Dynamique de la réponse immunitaire et du microbiote intestinal au cours du traitement de la tuberculose pulmonaire – PRIM-TB

Mycobacterium tuberculosis (Mtb) est responsable d’un continuum clinique allant de la tuberculose latente (ITL) à la tuberculose active (TB). De biomarqueurs pour le diagnostic en temps réel de la TB active et latente, et pour l’évaluation de l'efficacité thérapeutique sont nécessaires. Parmi les effecteurs immuns de l'hôte impliqués dans la défense anti-Mtb, plusieurs sous-types de lymphocytes T (LT) ont été proposés comme biomarqueurs candidats. Outre les LT CD4 + qui sont critiques pour le contrôle de l’infection par Mtb, les cellules T invariants associées à la muqueuse (MAIT) diminuent de façon drastique au cours de la tuberculose active et se reconstituent lors du traitement. Les cellules MAIT sont stimulées par une classe d'antigènes récemment identifiée : les métabolites de la vitamine B, produites par la plupart des bactéries du microbiote intestinal (MI). Le développement et les fonctions des cellules MAIT sont liés à l’homéostasie du MI. De plus, une dysbiose du MI a été observée chez les sujets tuberculeux, entraînant une augmentation de la production d'acides gras à courte chaîne et une diminution du métabolisme de la vitamine B, corrélées avec un niveau réduit de LT CD4 + dans le sang périphérique et une baisse de l’immunité.
Le projet PRIM-TB propose une approche multidisciplinaire pour décrypter l'interaction complexe entre le MI et l'immunité de l'hôte dans le contexte de la tuberculose. Le premier objectif est d'identifier ou de valider de biomarqueurs indicateurs de la progression de la maladie et l'efficacité thérapeutique chez les patients traités pour TB active. À cette fin, nous étudierons la dynamique des réponses immunitaires innées et adaptatives de l'hôte dans une cohorte de patients suivis pour TB active et latente, utilisant la cytométrie de flux et l’étude transcriptomique et protéomique du sang périphérique.
Le deuxième objectif est de déterminer si la composition et la fonctionnalité des LT sont influencées par la dynamique du MI au cours du traitement de la tuberculose. Par conséquent, nous surveillerons simultanément la composition et la fonction du MI tout au long du traitement anti-TB.
Le coordonnateur scientifique interagira avec les partenaires scientifiques impliqués dans le projet PRIM-TB, permettant le recueil des échantillons de patients, et une expertise poussée en immunologie, métagenomique et analyse statistique. Ce projet donnera l'occasion au coordonnateur scientifique de renforcer le réseau local émergent de collaboration dans le domaine de la tuberculose, connu sous le nom de Lyon TB Study Group.
Ce projet décrira l'évolution des sous-types de LT, en parallèle avec la composition et la fonction du MI, tout au long du traitement de la tuberculose, dans le but de déchiffrer l’interdépendance des deux cinétiques ainsi que leur impact sur le pronostic. Au final, cette étude déterminera comment et quand les interactions entre le MI et l’immunité sont impliquées dans le contrôle de l'infection par Mtb, étape indispensable pour la découverte de nouveaux biomarqueurs prédictifs et de nouvelles stratégies thérapeutiques.