Laboratoire pour les applications en imagerie biomédicale – GinesisLab

L’objectif du GinesisLab (« Laboratory for Biomedical Image Management Applications”) est de développer un système académique et commercial pour l’analyse des données biomédicales issues de multiples cohortes de données. Ce projet a pour l’ambition d’avoir un impact sociétal important pour la médecine du futur, en développant des outils prédictifs de la pathologie par comparaison de l’imagerie d’un individu avec celle de cohortes de sujets sains et avec des pathologies identifiées. Le GinesisLab sera composé de personnels de l’entreprise Cadesis (Lyon/Paris/Nantes) et du Groupe d’Imagerie Neurofonctionelle (GIN), une équipe de L’Institut des Maladies Neurodégénératives (UMR5293, Bordeaux).
Le GIN étudie les fondements neuroanatomo-fonctionnels, génétiques et cognitifs de la spécialisation hémisphérique du cerveau humain. L’approche expérimentale du GIN repose sur la construction et l’analyse de bases de données multimodales regroupant données psychométriques, neuroanatomiques (IRM anatomique et de diffusion) et neurofonctionnelles (IRM fonctionnelle) du cerveau humain. Le GIN est affilié et soutenu dans la création du laboratoire commun par le CEA, dont une des missions est d’allier recherche fondamentale en biologie et technique de pointe pour contribuer à l’avancée des connaissances et apporter des solutions dans un domaine à forts enjeux sociétaux : la santé. Le partenaire industriel est la société Cadesis, une PME fondée en 1999 qui possède une expertise globale dans le déploiement de systèmes d’information, la définition et l’optimisation de processus métiers. Cadesis consacre 11% de son chiffre d’affaires (10M€) à des activités de R&D sur deux axes principaux : la gestion de données pour l’industrie et pour l’imagerie biomédicale.
Le système de gestion des données d’imagerie médicale envisagé utilisera une solution déployée depuis plus de quinze ans dans l’industrie : le PLM (Product Lifecycle Management), dont Cadesis assure la distribution et l’adaptation. Les solutions PLM ont évolué grâce à des exigences et des contraintes similaires à celles rencontrées dans le domaine des études scientifiques utilisant l’imagerie médicale : hétérogénéité, volume important des documents, équilibre entre collaboration et protection des données, traçabilité. Ces caractéristiques intéressent particulièrement les recherches précliniques et cliniques, ainsi que l’imagerie en épidémiologie, où on observe depuis les années 2000 une explosion exponentielle de la volumétrie et de la multi-modularité des données.
L’innovation et la recherche du projet du GinesisLab seront centrées sur trois axes : (1) la définition et le déploiement d’interfaces utilisateurs et d’outils d’interopérabilité adaptables à tous profils et métiers ; (2) la gestion intégrée de chaînes de traitement de données : conception, automatisation et calculs locaux ou déportés sur les centres de calculs ; (3) proposer, tester et mettre en place les méthodes statistiques d’analyse de la variabilité intra et inter-cohortes : dans le cadre de la médecine personnalisé, on étudiera les méthodes de classification d’un patient au sein d’un ou plusieurs groupes de témoins sains ou patients avec une pathologie identifiée.

La création d’un laboratoire commun associant le GIN et Cadesis est l’opportunité de conduire une recherche mettant en commun des points de vue scientifique et industriel, sa faisabilité étant attestée par les travaux préliminaires réalisés en commun depuis 2013 avec le projet BIOMIST.
Au delà de l’application proposée à la neuroimagerie, les résultats de cette recherche seront valorisés par Cadesis dans toute la filière biomédicale et notamment dans le cadre des études de recherche clinique. Au terme de ce projet les deux parties envisagent de pérenniser leur association par la création d’une équipe de recherche commune labellisée par les organismes de recherche.