogénique et ce, depuis son origine. Pour chaque paire, les deux espèces choisies ont une abondance différente : l’une est « rare », l’autre est « commune ». Les changements environnementaux subis par ces îles sont bien documentés aussi bien sur leur nature que sur leur temporalité. Notre projet constitue donc une occasion très rare pour caractériser les déterminants évolutifs et écologiques qui modulent le risque d’extinction. Nous analyserons la contribution relative de l’histoire évolutive des espèces (via leurs degrés de spécialisation écologique, leurs durées de résidence, leurs niveaux trophiques, et leurs diversités génétiques) et de leurs réponses évolutives aux changements récents (impact de la sélection) dans la prédiction de leur trajectoire démographique.